有观察者认为，香港行政主导出现弱化的情况，既有体制上的原因，也有政治文化和施政环境方面的因素。[36]就制度而言，《基本法》没有赋予行政长官对立法会议员的委任权，所有立法会议员均由选举产生，且其中直选议员占一半。而在《香港特别行政区基本法》之后的《澳门特别行政区基本法》则授权特首委任27位议员中的7位，更有助于实现立法会与特首之间的协调一致。此外，虽然两个基本法都规定特区政府对立法会负责，但是香港特区政府较之澳门特区政府对立法会负责的内容多一项：征税和公共开支必须经立法会批准。《澳门特别行政区基本法》没有这一条。这意味着澳门特区政府的运作空间更大。在与司法机构的关系方面，港澳对一般法官的任免程序基本相同，但对终审法院法官的免职程序有所区别。香港终审法院法官和高等法院首席法官的任命须由行政长官征得立法会同意；而澳门的做法是终审法院法官的免职由行政长官根据立法会议员组成的审议委员会的建议决定，更加突出行政长官的决定权。在政治文化和施政环境方面，在香港回归前，英国对香港的管治已经比较成熟和严密，形成了一套行之有效的管治方法和管治团队。即使在放弃主权之争之后，英国也曾经企图继续管治香港，提出“主权换治权”的方案。在香港回归的过渡期，港英政府加速“代议制改革”，为政权的平稳交接制造了障碍，也影响到政权交接后首届政府和行政长官的施政。与此相对，澳门的和平交接则为首任行政长官和政府创造了较好的施政环境。
尽管如此，《基本法》对行政长官和香港政府的既有授权已经为行政主导体制奠定了根本性的基础。从香港两任不同政府的施政效果来看，政府能否充分运用《基本法》的授权，切实提高其管制能力，是决定其能否发挥行政主导作用的关键。面对香港的宪制发展，政府有必要对新的权力主张作出回应，特别是从以下几个方面维护行政主导体制，使之能够与香港的宪制共同成长。
第一，加强政府自身建设，切实提高政府管治能力。行政机构要在香港的政治构架中发挥主导作用，必须具备相应的组织能力。从香港回归后的政府管治实践来看，特区政府特别应该加强组织管理能力。根据《基本法》，特首有权领导香港特别行政区政府、任免主要官员和公务人员（第48条）；特区政府有权管理各项行政事务（第62条）；公务人员必须尽忠职守，对香港特别行政区政府负责（第99条）。可见，特首和政府不但有权行使各自对内对外的行政管理权，而且还有权行使对公务员系统的组织管理权。
就规模而言，香港拥有庞大的公务员队伍，包括警察等治安和纪律部队。如果组织合理，这些公务员将成为维护行政主导的核心力量。但是，如果组织构架存在缺陷，也容易出现互相牵制、消耗行政机构本身的有生力量。例如，许多观察家都注意到，在首任行政长官董建华第一任任期内，公务员团队对行政首长施政配合度不高，导致政府施政困难。“高官问责制”的推行，既有回应立法会监督政府的考虑，也是为了理顺特首与三司之间的关系，特别是特首与政务司之间的关系。[37]事实证明，理顺特首与政府部门和公务员系统之间的关系，有助于行政主导体制的实现。现任特首曾荫权先生提出要发展“香港特色的民主”和“共识政治”，进一步整合行政力量。据此思路，香港特别行政区将出现一个三层宝塔形的行政架构：行政长官在三位司长尤其是政务司长和财政司长的辅佐下，居于管治架构的最高也是核心位置；行政会议强化“执政联盟”，以确保行政机关得到立法会的稳定支持，同时，减少行政会议的出席人数以提高效率；策略发展委员会连同其他咨询组织，构架管治的民意基础。另外，为问责官员设立政务助理，为有意参政的党团提供出路，并且还可通过此途径培养和发现政治人才。
第二，认真对待政党诉求，同时有序推进政党制度法律化。《基本法》设计的政治体制没有涉及政党在特区政治生活中的地位，这给政党随着民主政治的发展而不断发展创造了空间。处理好政府与政党的关系，获取政党的支持，是确保香港今后维持行政在政治运行中主导作用的重要一环。从政党的本质属性来讲，都有执政、参政要求。立法会议席的开放，满足了政党执掌部分公共权力的要求。但它们仍然是“功能缺失性政党”，不能问鼎公共权力的执行权，使得行政与立法之间在政治上严重失衡。如果政府不考虑与政党分享行政权，行政立法关系不可能得到缓和，所谓“执政联盟”也不可能真正建立，因此有限度地回应政党的执政、参政要求，可能是今后香港政治发展的必然选择。
