然而，基于价值平衡和价值选择的一般原理，有原则就应当有例外，刑事推定正是限制无罪推定原则和有利被告原则的例外情形。刑事推定是在某类缺乏足够的证据直接证明待证事实的案件中，根据基础事实的存在，通过常态联系来认定推定事实。本来，通常情况下，此类案件应当被认定为存疑案件，并根据有利被告原则作出有利于被告人的认定。然而，在适用推定的案件中，国家一改谦抑的风格，保持一种介入的姿态，这是基于特定案件中认定主观方面的困难以及特殊刑事政策的考量，自然需要以一定的民权损失为代价。由此，立法和实践中出现了以推定代替证明的情况，在控方用证据证明基础事实存在后，即卸除了证明责任，并转移给被告，若被告不能提出相反证据证明，则认定推定事实成立。通过法律确定下来的推定，更明确排除了无罪推定原则和有利被告原则的适用。因此，推定作为负载着特殊价值考量的制度，与无罪推定原则、有利被告原则之间是具体司法技术与基本规则的关系，也是例外与原则的关系，通过例外对原则的适用范围作出了限制。例外并不是对原则的否定，恰好相反，正是规定了例外，才确立了原则。因此，推定与无罪推定原则、有利被告原则之间不仅不矛盾，而且可以并存，共同为刑事诉讼的目的服务，如果我们认识了推定的这一属性，也就不会以无罪推定为理由反对事实推定了。
值得注意的是，有学者将无罪推定视为推定的一种，[5]这种观点是值得商榷的。推定是一种具体的司法技术方法，体现了国家打击某种犯罪或保护某种利益的决心，而无罪推定是刑事诉讼的基本原则，体现了刑事诉讼人权保障的功能，是现代刑事诉讼的基石，二者既不是同一逻辑层面的概念，功能和任务也各异。另外，推定需要一定基础事实的存在，这是推定不可缺少的要素，而无罪推定则不需要基础事实的存在，它只表明犯罪嫌疑人、被告人在未经司法审判前的法律身份状态。因此，不能简单地因为都有“推定”二字就将无罪推定看作推定的一种。
3．刑事推定不是首选规则，而是末位规则
刑事推定“例外”于无罪推定原则和有利被告原则的属性，极有可能导致刑事诉讼中国家权力的扩张与个人权利的萎缩，因此必须对刑事推定的适用范围进行严格的限制。在我国民事诉讼中，使用推定的情况较多，有一些是对被告人有利的推定，但刑事诉讼中使用的均为对被告人不利的推定，刑事诉讼中适用必须有限度，不能任意化、扩大化，否则将会对个人权利造成严重的威胁。
