对部门内部承担上述三种职能的机构如何设置，使之形成部内所有机构之间既相互协调、合作，又相互制约，既能保障行政管理效率，又能保障行政管理公正的机制，是行政管理体制改革的重要任务之一。
温家宝总理在《政府工作报告》中指出，行政管理体制改革是深化改革的重要环节，是政治体制改革的重要内容，也是完善社会主义市场经济体制的必然要求。改革开放以来，甚至在改革开放以前，我们都曾进行过一定范围、一定规模的行政管理体制改革，但那些改革在广度和深度上均不及这次我们正进行的行政管理体制改革。这次行政管理体制改革是与政治体制改革和经济体制改革密切联系，且同时推进的全方位的改革。要搞好这样广泛和深入的改革，特别需要我们正确认识和处理好以下四对关系：
一是正确认识和处理好“有限政府“与”“服务政府”的关系。“有限政府“与”“服务政府”本来是统一的：服务政府是为人民服务的政府，政府为民服务就应该精简机构、转变职能，减少人民的负担，不干预或少干预人民的私人事务，不干预或少干预人民的自由。但是我们如果对“服务政府”缺乏正确的认识，以为“服务政府”就是政府要把所有公共服务职能包下来，如社会保障、社会救济、公共交通、邮电、殡葬、保险等“公共物品”，都由政府提供，不许民间染指。这实质上不是建设服务政府，而是与民争利。对于很多社会事务和公共服务，国外的经验大多是尽可能让民间去做，如民间做不了或不愿做，再由政府直接提供。服务政府主要解决的问题应是为人民服务的理念问题，保障政府的行为一切从人民的利益出发。公共服务能由民间提供的，政府即不要插手，更不能垄断。当然，对民间从事的公共服务，政府应加以规制、监管，包括制定标准和进行监督检查；对于某些公益事业，政府还应予以财政资助，以防止公益事业举办者向相对人收费过高。对于某些必须由政府提供的公共服务，政府则应完全以服务人民为目的，而不能以营利为目的，即使收费，也应以工本费为限。行政管理体制改革的历史经验证明，服务政府如果不以有限政府加以限制，其服务必然异化。
二是正确认识和处理好保障行政高效、快捷与防止过分集权、滥权的关系。“大部制”改革主要是解决行政效率问题。过去，在部门众多的情况下，行政管理职能分散，交叉、重叠，部门之间争权夺利和互相扯皮、互相推诿的现象严重，导致行政效率低下。但是，事情也有另外的一方面，过去部门之间的扯皮、博弈、讨价还价，对防止集权、滥权也可能有一定的作用。因为部门之间有制约，不能由一个机关，一个人或几个人说了算。现在实行大部制，一些部门合并了，部门之间争权夺利、扯皮、推诿的问题在很大程度上可以得到解决，但如何解决对集中后权力的制约，特别是对集中的行政决策权的制约，则是另外一个大问题。解决的办法除了实行决策、执行、监督“三权”分立和相互协调、相互制约外，更有效的措施恐怕是健全和完善正当法律程序。应加强行政相对人对行政行为，特别是政府决策行为的民主参与，强化公开、公正、公平原则及其相关制度。加强程序制约也许会对效率产生一定的负面影响，但这是为防止滥权、腐败必须付出的代价。而且，正当法律程序所牺牲的效率往往也只是一时一事的，局部的，短期的效率，从全局的和长远的目标来说，正当法律程序对于效率的作用应该是正面的和促进性的。[13]
