有时，在适用律还是例的问题上，各级审判机关会反复推敲，仔细斟酌，以达到罪与刑的最相适应。如在《刑案汇览》卷三十五“调戏人妻致夫自尽”一案中，天津人刘添贵见李发之妻貌美，多次带人公然前去调戏，使李发气愤之极而自尽。省巡抚在审理此案时，先是感到“棍徒扰害之例”比较合适，故适用此例将其定罪。刑部在复审时，又认为“因奸威逼人致死律”更加适合此案，遂下令该省照律重审。该省重审时，又感到应当适用“调戏致其夫羞忿自尽例”为妥当，故依此例判刘添贵为绞监候。刑部最后认可了该省的判决。在《刑案汇览》卷十九“李有亮割人生殖器”等案件中，审判机关也是依据具体的案情而审慎地决定是适用律还是例。
第五种情况，是既无合适的律文，又无相应的条例可以适用时，审判机关一般会寻找最为接近的律例，类推比照适用。如《大清律例》有孀妇守志因亲属逼嫁自尽而加以旌表的规定，但对有夫之妇未作规定。在《驳案新编》卷四“逼嫁有夫堂妹自刎·李金钊”一案中，刑部就认为，“查有夫之妇因亲属逼嫁自尽，例无旌表明条，……应比照孀妇守志因亲属逼嫁自尽之例……。”又如，《驳案新编》卷五“擅用赦字世表字样拟徒·韦玉振”一案记载：乾隆四十三年，江苏韦玉振于引述家谱内妄用“赦”字、“世表”字样，该省巡抚照违制律处杖一百、衣顶裭革、折责发落。刑部认为，韦玉振除妄用“赦”字、“世表”之外，虽然无“悖逆之迹，然究属僭疾，非仅违制可比。但查律例内，并无僭妄治罪专条。例得比照引用。查律载：僭用违禁龙凤纹者，杖一百，徒三年。”最后，比照此律处韦玉振杖一百，徒三年。
第六种情况是以例改律、以例破律。由于律文变化很小，有时确实不能适应社会发展的需要，故通过例来予以补充或修正的情况也是很多的。这也可以理解为以例改律、以例破律。在《刑案汇览》卷八“掖刀匪徒奸占良妇情节凶横”一案中，田二和其父田坤、弟田三都是掖刀匪徒，素来横行乡里。田二先后奸占民妻谢氏、张氏，田三也强行奸占民妻王氏为妾。山东巡抚和刑部山东司在定案时依据“豪势之人强夺良家妻女奸占为妻妾律”将田二拟绞监候，田坤、田三依棍徒例拟军。皇帝在复核此案时指出：田二等作为掖刀匪徒，本来就应当受到法律的惩罚。现在田二又多次奸占民妻，横行乡里，实属罪恶之极。照律判处绞监候未免太轻，应加重判以绞立决，并下旨：嗣后，如有类似案件，均照此案办理。此案中，原有的律文没有涉及掖刀匪徒这一层次，量刑时不够严厉。故皇帝以例破律，创制了新的量刑原则。
在大清律中，旗人犯了罪之后，一般在处罚上可以享受比汉人轻的优遇。但随着满清统治秩序的日益稳定，旗人和汉人的同化，有些方面再给予旗人以特权就没有意义了。《驳案新编》卷一“庄屯无差使旗人不准折枷·方天秃”一案就反映了这种社会变化。此案中，天津县旗人方天秃伙同船户盗卖漕米。按照《大清律例》“名例律·犯罪免发遣”条的规定：凡旗人犯罪，笞、杖，各照数鞭责。军、流、徒，免发遣，分别枷号。刑部在复审时认为：方天秃虽为旗人，可以享受律的优遇，但在此案中情况有例外，因为一方面，方天秃驻扎在京外，与民（汉）人混居日久；另一方面，清王朝统一已久，海内外一统，“中外一家”，“民人与旗人并无歧视”，故对方天秃仍处以实徒五年，不准折枷。并在此判例上形成一条新例：嗣后，凡“庄屯旗人及各处庄头并驻防之无差使者，其流徒罪名俱照民人一例发遣。”
像上述以例改律、以例破律的情况在《刑案汇览》、《驳案新编》中还是比较多的。但这种现象，并不能说明在清代，律文已经不重要了，或者像有的学者所说的那样，例的地位高于律。而只能说，由于乾隆五年以后，清政府不再对律文进行修改和补充，故它对以后社会的发展变化无法作出适时的调整，加上律文比较原则，数量比较少，无法满足社会发展的需要，因此，统治阶级不得不用例来适应这些变化，对律文规定的“盲点”进行救济。清代律少例多，以及律不变例常变，就是这种社会现实的反映。
第五种情况，是以新例破旧例。乾隆五十六年江苏省拿获私盐罪犯谢鸿仪、孙元梅等。孙元梅是监生，窝藏私盐有四千斤之多。按旧例“监生犯事，罪应发遣者，例只发往当差”，不必为奴。刑部认为，孙元梅“恃符庇匪”，不能因他是监生就可以免其为奴，“应将该犯发黑龙江给披甲人为奴”。乾隆认为刑部的意见非常正确。于是在名例律的“徒流迁徙地方”条后续纂了一条新例：“进士、举贡、生员、监生犯事，如只系寻常过犯，不致行止败类者，仍照旧例办理外；若系党恶窝匪卑污下贱，罪应发遣黑龙江等处者，俱照平人一例问拟，发遣为奴”。[12]
