我国刑事诉讼法长期以来没有对起诉审查程序给予足够重视，但应当承认的是，旧法全案移送制度在客观上可以很大程度地发挥起诉审查之功能。因为与全案移送相伴随的是法院在开庭前的实质性审查，通过这种实质性审查可以将未达到法定起诉条件的案件过滤出法庭之外。但是，由全案移送改为目前的这种部分移送之后，相应的起诉审查功能亦随之丧失了。
依据刑事诉讼法第150条规定，提起公诉之后的第一个程序阶段为“公诉案件的审查”，但众所周知，这一审查已非实质性审查，而是一种形式意义上的审查，不具有西方国家起诉审查程序防止滥诉的功能。甚至，六部委《规定》第37条明确指出：“对于人民检察院提起公诉的案件，人民法院都应当受理。人民法院对提起公诉的案件进行审查后，对于起诉书中有明确的指控犯罪事实并且附有证据目录、证人名单和主要证据复印件或者照片的，应当决定开庭审判，不得以上述材料不充足为由而不开庭审判。”
如此一来便造成以下一系列连锁反应：直接后果是刑事诉讼法第141条有关起诉条件的规定由于不再具有任何可以适用的程序空间，而成为一纸空文。实践中的表现则是刑事案件撤诉率的激增。据统计，仅从2001年到2005年5年间，共计7112余件刑事公诉案件被作撤诉处理，相继有10余万人曾经被不合法或不合理地送上法庭接受审判而后又撤回起诉{11}。除此之外，尚有一个更为根本性的后果，那就是在实质上颠覆了刑事诉讼的基本结构。对于这最后一点，笔者再做以详细阐述。
秉承控审分离原则之精神，现代各国的刑事诉讼大都设有专门的起诉机构和审判机构，即检察院和法院，但仅此只能说实现了控审分离的形式，究其实质则未必如此。如我国台湾地区，在未有起诉审查制之前，负有依职权调查证据之责任的法院实质上仅仅是侦查工作的“接棒者”，检察官的证据提供纵然不完备，然尚有法院在后把关，因此屡屡出现检察院轻率起诉的现象。这样一来造成的后果要么是导致诸多犯罪逃脱法网，而更可能的结果则是庭审中过分依赖于法官的职权调查，从而使本应居中裁判的法官蜕变为控诉一方。后者恰恰是徒具控审分离的形式，而行控审合一之实质的典型表现。当时，台湾地区多有学者指出，应当仿照英美法系国家，实行起诉状一本主义，弱化法官的职权调查权力{12}（P．75—76），这种论调显然与近十几年来内地学界的主流观点如出一辙。
但是正如前文所述，这种观点抓住了病因所在，却开错了药方。最终，海峡两岸的刑事诉讼法作出了两种截然不同的选择。2002年，台湾修改刑事诉讼法时，参酌德国的中间程序引入了起诉审查机制。具体而言，起诉审查与法庭正式审理被分为两个前后相继的诉讼阶段，于是，对被告人犯罪行为的证明也随之被划分为两个层次，第一个层次为“有足够的犯罪嫌疑”，第二个层次则为“排除合理怀疑”。其中，前一个较低层次的标准为起诉标准，该标准由检察官独立负责，若法院认定未达到这一标准，则检察官可以继续依职权调查补充证据。后一个较高层次的标准为定罪的标准，当控方举证达到前一标准，即公诉被受理之后，两个标准之间的差额部分即成为正式审理过程中法庭调查的范围。这个范围也是职权主义诉讼中法院职权调查的范围，其中法院为调查的主导者，而检察官则起辅助作用{5}（P．204—205）。
