第二，法律地位不同。公益信托欠缺独立的法人人格。美国法将公益信托视为非营利组织的一种，有别于非营利法人和非营利非法人社团。但是在日本、韩国和台湾等国家和地区，公益信托并不具备独立的主体资格。尽管在这种立法例下，也承认公益财产的独立性。但是这种公益财产的独立性，是指公益财产独立于受托人、委托人和受益人的财产，而后借助受托人的主体资格，由拥有主体资格的受托人根据信托目的营运信托财产。相反，民法上的财团法人与自然人同具有“人格”，在法律规定的范围之内，具有独立地享受权利、负担义务的能力。
第三，与财团法人相比，公益信托更具有弹性，更为灵活简便：（1）成立方式简便，无需受财团法人资格的限制；（2）就设立程序与费用而言，设立公益信托无需设立专职人员以及固定事务所，可以节省营运费用。（3）不受捐赠规模与存续期间的限制，使信托财产可以尽可能地用于公益目的。[56]（4）财团法人为确保其永续性，通常有最低财产额的限制，而且原则上不得处分其基本财产，成立后不得任意解散；而公益信托的成立则比较有弹性，可以动用信托财产的本金。还可以设立小额公益信托，或者根据公益信托条款约定信托存续期间，因此比较适合阶段性工作。
第四，内部治理结构不同。财团法人须设立董事会或理事会为执行事务的机关，并且有专门的决策程序的规定。财团法人的董事或其他有代表权之人，在权限范围内所为行为的法律效果，都直接归属于法人；而法人对于上述之人因执行职务对他人造成的损害，也应与该行为人负连带赔偿责任。公益信托一般无专门机构，只是规定受托人的信赖义务。受托人在信赖义务之下，有忠实管理、分别管理、亲自管理等义务。所以在治理结构问题上，如果财团法人还可以通过内部的制度规范来进行自我治理的话（当然与社团法人相比，这种内部制衡并不完善），那么公益信托则除了对受托人的义务进行规定外，更多来自外部监督，例如公益事业主管机关的监督。
第五，所适用的对象不同。鉴于以上特点，公益信托适合执行单纯的任务或者提供财务辅助；而财团法人比较适合直接从事经营类的活动，例如美术馆、图书馆、博物馆、学校或医院等；而提供奖学金、科研开发费用等公益事务，可以考虑采用公益信托方式。正如一研究报告指出：
一般而言，财团法人之组织较为严密，营运较为独立，且能克服自然人生命之有限，又能集合众人之智慧与能力，故规模较大且须永续经营之公益事业，以利用财团法人制度较为适宜；反之，资产规模较小，不容易维持独立事务所与专任职员费用，仅由既存之受托人执行事务，即能达成设立之目的者，则以成立公益信托为佳。在外国实务上，捐助金额较少，或捐助人本身无意参与公益事务执行者，多选择设立公益信托。[57]
我们可以同时存在公益信托和财团法人制度的我国台湾地区的法律为例，来细微地分析两种制度之间的差异所在：
（表二）财团法人与公益信托对照表[58]
正因为有这些差异的存在，使“公益信托与公益法人二者的关系，犹如车之二轮，为现代公益活动不可或缺的制度。”[59]所以在设有财团法人制度的大陆法系国家，也确立了公益信托制度，例如日本、韩国、我国台湾地区。[60]而且如果应用得当，公益信托可与财团法人相辅相成。[61]
