需要指出的是，《物权法》规定该法定期限的目的在于督促申请人及时获得权利状态的最终确认，因此，虽然《物权法》仅规定了申请人起诉，但考虑到仲裁也是确定物权归属和内容的终局解决方式，因此，如果异议登记的申请人与登记簿记载的权利人之间能够达成仲裁协议，在法定期间内申请人申请仲裁的话，异议登记也应当继续存在。
二、注销异议登记——依申请抑或依职权
《办法》起草过程中，对于能否依据《物权法》第19条的规定，登记机构依职权注销异议登记，存在较大争议：
一种观点认为，既然《物权法》第19条明确规定申请人只要在异议登记之后的十五日内没有起诉，该异议登记就应当自动失效，这就授予了登记机关依职权注销异议登记的权力。申言之，在申请异议登记之前，申请人没有向人民法院起诉或者申请仲裁机构仲裁，且在异议登记之日起十五日内没有起诉或者申请仲裁的，异议登记失效。登记机构应当主动注销异议登记。如果在申请异议登记之前，申请人没有向人民法院起诉或者申请仲裁机构仲裁，但在异议登记之日起十五日内起诉或者申请仲裁的，申请人可以凭已经起诉或申请仲裁的证明文件，请求续展异议登记。这就是说，在法定期限届满、申请人没有来申请续展异议登记的情况下，登记机构应当主动注销该异议登记，从而尽量消除对登记簿记载的权利人房屋权利的限制，方便房屋权利的流转和交易。
另一种观点则认为，依申请原则是《办法》确立的房屋登记基本原则。《物权法》第19条虽然规定不及时起诉异议登记失效，但并未授予登记机构主动依职权撤销异议登记的权力。而且，所谓申请人凭已经起诉或申请仲裁的证明文件申请续展异议登记，在实践中很难操作。该证明文件到底如何界定？如果认为是受理通知书，《物权法》只是规定申请人在十五天内起诉，而法院的受理可能需要一段时间，这就大大缩短甚至抹杀了申请人申请续展的权利；如果认为是寄出起诉书或者法院、仲裁机构收到起诉书的签收文件，则前者难以证明，后者法院、仲裁机构未必配合。
