上述说法与清代司法实践并不完全相符。虽然，在理论或制度上，皇帝在适用法律时享有不受限制的自由裁量权。但事实上，皇帝在判案时，也不是能随心所欲的，他也要受当时的各种社会关系、统治秩序、政策因素等的制约。《刑案汇览》中有一个案件，皇帝阅后认为不妥下令臣下重审，但刑部官员却固执地抵制住，最后，皇帝无可奈何地同意了刑部的意见：“晋抚（山西巡抚）咨：孙伦元因窃锯孙守智树枝，被殴后自缢身死一案。查：孙守智系孙伦元无服族孙。因孙伦元窃锯树枝，该犯用枣木铁鎝钩背殴伤孙伦元右，并臁肕偏裹骨折。嗣孙伦元因行窃被殴，无颜做人，羞愧自缢身死。职等查孙伦元身死之处，系行窃败露，轻生自尽，与人无尤。惟孙伦元系孙守智无服族祖，尊卑名分犹存。该抚将该犯依‘折伤成废满徒’律上加一等，拟杖一百，流二千里，与律相符，应请照复。
奉批：究因尊长犯窃所致，应令再行查核等因（显然，皇帝认为处刑太重了一点）。
遵查：亲有养赡之义。故‘相盗律’内，得以服制递减、免刺；若有杀伤，仍以本律从其重者论。所以轻窃盗而重杀伤也。职等检查，并无办过此案成案。公同酌核，应请仍照前议照复。奉批：既无成案，只可照复（嘉庆元年说帖）。”[18]
当然，在一般情况下，皇帝的意志都是得到刑部的重视和执行的，修改原有的律文以及条例，创设新例，主要是皇帝的意志。但这种情况不是很多，在大部分情况下，皇帝也是严格遵循既定的法律行事的，他还常常提醒各级司法官吏体察其维护法律的尊严、保证执法公正的良苦用心。在《驳案新编》卷三十一“斩候重犯毋庸声叙不足蔽辜改拟立决·窦十”一案中，窦十持刀砍死夏喜，又砍伤夏三、张禄等四人，畏罪逃逸，后被抓获。巡抚审明定拟，并称该犯情罪可恶，仅按律拟斩监候不足蔽辜，请旨即行正法。乾隆批示：“此等淫恶凶犯，情节固为可恶，但按律拟以斩候，于法已无可加。若因其情罪较重，只须赶入本年秋审情实，不使久系稽诛。尚非决不待时之犯，乃声叙以为不足蔽辜请即正法，恐无识者转疑为有意从严。所办未免过当。朕办理庶狱，惟期公当，不肯稍存畸轻畸重之见。内外问刑衙门，均当体朕此意。著传谕各督抚：嗣后如遇此等案犯，按律定拟后即夹片声明，赶入本年秋审情实，较之寻常案件归入下年秋审者已属从严。毋庸将不足蔽辜字样声叙。此案除交刑部存记办理外，并著传谕国泰及各督抚奏事之便谕令知之。钦此。”笔者对《驳案新编》的所有案例作了分析统计，在三十二卷所收总共三百十二件命案中，皇帝推翻刑部的判决作出改判的只有二十八件，占全部案件的十分之一都不到。在绝大多数情况下，皇帝在刑部上报的案卷上，只是批：“旨……，余依议，钦此。”“旨，依议，钦此。”“旨……，依拟应斩（绞），著监候，秋后处决，余依议，钦此。”只有极少数案件，皇帝才推翻刑部的意见，作出新的判决。至于不顾律例，不考虑刑部的意见，不顾具体的案情，随心所欲地乱判的事例，从笔者接触到的案卷来看，还没有过。[19]
事实上，皇帝改变律、例的适用，一般都是有其相当理由的，下面试举几例：
康熙二十年，理藩院处理一案：盗马罪犯阿毕大等五人，被依律判处斩立决，家产妻子，则给失马之人为奴。理藩院上报案情后，康熙指出：“朕念人命关系重大，每于无可宽贷之中，示以法外得生之路。《书》所谓罪疑惟轻也。阿毕大等，家产妻子，既给失马之人，若本犯免死，给与为奴，则失马者，得人役使，于法未为不当。嗣后著为定例”。[20]
此案中，皇帝改变法律适用的主要理由，在于减少不必要的杀戮（盗马毕竟不如谋反、谋大逆等罪行对统治阶级有致命的威胁），让罪犯为失马者服役干活，于经济上考虑也是合适的，有利于稳定社会的秩序。乾隆二十四年，贵州县民吕明善与卢氏通奸，为达到长期霸占卢氏之目的，在一次搬家途中乘卢氏不备，用刀捅死了其丈夫吕明弼，并持刀威吓卢氏一起移尸弃沟。当时，卢氏虑吕明善凶恶未敢声张，仅将杀人凶刀捡藏。后遇乡约，卢氏即上前哭诉前情，并交出凶刀。乡约等立将吕明善抓获送官。该省巡抚将吕明善依奸夫起意杀死亲夫例拟斩立决，卢氏依奸夫自杀其夫奸妇虽不知情绞监候律拟绞监候。刑部虽指明了巡抚适用法律上的一些问题，但仍维持了原判。案子送到皇帝处，乾隆批示：“旨：吕明善著即处斩。卢氏本不知情，见夫被杀，当即哭喊，因迫于凶悍，勉强隐忍，密藏凶刀，一闻乡约访查，即交出凶刀，将吕明善拿获，以雪夫冤，实有不忍致死其夫之心。著从宽免死，照例减等发落。”[21]
这里，乾隆改变了法律的适用，主要是认为此法律太过于僵化，也太过于严酷。因为卢氏有通奸之过，但无谋杀丈夫之心，处以死刑似太过分。[22]
