在十月十一日下午召开的资政院第十五次全体议员大会上，易宗夔首先询问议长，军机大臣能否当天到资政院就湖南公债案说明副署理由，吴赐龄更草拟了质问军机大臣说帖，一时议员们纷纷发言讨论质问军机大臣事。在这些议员的发言中，李搢荣的论证值得注意，他首先指出根据宪法大纲和守法之必要性，军机大臣有负责任的理由，最后谈及仅有质问说帖之不足，要求提议请旨明定侵权违法之处分：“然资政院议员所必请军机大臣答复者，根据光绪三十四年八月初一日王大臣拟定宪法大纲原奏原折云，必以政府受议院之责难者，即由君主神圣不可侵犯之义而生。军机大臣虽不是责任内阁，究不能不算政府。既是政府，就不能不替君主负责任；所以请军机大臣说明理由者，尊重法律也……法律可违背，推其极必成为无法律之国。本议员想法治国者，非仅颁行法律也，遵守法律也。盖国之有法律，如人之有精神，人无精神则死，国无法律，其危殆不可胜言。然有法律而不遵守，与无法律等……（德宗上谕）大意谓现值国势积弱，事变纷乘，非朝野同心不足以图存立。朝野同心者，同此尊重法律之心也。又曰：非纪纲整肃，不足以保治安。纪纲整肃者，上下同处于法律范围之内也。又曰：非官民交勉，互相匡正，不足以促进行而收实效。交勉者，官民以遵守法律交勉，有逾越者，则互相匡正也。”[30]因此，质问军机大臣并要求朝廷惩处侵权违法行为正是遵循先皇谕旨、促进法律执行的正当行为。吴赐龄的质问说帖经全体出席议员的表决，得到多数赞成。
为了保持资政院的预备国会性质和议员的人民代表地位，议员们与军机大臣发生了一系列龃龉，传统政府高高在上的权威受到了严重的挑战。当资政院开院伊始，政府要顾及立宪舆论，不得不与资政院周旋。当资政院议员要求军机处对资政院负责之时，这已经触及到传统政治架构的敏感神经，随着二者之间不断的龃龉，政府遂感到有裁抑资政院权威的必要。资政院议员们出于对立宪的信任和代表人民的责任，不会甘心退让。矛盾已是一触即发，弹劾军机案已经有了出现的征兆。
三、军机大臣和军机处可否被弹劾？
朝廷有了裁抑资政院的意图，军机大臣对议员们的积愤与日俱增。有这个背景，对于易宗夔质问说帖，军机大臣表现强硬：认为责任内阁尚未成立，军机处乃按照先朝旧制行事，无责任可负。这种表示引起了议员们的愤怒。十月十九日，有军机大臣副署的三道交资政院的谕旨：关于资政院奏核议江西改征洋码一案依议；云南盐斤加价一案交盐政处察核具奏；广西警察学堂禁止外籍学生案交民政部察核具奏。前一道谕旨还没有什么，后两道谕旨“隐然视资政院为盐政处和民政部的下级官厅”，[31]全院议员群情激愤，弹劾军机案的波澜因之而起。
这三道谕旨在资政院宣读之后，对弹劾军机最为积极的易宗夔首先发言，“对于现在政府有甚不满意的地方，我们中国已经先朝确定为立宪政体之国，所以才设立一个资政院为上下议院之基础。资政院系立法机关，凡立宪政体之国，皆系三权鼎立，一种是立法，一种是司法，一种是行政。何谓三权鼎立？说是立法、司法、行政都是独立不能侵犯的。现在这两道阁抄……系军机大臣拟旨、军机大臣副署。既是军机大臣拟旨、军机大臣副署，则军机大臣有应负之责任。军机大臣岂不知这个立法机关是独立的么？既然知道为独立的机关，就不能将立法机关所议决的案子交行政衙门去察核。可见军机大臣是侵资政院的权、违资政院的法了……我们应该照院章第二十一条上奏弹劾军机大臣为是。”
关于军机大臣答复的“不负责任”，罗杰的主张在议员中颇具代表性，“现在既是立宪政体，则专制政体当已消灭。何则？军机副署的制度就是一个立宪国的政府了。虽现在没有责任内阁的名目，然军机大臣确是有责任内阁的关系，当有责任内阁的精神……其答复‘责任’二字，非常含糊。‘责任’虽系日本制度，然实用我们中国固有名词，就如古书所谓‘有官守者不得其职则去，有言责者不得其言则去’，皆大臣以道进退、肯负责任之意也。责任制度，东西各国遥遥相印，不独日本，古之圣贤恐一国政治有不完善，人民与君主生出直接冲突，特责成大臣。” [32]所以军机大臣答复“不负责任”，既不符合立宪国精神，又与圣贤教导大臣之意不符，无论如何，军机大臣都难辞其咎。政府特派员李家驹曾经到会做了解释，[33]但不能得到议员们的谅解，而且在议员们的质问下无法作答。易宗夔和罗杰的主张得到了很多议员的赞成，经过议员们的反复讨论，决定以军机大臣违反资政院章程和咨议局章程为事实根据，弹劾军机大臣侵权违法，经多数议员赞成作为正式议题，并指定赵炳麟等六人为起草员，负责弹劾军机上奏案的起草工作。
十月二十四日，资政院召开第二十次全体大会，朝廷随即下达旨意，云南、广西两案依议，对资政院做了一定的让步。当资政院宣读起草的弹劾军机折稿时，有议员主张取消此次弹劾奏稿，并要求就取消奏稿一事由全体议员表决，因为单纯“不负责任”是否违背法律还不一定，从院章找不到弹劾的根据，可以不提弹劾，只提军机不负责任、请求废军机处速设责任内阁，这些人大多是钦选议员。大部分民选议员则认为不能全体取消，只能取消一半，因为军机大臣确有不负责任的事实，弹劾军机大臣也并非完全起因于云南、广西两案，建议另选定起草员重新起草弹劾折稿。双方经过激烈争论，最后议长溥伦决定仍以“不负责任”为题继续弹劾，并重新指定起草员起草奏稿。[34]起草员经过三次会议商讨如何写作，到十一月初九日才拿到大会宣读，前后时间达半个多月之久，而奏稿的内容也由弹劾军机大臣个人的不负责任变成了弹劾军机处不负责任，要求设立责任内阁。当时即有议员提出此点区别。但在表决的时候，经多数议员通过。[35]
