基于这种“超然”的地位，香港司法机构审理了多起影响政府管治权的案件。其中比较重要的有：海外公务员协会诉公务员事务局局长案[20]、海外公务员协会诉行政长官案[21]、新界非原住村民选举权争议案[22]、陈树英诉香港特别行政区行政长官案[23]、公务员减薪案[24]、香港特别行政区对杨美云及其他人士案[25]、梁国雄及其他人诉香港特别行政区案[26]，等等。这些案件涉及到香港的公务员管理体制、香港政府的市政管理、香港的区域组织和基层组织选举，以及立法会的议事规则等。此外，终审法院还在其他案件中加重了政府的证明责任，要求对涉及基本权利的限制应当作狭义的解释，而证明有关限制合理性的责任在政府。[27]
最近一起对香港行政和立法权的运行发生重大影响的案件则是梁国雄及古思尧案。在该案中，原告要求裁定《电讯条例》第33条及《执法（秘密监察程序）命令》无效。《电讯条例》第33条授予行政长官权力，规定每当行政长官认为为公共利益而有此需要时，可以截取通讯。而《执法（秘密监察程序）命令》则授权执法进行秘密监察。原审法庭于2006年2月9日作出判决，认定上述条例违宪。法官还认为，行政命令虽然合法，但是不能成为《基本法》第30条所指的“法律程序”。不过，法庭考虑到执法机关如果被撤销有关调查权力，可能会对维持法律和治安造成严重影响，因此裁定自原审法庭作出判决起计的6个月内继续有效及具有法律效力（“暂时有效命令”）。案件上诉到终审法院以后，终审法院判决上诉得直，并推翻暂时有效命令。为了让当局可制定补救法例，终审法院延迟实施行政命令和《电讯条例》第33条违宪的声明，即由原审法庭于2006年2月9日作出判决的日期起计，延迟6个月实施，至2006年8月8日为止。终审法院的判决书述明：“政府在上述有关宣告延迟实施的期间内，可依据已被宣告违宪的规条行事，而不违反任何实施中的宣告。然而，尽管有此延迟实施安排，政府并不能就其依据已被宣告违宪的规条行事而获得可免承担任何法律责任的保障。”[28]
特区司法权的扩张对行政主导既有直接影响，也有间接影响。第一，特区司法机构，特别是终审法院作为特区的“违宪审查”机关，行使监督和制约立法会和行政机构的权力，提高了司法机构的地位。特区司法机关行使“违宪审查权”突出了“三权分立”，对“行政主导”具有消解作用。第二，由于特区政府对立法的主导性作用，法院对特区立法的任何违宪宣告都间接否定了政府通过立法所要表达的意愿和政策。第三，特区法院在行使违宪审查权时，除了宣告相关法条或条例违宪，还采取了修正法条用语、增删法条内容等形式，因而实际上起到了修改法律和直接立法的作用。就前述古思尧案件而言，法院不但宣告相关条例和行政命令违宪，还为当局创制补救条例设定了时间。这一实践实际上导致司法机关指导行政立法的结果。虽然所有的违宪审查都或多或少地对新的立法具有指导作用，但是就时间和内容进行此类非常具体的指导，即使在其他实行司法审查的地区也非常罕见。此后，2006年8月，《截取通讯及监察条例》生效，法官取代了行政长官而被授权决定是否采取截取通讯秘密。[29]
由于香港司法机关在裁决案件时趋向于采取一种形式主义的思路，忽视法律政策的效果，因此，许多判决虽然看似维护了法条，但是却留给政府和社会一系列棘手的社会问题。例如，在庄丰源案中，法院裁定凡在香港所生的中国籍子女都拥有永久居留权。[30]这一裁决结果“鼓励”了内地孕妇赴香港生育，甚至挤占本地孕妇的生产资源，引发香港孕妇的抗议。[31]近年来，司法机关也开始反思其处理政治问题的正当性及限度，提高了司法审查的受理标准。[32]毕竟行政机构的主导性与其需要承担的政治责任是联系在一起的，而司法机构的任期使之实际上不承担政治责任。这一认识对行政主导的实现是有利的。不过，在司法和行政的关系中能否体现行政主导的特点，还需要进一步的实践。
（三）香港政制发展对行政主导体制的影响
香港作为单一制国家的一个地方行政区域，其政治体制是由中央通过法律加以规定的。《基本法》是一部规定香港特别行政区制度的宪制性立法，特区政治体制是其最重要的内容之一，而香港的政制发展应当在《基本法》所设定的框架下进行。不过，《基本法》对香港政治体制的规定不都是刚性的。在特首和立法会选举方面，就预留了空间：《基本法》第45条和第68条订明，有关的选举办法根据香港的实际情况和循序渐进原则规定，最终达致普选产生的目标。为便于对选举安排作出修改，附件一和附件二确定了一套修改办法，规定如需对两个产生办法进行修改，有关修改必须经立法会全体议员2/3多数通过，以及经行政长官同意。此外，有关行政长官的产生办法的修改，必须报全国人大常委会批准，而立法会产生办法的修改必须报全国人大常委会备案。显然，有关的修改必须在立法会、行政长官和全国人大常委会履行各自的责任之下方可生效。可见，《基本法》对香港实行普选的条件从实体和程序两方面作出了限定：就实体而言，需要满足符合香港实际情况的要件；就程序而言，需要满足循序渐进原则和经中央和特区两个层面同意的程序。
