《资政院章程》第二十三条规定：“各省咨议局与督抚异议事件，或此省与彼省之咨议局互相争议事件，均由资政院复议，议决后，由总裁、副总裁具奏，请旨裁夺。”因此资政院有权审查咨议局与本省督抚之间的异议事件。资政院第一次常年会中即审查了不少这类案件。此时发生了湖南公债案，湖南巡抚主张发行公债而咨议局反对，最后交资政院审查。资政院由特任股查明了争议事实：湖南巡抚杨文鼎鉴于该年无钱弥补行政亏空，[23]于是按照安徽、湖北的办法发行公债。在各省咨议局没有成立以前，公债的发行都是由各省督抚上奏朝廷获准施行。而湖南巡抚此次发行公债则在该省咨议局成立之后，按照咨议局章程的规定，议决本省公债事项属于咨议局的权限范围以内。[24]湖南巡抚仍然按照原先的办法直接越过本省咨议局上奏朝廷发行公债。湖南咨议局遂电陈资政院，认为湖南巡抚侵夺咨议局权限。湖南巡抚解释的理由是：该年发生非常事件，行政支出浩大，既不能请求度支部拨款，又不能盘剥商民，发行公债是不得已的办法，至于其直接上奏朝廷，则是援照湖北等省的成例办理，并无不合之处。湖南咨议局的理由是其他各省发行公债之所以通过上奏朝廷办理，是因那时该省咨议局尚未成立，与湖南已经成立咨议局情况不同。
资政院特任股详细审查了该情况，认为是湖南巡抚侵夺咨议局权限，实属违法。而且有议员指出，现在发行公债已经丧失了其本意。因为当时法律规定公债券可以随意转让，认票不认人，此种公债的利息甚高，超出银行存款的数倍，炒公债有利可图，因此就有一些外国人来购买中国的公债。据有的议员讲，在伦敦市面上即有中国的公债券，一百两的公债券已经上涨至一百零八两之多。所以，发行公债徒使外人获利，就是和直接借外债相比，损失犹大。[25]资政院议员鉴于湖南巡抚事实上的侵权违法，考虑到要防各省发行公债之微、杜损失利权之渐，经多数议员通过，以资政院全体的名义，上奏湖南巡抚侵权违法，请求圣裁。[26]
十月初八日上谕到达资政院，该上谕指出湖南巡抚有疏漏之处，但没有给予任何处分，只是奉旨交度支部核议。资政院议员得知此上谕内容后，非常失望，情绪相当激烈。议员对于该上谕内容的激烈态度，从易宗夔在议会的发言可见一斑：“这回湖南公债事体，请旨裁夺。现在已经奉旨，一点处分都没有。既有军机大臣署名，应该处分而不加处分，我们须请军机大臣出席，说明理由。就是一个御史参一个督抚，亦不至如此无效。而资政院全体议决之件如此无效，何必设立资政院？并且这件事体是侵权违法的事体，一点处分没有，以后侵权违法的事更多。若是无处分，将来资政院就可以不核办这种事体了。”易宗夔的发言不仅措辞激烈，而且已经将矛头对准了军机大臣的副署责任。朝廷关于湖南巡抚侵权违法案的谕旨直接导致了资政院弹劾军机案的发生，那朝廷为何会有这个内容的谕旨出现呢？
清王朝曾经创立了一套君主集权在中国史上登峰造极的政治框架：作为事实上的最高政务机构的军机处由皇帝的亲信组成，直接秉承皇帝意旨；中央各部首长和地方督抚互不统属，都直接接受皇帝的命令。这种精心设计的君主集权框架到太平天国前后出现了意想不到的问题。伴随着湘淮军的兴起，地方督抚权力坐大，逐渐形成了实际政治架构“内轻外重”的局面。到八国联军侵华时期，一批影响较大的督抚联合实行“东南互保”，更削弱了清中央朝廷的威信。到晚清宣布“预备立宪”，改革官制之时，督抚问题更让清政府头疼。当时就有日本人看出了这个问题，“欲解决清国之立宪问题，不可不先解决督抚制度的存废。今之督抚，事实上为副主。此制不废，中央集权制度不得告谓成功，则不外模仿联邦制度而已。” [27]当时有些议员也清楚意识到此问题，如李文熙指出，“向来各省督抚惟我独尊、任意自由，已成习惯，故对于中央机关之命令，往往视为具文。”[28]晚清中央政府既无实力，也无合适的借口解决它，在预备立宪时期需要设立代表舆论的资政院，清朝廷原打算让资政院藉舆论的力量帮助朝廷解决该问题，这就是朝廷规定将咨议局与督抚异议的问题交由资政院复议之后上奏的原因所在。
按照朝廷的这种如意设想，本应该赞同资政院的主张，给督抚一个警告。但湖南巡抚侵权违法案还有另外两个因素在起作用：湖南巡抚是越过咨议局直接向朝廷请旨，并没有藐视皇上的权威。如果朝廷反过来支持资政院的处理办法，无异助长了资政院的气势，在资政院借助对院章的广义解释来扩大其权限的关头，不是朝廷所愿意看到的；作为皇帝亲信的军机大臣已经和资政院有了隔阂，资政院力图以立宪国的“责任”制度约束军机处，这是军机处所不能接受的，资政院事实上任何权力的扩张都会引起军机处的高度警惕，军机处的态度在很大程度上影响了谕旨的内容。这是朝廷有此谕旨的深层原因。此谕旨的深层含义就在于朝廷给资政院敲警钟，不要肆意扩张其权力，证明大权还是统一于朝廷的。
继易宗夔发言将矛头直接指向军机大臣的副署责任之后，更有议员指出该谕旨乃是军机大臣欺罔朝廷的产物，要求军机大臣到资政院说明其副署的理由，“我皇上、我摄政王遇事取决廷议，此次谕旨确是军机大臣所主持，然度支部核议奉旨允准，试问资政院章程、咨议局章程是否奉旨依议？推其原因，各省督抚办事不过信用一二幕府，（幕府）欺罔督抚，督抚即以之欺罔朝廷；行政大臣不过信任一二部员，部员欺罔行政大臣，行政大臣即以之欺罔朝廷。如果朝廷可以欺罔，不但我们资政院议决之案都可以取消。此次督抚侵权违法，只以疏漏二字了之，没有处分，将来资政院所议决之事件皆失效力，所以本议员对于军机大臣署名甚不满意，须请军机大臣出席说明理由。”[29] 由于众多议员情绪激昂，力主军机大臣立即到院说明副署理由，并停止议事，表示等军机大臣说明理由后方才开议别的事件。经资政院副议长多次催促，军机大臣皆以公务繁忙，始终未曾到院。军机大臣的蔑视，更引起了议员们的愤怒。
