抗战时期，吴晗正在西南联大执教。在课堂上，他说，南宋政府腐败，是朝廷中以宰相贾似道为首的官员们斗蟋蟀成风，玩物丧志，葬送了南宋。所以，贾似道被人称为蟋蟀宰相，没想到今天又出了一个“飞狗院长”（指香港沦陷时，行政院长孔祥熙家人用国民党最后一架飞机运家人、洋狗，而置诸多文化名人于不顾的事），历史常有相像之处。当学生们问到这个“飞狗院长”是谁时，吴晗高声道：“孔祥熙院长！”吴晗这句话点燃了学生们心中的怒火，几天之后，示威游行爆发了。当蒋介石以吴煽动学生闹事为由派人来抓吴晗时，却被云南省主席龙云挡驾了。以至于学生们打起了这样的牌子：“打倒孔院长，拥护龙主席”。吴晗毛发未损。有资料显示，民国时期，具有正义感的教授没有不在课堂上批评、抨击，直至大骂国民党的。

　　抗战爆发后，马寅初以专家身份考察中国的战时经济，对国民党的军政要员大发国难财极为不满，他将这种情况精辟而形象地概括为“前方吃紧，后方紧吃！”有针对性地提出征收“战时财产税”。他说：“政府对发国难财者应从速开办临时财产税，先从大官之中发国难财者入手，令其将用政治势力所获得的不义之财全部提出，贡献于国家，以为其余发国难财者戒。”这个矛头是直接指向孔、宋家族的。于是就有人奉命前来劝说马寅初，说可以把北碚立法院的好房子让他居住，想购买黄金，只要他提个数字，可以立即照办，如要去美国考察，不论长住或短期都行，经费不成问题。马寅初自然明白他们的伎俩，遂发表“严正声明”：

　　一、在此国难当头，我绝不离开重庆去美国考察；

　　二、为了国家和民族的利益，我要保持说话的自由，国民党政府的立法院没有多大意思，我绝不去北碚居住，并要逐渐同立法院脱离关系；

　　三、不搞投机生意，不买一两黄金，一元美钞。有人想要封住我的嘴，不让我说话，这办不到！

　　马寅初一九三八年于重庆

　　此后不久，马寅初到重庆大学担任经济学院教授和商学院院长。在高校任职，于是马寅初有了抨击国民党的更大平台。对马寅初坚持自由主义和民主立场，蒋介石在无可奈何之下，提出三个职务让其挑选：中央银行总裁、财政部长、全国禁烟总监。可马寅初丝毫不为所动。蒋介石要重大校长叶元龙陪同马寅初来见他，蒋对叶元龙说：“我要当面同他谈谈，他是长辈，又是同乡，总要以大局为重！”叶怕碰钉子，就让侄子去向马寅初转达这个消息，可马寅初回答说：“叫校长陪着我去见他，不去！让宪兵来陪我吧！”又说：“文职不去拜见军事长官。没有这个必要！见了面就要吵嘴，犯不着！再说，从前我给他讲过课，他是我的学生。学生应当来看老师，哪有老师去看学生的道理！他如果有话说，叫他来看我！”蒋介石虽生气，也只好给自己找台阶下，对叶元龙说：“我是想同他谈谈经济问题。你回去告诉他，以后有时间，随时可以来找我。”但马寅初始终不去见蒋介石。