川本案件发生于1972年，当年7月和10月公害受害人——水俣病患者川本与其他患者及支援者一起，自行到加害单位——氮气有限公司要求就被害赔偿问题进行面谈，结果同前来阻止的该公司职员发生暴力冲突，双方互有轻伤。东京地方检察院对川本提起了公诉，第一审辩护人提出了公诉无效的主张，其理由是：（1）本案的公诉是对自行解决公害案件活动的强行介入，而且是偏袒加害企业而对被害人的迫害。因为检察官并未对真正应受追诉的氮气公司及其对患者和声援者实施伤害的公司职员提起公诉，却专门对公害受害者一方的轻微的、不具有可罚程度的违法性和追诉必要的行为进行追诉，这是“明显袒护加害企业一方的差别追诉”，违反了日本宪法第14条（法律面前人人平等原则）、检察厅法第4条（公益代表人的性质）和刑事诉讼法第1条及刑事诉讼规则第1条第2项关于刑事诉讼目的的规定。（2）本案的公诉违反了国家关于防止公害和救助被害人的基本方针。（3）本案的起因在于国家当时没有救济公害被害人的明确政策，因此检察官要求追诉并处罚本案被告人缺乏合理的根据和正当性。（4）起诉后的情况发生了变化，如氮气公司的负责人已书面要求法院对被告人宽大处理等，因而继续维持公诉已经不合法。然而，东京地方法院1975年11月13日第一审判决驳回了辩护人的主张，判处被告人川本氏5万日元罚金，但这一判决被负责第二审的东京高等法院以滥用公诉权因而公诉无效为由而撤销。二审判决指出，检察官根据日本刑事诉讼法第248条关于起诉便宜主义的规定享有起诉裁量权，但起诉裁量权有一定的界限，如果滥用起诉裁量权系基于检察官的故意或重大过失，损害了以平等权为核心的基本人权，而且法院容忍公诉明显违反正义时，应当以违反刑事诉讼法第248条为由驳回公诉。该判决在严厉批评了国家和检察当局处理水俣病纠纷的措施之后结合本案分析道，对川本氏的起诉导致了偏袒公害纠纷当事人一方的结果，这是有欠妥当的、不公平的，如果肯定这一公诉，就明显违反了法的正义精神；而且从政府疏于和迟延追究氮气公司的公害责任、对加害人（即氮气公司的职员）的伤害行为不予追诉等多方面事实看，不能不推认检察官对于公诉存在故意或重大过失，因此对川本氏的公诉，违反了刑事诉讼法第248条的规定，系对起诉裁量权的滥用。以此为据，二审判决撤销了一审判决，驳回了公诉。该二审判决是适用公诉权滥用论而作出的第一个判决，因而对于抑制不当公诉具有重要意义。它有两个特点：其一，它把对川本氏的起诉放在水俣病纠纷的全过程加以考虑，从对公害加害方和被害方的差别处遇这一角度来把握不平等起诉的问题。在此之前，不平等起诉的问题一般是指同一类案件或同一个案件的各个犯罪嫌疑人之间在起诉与不起诉方面的差别对待。就这一点而言，川本案件的二审判决扩大了平等原则的适用范围。其二，它实质上是以违反平等原则作为认定公诉无效的直接依据，却以滥用公诉权的形式按违反日本刑事诉讼法第248条的起诉便宜主义论处。
