机构设置模式的选择是健全企业内部知识产权管理机构的过程中另外一个不可回避的重要问题。根据知识产权管理机构在企业组织体系中的地位，大致可分为3种模式：直属于最高管理者、隶属于研究与开发部门、隶属于法律部门。[6]三种模式的选择则要因地制宜，因企业、行业而异。如上述华为公司，就是将其知识产权管理机构置于研究与开发部门之中，这种模式的最大优点就是有利于研发人员与知识产权管理人员的交流与合作，可以对企业自主研发的知识产品给予更有效的保护。上述思科诉华为案，很好的说明了公司的知识产权管理人员与技术研发人员间沟通的重要意义，正是因为华为能及时和准确的提供出本方证据，有理有利的回应思科的诉讼，才使得思科公司陷入到知识产权滥用的质疑中，为双方达成和解争取到发言权。再如，医药类企业“九芝堂股份有限公司”，其知识产权管理机构是设置在法律部门之中的，这是九芝堂企业针对本企业药品专利数量有限的现实及将来该行业药品专利有迅猛增加可能的预测而做出的模式选择。对九芝堂而言，尚无单独设立知识产权管理机构的必要，但同时又必须有专人负责该项业务，故而如此。总之，我们不能对哪种模式更好采取一言以蔽之的粗暴态度，只能是各个企业经过长期的研究总结，挖掘自身特点，借鉴成功经验，对本企业的知识产权保护做出量体裁衣的妥善安排。

　　3、企业知识产权管理机构要与其他部门协调运作

　　任何成功的企业都不可能是某一独立部门单独运转的实体，它应该也必然是各部门相互协调的综合体。以上述华为公司为例，其发明创造主要是由研发部、设计制造部和工程技术部完成的，之后再由知识产权部门使企业成为各项发明创造的知识产权主体，而该知识产权成果又是通过生产部门和市场部门进行转化，投放到市场，最终成为大众可以接触和购买到的知识产品。这是从正常的生产角度所做的分析，如若具体到知识产权纠纷事故中，这种合作就更为直观。当思科诉华为事件发生后，公司的知识产权管理人员并不能主观臆断的做出任何回应，他们最先联系与合作的部门当然是研发部门。通过仔细的研究，由研发部门提供涉案技术的研发资料，再在知识产权管理部门的指引下选择和搜集必备证据证明思科指控的技术乃本方自主研发。因此，各部门之间的合作和信息交流非常重要，从投入研发到成果问世，甚至发生知识产权纠纷，都有赖于部门之间各司其职，交流合作，形成一整条流畅的企业运营链。