二、台湾学者对于增订辩诉交易程序之疑虑
第一，辩诉交易制度是否违反公平正义。随着罪刑法定，无罪推定等法律原则的确立和落实，程序正义的理念刚刚得到应有重视，这种情况下实行辩诉交易，势必会带来较大的负面影响。反对者认为实行辩诉交易制度将创造正义可以谈判妥协的环境，且刑事审判将大量偏重被告人自白犯罪，如此一来，在司法实务上将可能出现以虚伪自白为他人顶罪，或者被告人为图较轻处罚，而为虚伪之自白认罪，这个结果将使刑事诉讼所追求之公平正义荡然无存，且使社会一般人对于司法制度追求正义的理想存疑，更易造成社会治安之恶化。且破坏人民对司法之信赖，抵触人民法律情感，例如高雄市“议会”前“议长”朱安雄所涉嫌之贿选案，虽被告朱安雄现潜逃在外，但其所犯为台湾地区“公职人员选举罢免法”第90条之1第1项之罪，其最轻本刑为2个月之有期徒刑，依台湾地区“刑事诉讼法”可以协商并予以从轻量刑，此明显破坏人民对司法之信赖，抵触人民法律情感。
而赞成者认为台湾地区现行之辩诉交易，被告人及检察官仅能就“量刑”协商，非如美国之协商制度就罪名及罪数均可协商。而量刑本为法官之裁量权，例如被告人已经与被害人达成和解，而被害人又明白表示宥恕时，法官可依当事人之量刑协议而为协商判决，其非但有利于诉讼程序之快速终结，亦可使被害人早日获得赔偿，依台湾地区“刑事诉讼法”第455条之2规定除所犯为死刑、无期徒刑、最轻本刑三年以上有期徒刑之罪或高等法院管辖第一审案件者外，案件经检察官提起公诉或声请简易判决处刑，于第一审言词辩论终结前或简易判决处刑前，检察官得于征询被害人意见后，径行或依被告人或其代理人、辩护人之请求，经法院同意，就下列事项于审判外进行协商，经当事人双方合意且被告人认罪者，由检察官声请法院改依协商程序而为判决，对于罪名部分，依上开规定显系不属于得协商之范围。且无论协商程序进行乃至于协商判决之作成，法官均有实质审查权及协商要件均受法律严格规范，非可当事人任意协商，故上例高雄市“议会议长”朱安雄贿选案，被告人朱安雄所犯虽为台湾地区“公职员人选举罢免法”第90条之1第1项之罪，但法院审理过后，如认为被告人与检察官所提量刑协议显然有不当或显失公平时，依台湾地区“刑事诉讼法”第455之4条规定，根本不会同意抵触社会正义的协商判决，人民对于法律的期待与情感不受影响。
第二，辩诉交易程序是否将造成被告不当获利。在裁判上一罪之情形，如台湾地区“刑法”修正前之连续犯[12]、牵连犯及现行想象竞合犯等，或有可能因为检察官或法官希望能以以辩诉交易程序快速结案，而使法官或检察官忽略刑事诉讼追求真实发现之基本原则，且使追诉者与审判者未能积极追查为起诉效力所及之全部犯罪事实，只就已发现之部分犯罪为量刑的辩诉交易，此将造成判决的结果产生重罪轻判之现象，使被告人不当获利，违反罪刑相当原则。
