如何发挥地方政府在证券监管中的积极作用，是另一个非常值得思考的问题。在一些海外学者眼中，即便是配额时代，地方政府的参与也产生过正面的影响。[5]修订草案中首次设定了地方政府扮演的角色，第179条规定：未经法定机关核准，擅自公开或者变相公开发行证券的，由县级以上地方人民政府予以取缔。对于上市公司，中国证监会的监管职责十分明确，但对于非上市的股份有限公司，由谁来负责监管，并无定论。现行《证券法》第41条规定：持有一个股份有限公司已发行的股份百分之五的股东，应当在其持股数额达到该比例之日起3日内向该公司报告，公司必须在接到报告之日起3日内向国务院证券监督管理机构报告；属于上市公司的，应当同时向证券交易所报告。推敲这条规定，是否可以间接地得出中国证监会对非上市的股份有限公司也负有一定监管职责的结论？耐人寻味的是，该条在修订草案中被删去了。事实上，在对待非上市公司的问题上，中国证监会一直存在寻求地方参与的倾向。例如，上海、成都、青岛等地都存在着未上市股份公司的股权托管机构，而2001年中国证监会在《关于未上市股份公司股权托管问题的意见》中指出，[6]未上市股份公司的股权托管问题，清理规范工作应主要由地方政府负责。总之，有关地方政府的证券监管职能，修订草案所带来的疑问并不少于回答。
如前所述，修订草案没有改动现行《证券法》第7条第2款：国务院证券监督管理机构根据需要可以设立派出机构，按照授权履行监督管理职责。但严格说来，这一表述实为病句。后半部分省略的主语其实是派出机构，而非正常语法下的全句主语——国务院证券监督管理机构。更要命的是，简单的“授权”两字使人无从判断究竟是依法律、行政法规的授权，还是依证监会内部的授权，派出机构所发挥的作用可能将大打折扣。相反，2003年《银行业监督管理法》第8条第2款的规定：国务院银行业监督管理机构的派出机构在国务院银行业监督管理机构的授权范围内，履行监督管理职责，该等表述更为明确妥帖。
修订草案第44条规定：股份有限公司申请其股票上市交易，应当向证券交易所提出申请，由证券交易所依照法定条件和法定程序核准。将上市申请核准权交给证券交易所，符合国际惯例，顺应市场化改革的方向，有利于发挥自律管理的作用。然而，上市核准究竟是基于《证券法》授权的行政许可，还是仅基于交易所与上市申请人的契约关系，这一关键问题在变得尖锐的同时愈发迷离。后者显然是交易所所乐见，然而条文中“依照法定条件和法定程序核准”的表述、以及《证券交易所管理办法》为其设定的“履行国家有关法律、法规、规章、政策规定”的职责，[7]却使交易所难脱履行行政职能的嫌疑。联系到修订草案第49条增加的交易所对股票暂停或终止上市的“依法决定”权，证券交易所面临行政诉讼的风险是现实的。