这种以新例修改旧例的判例，在《刑案汇览》和《驳案新编》中比比皆是。它实际上是通过颁布新例开创了一项新的判例法原则。有时，还会从这种以新例破旧例中诞生一系列新的条例。比如，在乾隆年间，曾发生了这么一案：王学孔、敖子明于乾隆三十六年、三十九年间多次盗坟剥取尸体之衣服出卖。按照律的规定应拟绞监候。但因为二犯是过了三年后才被抓获的。遵乾隆三十九年的上谕：“凡有重罪应入情实罪犯，经二、三年后始行就获到案，其本罪如系应拟斩绞监候者，均著改为立决。”[13]
据此上谕（新例），刑部将王学孔、敖子明改为绞立决。案件经三法司核拟于乾隆四十年上报皇帝以后，乾隆进一步批示：“刨坟绞犯逃后二、三年被获之王学孔、敖子明，仿照上年谕旨拟改立决一本所办未免误会朕意。前旨所云凡有重罪应入情实人犯，经二、三年后始行就获，应改为立决者，原指谋故杀等犯情罪重大者而言，以其事关人命，应即抵偿。若复潜窜稽诛，其情尤为可恶，一经弋获，自应决不待时，以戟凶恶而申宪典。若此等刨坟为首及三次人犯，虽例应拟绞入于情实，然皆贫民无奈为此，有司民之责者当引以为愧，而其犯实无人命之可偿也，即入本年秋审情实足矣。有何不可待而改为立决乎？朕办理庶狱，凡权衡轻重，一准情理之平，从不肯稍有过当。王学孔、敖子明即著照此旨办理。嗣后问拟斩绞监候之犯，经二、三年后始行就获者，何项应改立决，何项仍应监候，并著刑部悉心核议酌定条例具奏。余依议，钦此。”据此批示，刑部整理出有关人命应拟斩候者五十三条、应绞候者六十九条内，如犯罪拒捕杀人等类与谋杀、故杀情罪相等者，共计六十七条，[14]若脱逃至二、三年后始行就获，均应即改立决外，寻常命案如斗杀误杀，本出无心为从加功，首犯业已拟抵，及尊长致死卑幼、长官致死部民并一切被逼受累死由自尽等项，共计五十五条，虽其中间有所犯情节较重秋审时应拟情实之案，但其犯案之时尚非有心藐玩，则脱逃被获稍缓其须臾之死，以待秋决，亦属情法适平，应仍照本律本例拟以监候，秋审时入于情实办理。[15]
在律例的适用方面，刑部作为中央司法机关的主要承担者，起着核心的作用。从大量判例卷宗来看，刑部在复核各地上报的案件时，不仅非常仔细、认真地弄清犯罪事实，寻找最为适合于此案的法律渊源，而且常常以“事关人命，未便率复，应令该抚再行详核……”等为由，驳回让地方重审。有些属死刑以下的案件，或地方早已审结且已执行的案件，如刑部在审核地方上报的名册中发现有问题，也会毫不犹豫地作出改判的决定。如道光九年刑部的一项说帖（刑部内部的意见书）记述了如下一案：
苏抚（江苏巡抚）咨：道光七年冬季分外结徒犯一案。查：册内赣榆县民皮常刃伤孟金一案。查律载：“过失伤人，准斗伤依律取赎”。注云：“或因升高险足有蹉跌累及同伴，或共举重物力不能制损及同举物者。凡初无害人之意而偶致伤人者，皆准斗伤收赎”等语。此案皮常与同主雇工孟金素无嫌隙，因一同铡草喂牛，该犯将刀提起，孟金右手伸进刀下取草。该犯将刀失手落下，以致铡落孟金右手。情异争斗，伤非意料。正与过失杀律注所称“初无害人之意，偶致伤人者”情事相同。自应照过失伤律收赎。该抚将该犯照刃伤人律拟徒，殊未允协。惟该犯业已发配杖责，遇赦减释，未便再追赎银，以致重科。应于稿尾声明更正备案（道光九年说帖）。[16]
一般情况下，刑部感到总督、巡抚所判不合适，就将其驳回重审。重审时总督、巡抚一般都照刑部的意见办。有时上下几次来回，督抚也不能违背刑部的意见。但有时情况也有例外，据《驳案新编》卷十“谋杀人从而加功减一等·葛高氏”一案记载：刑部认为将葛高氏拟（充）军殊为允协，驳回让其重审。而山东巡抚则认为：葛高氏虽与葛秉学通奸，但后者起意谋杀她丈夫葛秉魁时，葛高氏未与同谋。葛秉学逼令她帮砍，并声言如不砍，也杀死她。葛高氏顾及性命，不得不取斧帮砍了两下。但此时，葛秉学已经砍了二十二刀，即使没有葛高氏的帮助，葛秉魁也必死无疑。故葛高氏与葛秉学还是应有所区别。所以，拟“谋杀人从而加功者绞监候”律，因未同谋而量减一等，杖一百，流三千里。最后，刑部也同意了巡抚的判决。有学者认为，在适用律例时，皇帝起着关键作用。中国的司法实践都是以皇帝的意志为转移的。“居于复审制度顶点的皇帝不仅对需要比附的案件，而且对所有上奏案件的原案，都享有不受现存成文法或自己以前所下判断拘束，自由地作出最终裁决的权力。……换言之，在这种制度中皇帝发挥着两种不可或缺的特殊功能。一个功能是居于以成文法为根据而展开的复审制的顶点，通过保证脱法擅断的行为受到惩罚，监督并强制着官吏们严格遵循成文法。但皇帝的另一个功能却在于自由地改变官吏们严格依照成文法作成的判决原案，以超越凌驾于一切法律之上的方法来求得实质的平衡。”[17]
