有关国家机关用不符合法治标准的手段限制公民的某些基本权利，也对这些权利造成了一定程度的损害。按照法治原则，对公民的宪法权利进行限制不是完全不可以，但限制宪法权利应该是有条件的。从内容看，国家限制基本权利的目的只能是为了每个人都能充分享有这些权利，且必须以必要和合理为限度，必须合乎宪法。从形式上看，限制公民宪法权利只能依据法律，不能用法律之外的形式。因为，如果宪法确认公民享有一项基本权利，而国家机关（主要是行政机关）又可以用诸如法规、规章等立法之外的形式对其加以限制，那么无异于赋予国家机关以任意限制剥夺、否定公民宪法权利的职权。在我国，用法律之外的形式对公民宪法权利加以限制的情形正在逐渐减少，但这方面的现象在某些领域仍然普遍存在，其中最为引人注目的是行政机关依据自定的行政法规甚至部门规章来限制公民宪法权利。在公民人身权利保护方面，久受国内外法律、法学界诟病的劳教制度[10]是一显例。在公民私有财产权保护方面，《城市房屋拆迁管理条例》的存在及其造成的许多拆迁冲突是另一方面的著名例子。
如前所述，我国还没有保障公民新闻、出版、结社等方面公权的法律，只有为行政管理目的而制定的规章，对于作为行政相对人的公民的宪法权利来说，而这些规章的内容主要是限制性的。[11]按照立宪国家普遍承认的判断标准，用这类规章限制公民宪法权利违反我国宪法确认的法治原则和我国宪法保障公民基本权利的初衷。在出版方面，2007年在海内外引起人士很大程度关注的章诒和与新闻出版总署为《伶人往事》一书的出版发行而造成的争议，从一个特定角度集中反映了我国法律制度在限制公民宪法权利方面存在的问题。
还有一种情况更值得关注，那就是，有些已经制定的保障公民基本权利的法律没能得到切实的实施。这方面有一些长期以来特别引人瞩目的情况有待改善。其中，首当其冲的是犯罪嫌疑人的人身权利保护问题。远的不说，仅以过去十余年的情况看，仅仅媒体披露出来的我国刑事方面的冤案就显得太多了，而几乎每一件冤案后面都有公安部门（有时是检察机关）对犯罪嫌疑人滥施暴力、刑讯逼供的情况。许多实例表明，公安等强力部门的工作人员只要是以治安的名义、以破案的名义，把普通公民打死、打残，也往往不必承担法律责任或只承担很轻的法律责任。[12]这种状况表明，在这种情况下有时公安部门、检查机关、法院都没有切实遵守刑事诉讼法的有关规定，刑法关于惩治刑讯逼供的条款并没有得到认真适用。
保障公民基本权利，切实依法办事方面的另一个引人注目的情况是由执政党的纪委对涉嫌职务犯罪的党员领导干部实行“双规”。[13]这里有一个如何将有效反贪腐与实行法治两重目标协调起来、避免顾此失彼的困难问题要处理。
在公民基本权利的实现方面，有一个特别引人关注的问题，即各地人大普遍存在违反法定原则，将法律规定候选人应该多于应选人的差额选举搞成几乎一律等额选举的做法。《地方各级人民代表大会和地方各级人民政府组织法》第22条规定：“人民代表大会常务委员会主任、秘书长，乡、民族乡、镇的人民代表大会主席，人民政府正职领导人员，人民法院院长，人民检察院检察长的候选人数一般应多一人，进行差额选举；如果提名的候选人只有一人，也可以等额选举。”可见按照该规定，地方国家机关正职领导人选举，差额选举是原则，等额选举是例外。但实际的情况却是，许多年来地方各级党委在地方国家机关正职领导人选举时，都千方百计通过人大主席团把候选人安排为“只有1人”，全国几乎没有例外。补选也一样：按前法第25条，在地方国家机关正职领导人出缺需要补选时，“候选人数可以多于应选人数，也可以同应选人数相等。”但事实上全国各地补选时，都搞的是等额选举，没发现过例外。
（三）如何实现执政党与国家关系的法治化
处理好执政党与国家的关系（更具体地说，是执政党的组织与国家机关之间的关系），是我国政治体制和司法体制改革的核心的和深层的问题。在20世纪40年代之前，各立宪国家一般只是用宪法惯例来规范政党行为，并未正式将政党制度纳入宪法和法律范围，但自第二次世界大战以来，将政党制度纳入宪法和法律范围已经成为各国宪法发展过程中的一个明显趋势，特别在那些执政党曾经严重破坏宪法秩序的国家。从半个多世纪以来的实际情况看，我国非常有必要用宪法和法律规范政党活动，其重点是执政党与国家的关系。
在实现执政党与国家关系的法治化方面，有些做法显然应该设法予以改革。这些做法包括：1．我国《宪法》确认了中国共产党的领导地位，但没有具体确认它有那些权利、权力或权威，更没有对中国共产党和它的各级组织运用这些权利、权力或权威的形式和程序做出规定。2．执政党实质性地决定国家的所有重大事务，但没有法律对政党内部关系的民主化、决策的公开化和财务的透明化做出规定和提供保障。3．专职党务人员与国家机关官员身份地位不分。
按照建设法治国家的需要，我国现行的可以被称之为执政党“在国家机关外部执政”的体制，也应该逐步予以改革。一般法治国家的执政党在通过选举机器将本党干部输送到国家机关的关键岗位（直接看主要是行政首脑）后，一般都会淡出公众视野，转而由进入国家机关的本党成员在宪法框架下决定其他重要岗位人选和施政方针。与此不同，中国共产党领导国家事务的特点是，在将本党干部输送进国家机关的关键岗位后，仍然保留强有力的党的组织机构，并由党的组织机构从外部实质性地决定国家机关内部重要岗位的人选和国家有关机关的施政方针。如果将一般法治国家政党的执政称为进入国家机关体系内部执政，那么，根据中共执政的主要特点，可以将我国执政党的这种执政方式描述为“党在国家机关外部执政模式”。在这种模式下，从中央到地方，我国每一级行政区域都是执政党和国家机关两套班子、两套人马，党的班子从在国家机关外部决定国家机关内部的人事和方针政策。
党在国家机关外部执政模式有不少长处：在执政党的组织与同级其他国家机关之间，形成了一定程度的实质性分权制约关系，尽管它仍然体现着同级的执政党的组织的首席负责人的主导权，但还是多少有一些防止权力过度集中于一个人或一个机关的作用；有利于确保执政党在公共生活中的领导地位和核心作用。
