上海证券交易所接受大宗交易申报的时间为每个交易日9时30分至11时30分、13时至15时30分，但未对成交申报确认时间作明确规定。深圳证券交易所接受大宗交易申报的时间为每个交易日9 时15分至11时30分、13时至l5时30分，并于每个交易日15时至15时 30分，交易主机对买卖双方的成交申报进行成交确认。
大宗交易的申报包括意向申报和成交申报。意向申报指令应包括证券账号、证券代码、买卖方向、本方席位代码等内容。意向申报是否明确交易价格和交易数量由申报方自行决定。对此，《上海证券交易所交易规则》还明确规定：申报方价格不明确的，视为至少愿以规定的最低价格买入或最高价格卖出；数量不明确的，视为至少愿以大宗交易单笔买卖最低申报数量成交。成交申报指令应包括证券账号、证券代码、买卖方向、交易价格、交易数量、对手方席位代码等内容。《上海证券交易所交易规则》还明确规定：当意向申报被会员接受（包括其他会员报出比意向申报更优的价格）时，申报方应当至少与一个接受意向申报的会员进行成交申报。
有价格涨跌幅限制证券的大宗交易成交价格，由买卖双方在该证券当日涨跌幅价格限制范围内确定。无价格涨跌幅限制证券的大宗交易成交价格，由买卖双方在前收盘价的上下30%或当日已成交的最高、最低价之间自行协商确定。
买卖双方达成协议后，应向证券交易所交易系统提出成交申报，申报的交易价格和数量必须一致。成交申报一经证券交易所确认，不得变更或撤销，买卖双方必须承认交易结果。会员应保证大宗交易参与者实际拥有与意向申报和成交申报相对应的证券或资金。
大宗交易不纳入证券交易所即时行情和指数的计算，成交量在大宗交易结束后计入该证券成交总量。每个交易日大宗交易结束后，证券交易所公布大宗交易的证券名称、成交量、成交价以及买卖双方所在会员营业部或席位的名称。但《上海证券交易所交易规则》规定，属于债券和债券回购大宗交易的，仅公告证券名称、成交价和成交量等信息。
2008年以来，越来越多的投资者利用大宗交易系统进行股票交易。据统计，2008年前9个月，两市共发生469笔大宗交易，月均52笔。11月份全部A股大宗交易平台则共发生交易156笔，成交笔数较10月份增加64笔；成交量方面，11月份环比增长近2.5倍；成交金额方面，11月份环比增长逾3倍。而期间最大成交笔数发生在11月7日，共成交30笔，开创了两市设立大宗交易平台以来单日成交的最高纪录。
（三）协议转让
协议转让，又称协商交易、私下谈判交易，是指投资者不借助证券集中竞价交易系统，而通过私下协商的方式，达成证券交易的方式。它是国际证券市场上与集中竞价交易方式并存的交易方式。
1、协议转让确认和过户的基本规则
（1）未完成股权分置改革公司的非流通股份的转让
按照中国证监会、国务院国资委、财政部、中国人民银行、商务部等五部委于2005年8月23日联合发布的《关于上市公司股权分置改革的指导意见》第十条规定，上市公司非流通股协议转让，要对股权分置改革做出相应安排，或与公司股权分置改革组合运作。
（2）已完成股权分置改革公司的有限售条件流通股份的转让
中国证监会于2005年9月4日发布的《上市公司股权分置改革管理办法》（证监发〔2005〕86号）第二十七条规定：“改革后公司原非流通股股份的出售，应当遵守下列规定：（一）自改革方案实施之日起，在十二个月内不得上市交易或者转让；（二）持有上市公司股份总数百分之五以上的原非流通股股东，在前项规定期满后，通过证券交易所挂牌交易出售原非流通股股份，出售数量占该公司股份总数的比例在十二个月内不得超过百分之五，在二十四个月内不得超过百分之十”。
根据上述规定，自上市公司股份股权分置改革方案实施之日起，在十二个月内不得协议转让。但是以下五种情况例外：①转让双方存在实际控制关系，或均受同一控制人所控制的；②接受要约收购；③股改垫付对价偿还；④履行股改追送承诺；⑤司法裁决、公司解散等原因。
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（3）“新老划断”后首次公开发行（IPO）公司的有限售条件流通股份的转让
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①控股股东和实际控制人所持股份的协议转让限制
2008年10月1日正式实施的《深圳证券交易所股票上市规则》（2008年修订）第 5.1.6条规定：自发行人股票上市之日起一年后，出现下列情形之一的，可协议转让：A.转让双方存在实际控制关系，或均受同一控制人所控制；B.因上市公司陷入危机或者面临严重财务困难，受让人提出的挽救公司的重组方案获得该公司股东大会审议通过和有关部门批准，且受让人承诺继续遵守上述承诺。
