五、政府部门之间的关系的调整和变革
在现行管理体制下，政府部门之间关系目前存在的主要问题是行政管理职能分散，交叉、重叠的现象严重。仍以环保管理为例，其“执法的难点在于相关权力过于分散，从前有种说法叫‘环保不下水，水利不上岸’，环保部门在许多职能部门的管辖领域行使职权时，会面临有责无权的问题。大量与环保有关的职能分散在环保部门之外的十余个部门：外交部负责国际环保条约谈判，发改委负责环保产业、产业结构调整等政策制定、气候变化工作，水资源保护由水利部负责，林业局分管森林养护、生态保护，海洋局分管海洋环境保护，气象局负责气象变化、空气质量监测，农业部负责农村水、土壤环境保护，建设部分管城市饮用水、垃圾，国土资源部管理水土保持、国土整治、土壤保护，卫生部负责城市与农村饮用水卫生安全……龙多不治水，多家部门各自为政，人员和资金分散，环保结果的考核机制分散，导致环境保护这一系统性很强的领域被人为地割裂开来，极大地影响了环保效力”。[12]
行政管理职能分散，交叉、重叠除了导致管理效率低下外，还造成部门之间争权夺利和互相推诿、互相扯皮的诸多问题：有利的事情（如收费、罚款等）各部门争着管，对部门无利的事情（如社会救助、救济、弱势群体保护等）大家都不管。如过去劳动力市场和人才市场的部门分割问题导致有关部门为争管理权而对“劳动力”和“人才”做相互矛盾的解释，而民政部门对流浪人员救助管理与医疗救助管理的分割，导致流浪人员生病无人救助，互相推诿，结果使其死在街道上或救助站门口，我们的新闻媒体对这些问题过去多有报道，我们在各种研讨会上也多有所闻。这次大部制改革主要就是要解决这类问题，当然改革不能一步到位，大部的组合和职能的调整都不能毕其功于一役。
六、部门内部的关系的调整和变革
在现行管理体制下，部门内部关系目前存在的主要问题是许多内部机构设置不尽合理，相互之间既缺乏有效的协调机制，影响管理效率，又不能形成有效的制约，最大限度地防止腐败和滥权。要解决这一问题，既要调整部门内部的纵向关系，也要调整部门内部的横向关系。就纵向关系而言，随着现代管理科学和电子信息技术的发展，过去的金字塔式的层级结构越来越多地向扁平式层级结构转化。内部层级减少，有利于政令畅通，行政首长能更快和更全面地掌握下情，从而更有效地掌控全局。就横向关系而言，随着大部制的实行，则有两个问题迫切需要解决：一是如何解决部门内综合性机构（如人、财、物、法制、监督等）与专业性机构的协调问题；二是如何解决部门内部因分工可能产生的特定专门机构的集权、专权和滥用权力的问题。为解决第一个问题，似应尽可能将专业性机构的共性问题集中于综合性机构处理，而综合性机构在处理专业性机构的共性问题时，又必须保证有相应专业性机构的参与，二者必须建立规范化的协调机制。为解决第二个问题，现在的改革正在探索将决策、执行、监督三权分立，三权相互协调和相互制约的机制引入部门内部。当然，在部内如何实行三权分立、协调、制约的机制需要实证研究。部门决策职能一般由行政首长和行政首长主持的部门负责人常务会议和全体会议承担，部内综合性机构（如法制机构）只是承担决策的咨询和辅助性职能，而非直接行使决策职能；部内专业性机构则直接承担执行职能，专业性机构往往又分为主要承担审批、许可职能的广义执法机构和主要承担检查监督和处罚职能的狭义执法机构；而相对于决策机构和执行机构的专门监督机构是专司对所有部内机构和公职人员监督职能的纪检、监察和督察机构，而非对行政相对人进行监督和机构，后者属于狭义的执法机构。