嘉庆初年，湖北安襄郧荆道胡齐仑私扣军需二万九千余两，并捏报战果，骗得晋升。事发后，被依“侵盗仓库钱粮入己数在一千两以上者，斩监候”之例，判决斩监候。皇帝批示：胡齐仑“今业已动刑监禁一年之久，或致病弊，转得幸逃显戮。然予以斩决，在胡齐仑虽不足惜，而于本律究有所加。朕详慎庶狱，俱系按例办理，从不肯有意从严。胡齐仑着即处绞，余依议。将此通谕中外并领兵大员及现办军需者知之。钦此”。[23]
此案中，嘉庆作出改判，表明了皇帝的良苦用心：既要避免由于长期拘押犯人如病死则会使其逃避法律惩处的遗憾，又不愿随意加重法定的刑罚。故最后采取了折衷的办法，将斩监候改为绞立决，绞刑比斩刑轻，但立决又比监候重，两相抵销，在观念上取得执法公允的效果：既不能让当事人逃避法律制裁，又要公正执法，不违背律意。
嘉庆十年六月二十三日，皇帝在阅刑部上报嘉庆九年河南省秋审情实册中赵芳一案时指出：此案赵芳先与胡约之母赵氏通奸，又因见胡约之妻向氏年轻貌美，起意强奸不从。该犯因胡约向其借钱，即主使将向氏殴逼。向氏仍不依允。该犯辄喝令胡约将向氏殴死。实属淫乱恶极。问拟斩监候入于情实，尚觉罪浮于法。至胡约一犯，先经赵芳与伊母赵氏通奸，因利其资助，并未阻止，已属丧心蔑理。迨乘向氏睡卧在床，自行拿住，让赵芳强奸，无耻至极。最后竟听从赵芳主使，殴逼向氏致死，实非人类。“试思寻常故杀妻之案，尚当问拟绞候。其或有因卖奸等项别情起衅者，秋谳时无不予勾。今胡约一犯，该（省巡）抚援照凡人共殴为从减等例问拟流罪，殊属轻纵。刑部照议核复，实属非是。……赵芳著即行处斩，胡约现在流徙何处，著行知该省地方官，即将该犯于配所绞决。所有原拟罪名错误之巡抚、臬司，著该部查取职名议处。……嗣后，问刑衙门遇有似此案件，即将本夫问拟绞候，不得仍照凡人同谋共殴律分别首从定拟，以昭平允而维风教，将此通谕知之。钦此。”[24]
此案中皇帝作出改判，完全出于敦清伦理风气，也是表明在泛道德主义支配下宗法社会中不能容忍胡约这种无耻小人的现实。
在律例是清代基本法律渊源的问题上，最后还须搞清楚的就是《大清律例》在大量户婚、钱谷、土地、借贷等民事案件中是否得到了适用。换言之，律例是否清代民事审判的基本法律渊源？在这个问题上，学术界也是有不同看法的。
有些学者认为，在清代的民事审判中，律例是被适用的，但数量很小。清代民事审判的法律渊源是法、情、理，而后两者是主要的。如美籍华裔学者曹文彦指出：“在纠纷解决中，首先依据的是情（human sentiment），其次是理（reason），最后才是法（law），这是中国人自古以来的传统。”[25]
日本学者滋贺秀三也指出：“通常，法官在听讼时一般需要考虑国法中有哪些可作为其判断基准的条款。但是，‘所有判断都必须根据对国法的解释才能作出’这种思想方法，从根本上是不存在的。”[26]
也有一部分学者认为，在清代，即使民事案件的审理，所依据的也主要是律例，其代表为张晋藩和黄宗智。如张晋藩认为：清代有关户籍、田宅、婚姻、继承、钱债、买卖、租佃等民事法律条文，散见在《大清律例》、《户部则例》、《清会典》以及有关的则例、事例当中，它们是审断民事案件的法律根据。从现存司法档案中，可以看出依律例断案是最基本的形式。由于法律是国家意志与利益的体现，尽管民间细故不同于刑事案件，不具有对于人身、社会、国家的危险性，但律有明文者仍须依律科断，即使是事隔多年的积案，如有律例可循，仍须按律例审处。作者还举了若干的例子予以说明。[27]
黄宗智在《民事审判与民间调解：清代的表达与实践》一书中，在对清代所留下来的巴县、宝坻和淡新三地的司法档案进行了详尽的分析之后，对国外学者关于清代民事审判主要不是依据律例对案件作出明确的判决，而是着重于调解的观点进行了批判，认为在清代的民事审判中，“州县官极少从事调解。我所使用的巴县、宝坻，以及淡新档案，都说明了这一点。在二百二十一件经过庭审的案子中，有一百七十件（占百分之七十七）皆经由知县依据大清律例，对当事双方中的一方或另一方作出明确的胜负判决。……同样，那些‘无人胜诉’（即在法庭上未明确判定当事人中哪一方为胜诉――引者）的案子也大多依据律例作了判决：三十三例中占了二十二例。换言之，在所有案件中有百分之八十七都是明确通过法律加以解决的”。[28]作者接着对这些档案资料进行了详细剖析，以证明上述观点。
