在弹劾军机处奏稿表决后，资政院的负责人又藉固迟迟不上奏，到十一月十四日，易宗夔曾催促议长尽快上奏，指出“现在再迟延几天，就要闭会了。军机大臣对于本院很反对的。本议员为开国会的事情有个质问说帖，至今还没有答复；吴议员为湖南公债事件有个质问说帖，也还没有答复。他不以本院为平等机关，所以本院对待亦不可过于迁就，还是请议长从速具奏为好。”[36]十七日，弹劾军机处奏稿始上。与此同时，军机大臣风闻资政院将上弹劾奏稿，也向监国摄政王提出全体辞职的要求。十八日朝廷同时下达两道硃谕，该硃谕皆由监国亲笔写就，一是不准军机大臣辞职，[37]一是指责资政院越权妄议。如果说前一道硃谕只是表明了朝廷支持军机的立场，那么后一道硃谕对资政院直接斥责，更表明了朝廷对资政院的厌恶态度，其原文为：“资政院奏大臣责任不明难资辅弼一折，朕已览悉。朕维设官制禄及黜陟百官之权为朝廷大权，载在先朝钦定宪法大纲，是军机大臣负责任与不负责任暨设立责任内阁事宜，朝廷自有权衡，非该院总裁等所得擅预，所请着毋庸议。”[38]这种情况，加重了议员们在弹劾军机上的分歧。使得弹劾案愈趋复杂化。
硃谕在十九日资政院第二十六次全体大会上引起了强烈反响，激进议员首先发言。有的主张解散资政院，李素首倡其议，“现在内政外交种种失败，都是军机大臣不负责任之故。而军机大臣中握权最久者，孰逾于庆亲王、那中堂，我们弹劾案只对于机关说话，不弹劾其人，本员本不赞成。看昨天硃谕的意思，似乎以本院为不知大体、擅行干预，我们何必自己取辱？况此谕一出，外洋各国愈知我国立宪是假的，反与国体有碍，还是请议长咨询本院请旨解散倒觉痛快。”有的主张继续弹劾军机，由先前的弹劾机关改为弹劾个人，由先前的法律弹劾改为政治弹劾，即直接弹劾军机领班庆亲王奕劻。易宗夔是这一派的代表，他还深入分析了硃谕本身对于弹劾案的影响，“硃谕比不得从前的谕旨。从前的谕旨，我们有可以说话的地方，因为军机大臣拟旨，军机大臣署名，这回硃谕是摄政王自己用硃笔写的，而军机大臣没有署名，使我们没有说话的地方……立宪国精神，是议院与政府对待，现在弄成议院与君主对待……我们要想个法子解决这个问题……我们不能对硃谕说话，是应该还要拿军机大臣出来。”还有一批议员主张继续具奏，明定军机大臣责任。三种意见相持不下。最后由议长溥伦倡议以“仍请明定军机大臣责任”作为议题付表决，得到多数议员的赞成。随即指定起草员从速起草弹劾具奏稿。[39]从议员们的表决结果看，在朝廷的压力下，尽管有不少议员情绪激昂，但绝大多数议员开始退缩。
在二十日举行的第二十七次大会上，“仍请明定军机大臣责任”折稿在大会宣读。该折稿避重就轻，仅谈及在立宪政体下，国会只应与行政机关对待，而不能与君主对待，资政院与军机处的关系类同于立宪政体之下国会与政府，因此军机应该负责任。十九日表决时为弹劾案议题，经起草的折稿成为完全的具奏议题。不少议员起而责难、质问。为什么起草员将奏案内容作如此重大的变化？估计政府在其中做了大量的工作，收买有之，威胁有之。起草议员面对此种情况，有被收买、威胁之虞，也有主动气沮的因素。议员刘春霖在发言时, 明确指出，议员许鼎霖在十九日私下劝告他“前次会议时，本员所说的话言调过激，是危险的，谓有人在政府献议，说议员胡闹，非照戊戌那年办几个人不可。”