至少从1990年10月1日起，法院对行政案件进行调解是违反《行政诉讼法》的。这是任何一个法官——无论他的法律知识背景如何——都不需要经过复杂的法律解释方法就可以获得的办案准则，但是，“调解”仍然时隐时现于各级法院的法庭内外。对于这类现象，姜明安教授指出：“行诉法禁止法院调解，但行诉法并不禁止法院外的其他第三人，如行政机关的上级机关、社会公益组织、或律师等，对行政诉讼双方当事人进行调解。行诉法禁止法院审理行政案件时（即开庭时）调解，但行诉法并不禁止法院在非审理行政案件时进行调解。而且，行诉法规定的“不适用调解”，其立法原意是不能以调解书结案，而并未排除法院通过对案件事实、证据及法律的分析影响争议双方和被告受此分析启发而自觉改变被诉具体行政行为和原告受此分析启发而自愿撤诉。”[14]姜明安教授这一解决问题的方案显然是想缓和行政诉讼的实践与法律规定之间的紧张关系，但他也明确肯定“行诉法禁止法院调解”。至于新近最高法院颁布的《撤诉规定》也不能为行政诉讼“调解”解禁，因为最高法院没有权力修改《行政诉讼法》。
（二）无根基的“协调”
法院因为诸如“政治”等因素作用，有时它并不当然一定会“依法”办案。在法院看来，既然行政案件不能调解，那么“协调”解决行政争议在当下法律上至少是没有明示的否定性规范。所以，在最高法院或者一些省、市高级法院的默许甚至公开鼓励下，各级地方法院便将“协调”当作一条行政诉讼的潜规则，作为解决一些疑难杂症式的行政案件的良药妙方。[15]更为重要的原因是，以“协调”这样的方式了断行政争议，有时可以使法院、原告和被告三方利益获得最大化，也契合了我国的诉讼文化与传统。
为了寻求“协调”的合法性，一些行政法学者们（包括法官）开始为“协调”辩护，并出示了如下若干理由：（1）行政裁量的存在是行政诉讼案件得以“协调”的法律基础。[16]（2）《行政诉讼法》第51条规定，被告改变具体行政行为，且原告同意并申请撤诉，是否准许由法院裁定。这是都是“协调”的法律依据。[17]除此之外，还有从诉讼文化、法律传统、当下国情、政策导向等方面，陈述行政诉讼“协调”的正当性。[18]
但是，上述理由并不能完全回答如下几个问题：（1）行政裁量的空间并不是行政权自由翱翔的“天空”，行政裁量附有公正作为义务乃是行政法学人皆知的基本规则。所以，通过行政机关和行政相对人之间的合意，以消解行政机关裁量所随附的强制性的公正作为义务是否具有可得性仍然是令人生疑的。（2）如果《行政诉讼法》第51条的规定内含有“协调”之意，那么它与《行政诉讼法》第50条关于“人民法院审理行政案件不适用调解”的规定之间构成了同一法律文本内的法律规范冲突。这显然不是当时立法者的本意。《行政诉讼法》第51条应当解释为：在行政诉讼中，行政机关认识到被诉的具体行政行为违法，依职权作出改变。它是“有错必纠”政策的法律化。所以，立法者在这一法律规范中丝毫没有表达出允许行政诉讼“协调”之意。唯有这样的解释，才能在内容上与《行政诉讼法》第50条规定相兼容。
