1997年10月，美司法部向哥伦比亚联邦法院提出申请，称微软公司将安装IE作为电脑制造商申请“windows95”使用许可条件的做法严重违反了1995年签订的协议，要求法院判决微软遵守1995年生效的同意令。微软认为，IE不仅是windows95上运行的应用软件，而且属于操作系统的整合部件，IE扩展了windows95的现有部件，不能简单卸载。12月，杰克逊法官作出初审判决，认为同意令没有就“整合产品”给予明确定义和限定范围，司法部没有充分证明微软违反了同意令中的禁止规定，于是驳回司法部的请求。但是，法官宣布了另一项临时裁定（Preliminary Injunction），在法院做出进一步判决之前，禁止微软把安装IE浏览器作为PC制造商申请其操作系统使用许可的条件，迫使微软公司暂时停止捆绑销售计划。1998年5月18日，美国司法部部长和20个州的总检察官对微软提出反垄断诉讼，开始了“世纪末的审判”。司法部对控微提出6项指控：引诱网景公司（NETSCAPE）不与其竞争；与因特网服务商和在线服务商签订排他性协议；与因特网内容服务商签订排他性协议；在合同中限制电脑制造商修改和自定义电脑启动顺序和电脑屏幕；与windows95捆绑销售因特网浏览器软件；与windows98捆绑销售因特网浏览器软件。从1998年10月19日开始至1999年6月24日，在长达8个多月的时间里，美国政府和微软公司分别指派证人出庭就双方的指控或者辩护进行作证。在此期间，美国在线公司宣布与网景公司合并，在此计划宣布后，南卡罗莱纳州推出了诉讼联盟。1999年11月5日，杰克逊法官作出“事实认定书”，也称初步判决书，认为：微软非法利用了自己在操作系统市场上的垄断力量来排挤竞争对手，排除自己面临的潜在危险以继续维持自己的垄断。

　　2000年4月3日，微软被判违反《谢尔曼法》。4月28日，美国司法部和17个州要求杰克逊将微软分割为两家公司。6月7日，杰克逊法官作出裁决，要求微软必须拆分为两个公司，一家经营windows个人电脑操作系统，另一家经营office等应用软件和包括IE浏览器在内的网络业务。2001年6月，哥伦比亚特区联邦上诉法院驳回了杰克逊分割微软的判决，但维持了微软是一家违法垄断公司的判决。8月，杰克逊法官因违反司法程序、向媒体泄漏案件审理内情而被解职，科林·科拉尔·科特琳被任命接替杰克逊，全权负责对微软反垄断案的审理。9月6日，司法部宣布不再寻求通过分割的方式来处罚微软，并且撤销了有关微软非法将其网络浏览器和“视窗”操作系统捆绑在一起的指控。11月上旬，微软和美国司法部达成妥协，条件是：微软同意PC制造商可以自由选择视窗桌面，微软公开视窗软件部分源代码，使微软竞争者能够在操作系统上编写应用程序。2002年11月，科特琳宣布，同意微软和司法部达成的反托拉斯和解协议的绝大部分内容。和解协议内容包括：阻止微软参与可能损及竞争对手的排他性交易；要求电脑制造商使用统一的合同条款；允许制造商和客户去除标志一些微软特征的图符；要求微软公布部分技术数据，使软件开发商编写的Windows应用程序能够具有与微软产品相当的性能。2003年10月，微软声称同意支付约2亿美元作为对5个州及哥伦比亚特区的消费者集体诉讼的和解费用。此前，微软已就10个州的集体诉讼达成了和解，和解费用总计为15.5亿美元。（以上背景资料由谷歌搜索引擎提供）