接着刘春霖沉痛指出了资政院现今存在的问题，“有几个议员在政府里头平素多奴颜婢膝，而政府遂轻视资政院。这一种议员不但自失身份，并且说所谓全体议决，其实并不是全体，不过几个人胡闹而已。政府觉得你不是全体，所以越发看著资政院很轻，致使资政院议案全归于无效。这全是坏在这几个议员身上。”因为有很多议员的批驳，起草员起草的折稿在表决时被否决。最后，大会以多数表决通过了籍宗寅的修正案，其修正案的主旨是：先阐述立宪各国政体的精神，接着解释钦定宪法大纲，得出政府应与国会对待，因为军机大臣是办内阁之事，应该对资政院负责。如果军机大臣不负责，资政院有监督之权。朝廷硃谕本是不错，但担心军机大臣以硃谕为借口，更不负责任，于立宪前途非常危险，要求朝廷明降谕旨，明定军机大臣责任。[40]
这个修正案与原起草案并不存在本质不同，其不同之处只是在措辞方面，全失弹劾军机大臣的原意。到二十三日的第二十八次大会上，新起草的折稿主题又演变为“速设责任内阁”具奏案。据起草员解释的理由是“资政院最初的目的与全国人民之目的都是希望责任内阁成立，如新内阁不成立，就是申明军机大臣的责任，仍恐靠不住的，所以就没有提起这一层……硃谕说负责任不负责任朝廷自有权衡，资政院不能擅预，若一定要请申明军机大臣责任，是与前次硃谕相反，恐这个折子上去，就没有法子下上谕了……明知道没有效果而必以此折尝试，就不如抱最初之目的，请立责任内阁为妙。”[41]尽管有一些激进议员坚持主张弹劾军机大臣，尤其是领班军机庆亲王，但在表决时，该“速设责任内阁”具奏案以多数通过。
与此同时，朝廷也没有闲着，采取了先发制人的手段来应付资政院对硃谕的可能反映。除了暗里拉拢、威胁议员以削弱资政院之外，朝廷还在资政院通过“速设责任内阁”具奏案的当天下谕，饬民政部和步军统领衙门将奉天第四次国会请愿代表遣送回籍。二十四日朝廷又明发上谕，饬令宪政编查馆修正筹备立宪清单，并将内阁官制一律详慎撰拟，候皇上披览。[42]到二十五日召开的第二十九次大会上，议长溥伦首先表达了取消具奏案的意思，“诸位前次议决的请速设责任内阁上奏案，本拟今天上奏的，因为昨日奉了上谕……既然有这个上谕，就与这个奏折内所说的不符，所以昨晚又将此奏折撤回。现在咨询本院这个上奏案是否应当取销？”议员们马上分成两派，一派主张上谕下来，速设责任内阁的目的已达，不用再上奏；一派主张军机大臣负责任的问题没有解决，还应该继续上奏弹劾军机。双方争论多时，最后付诸表决，主张撤回具奏案的议员有85名，占多数。资政院第二次弹劾军机奏折暂时被撤销。[43]其实上谕只是要求拟定内阁官制，并没有直接宣布设立责任内阁的具体时间，与速设责任内阁还是弹劾军机本无太直接的关系，为何能够得到多数议员的赞同？当然跟朝廷极力运动议员有关，主张撤销奏案的议员于会前密议在很大程度上就是朝廷运动的结果。当时的报纸有记载，“二十五日未曾开会之先，有首要数十人，先于休息所秘密计划，大部以取消为是。著名强项之某议员（暗指易宗夔）即其一人，而某议员乃于会场中敷衍数语，明其不可取消之理由。事为国民公报所揭载，其举动尤令人不能倾仰矣。大抵此所谓秘密会议者，秘书厅中人，实操纵之，伦议长业忧积谤为政府侧目，故力主调停之政策。”[44]
