1．缓解目前高房价造成的住房困难，平衡虚高房价，解决众多城市居民的住房问题。“小产权房”价格低廉，仅是城市商品房价格的三分之一左右，而且“小产权房”集中在城市近郊和城郊结合部，离城市比较近，既能为城市中低收入者提供住房，又能分散城市中心的人口，减轻城市压力。由于“小产权房”占新开发商品房的比例巨大，其合法化之后，能够有效增加低价房供给，平衡城市住房供需，在很大程度上解决中央政府出台一系列政策都不能成功调控的房价问题，缓和社会矛盾。
2．减少征地纠纷和由此引发的群体性事件，提高农民谈判地位，增加农民收入，有利于“三农”问题的解决。由于集体土地所有权得到实化，村集体对土地拥有了比较完整的占有、使用、收益、处分的权利，而农村土地直接进入了交易市场，农民可以平等地与形成竞争的众多开发商进行谈判，农民权益因而可以得到更好的保障，农民收入也会随之增加。加之地方政府无需再征收土地，由此引发的征地矛盾大大减少，缓和了官民关系，也会促进农村经济发展。
但是，第43条的修改和“小产权房”的合法化也有可能带来一些负面影响，这些负面影响如果不能得到有效消除，则会带来诸多问题并构成“小产权房”合法化的障碍。
1．耕地可能大量流失，威胁国家粮食安全。
这是目前反对“小产权房”合法化的最有力也是最为正当的理由，而且也确实存在这种可能性，《中华人民共和国国民经济和社会发展第十一个五年规划纲要》的约束性指标中明确规定到2010年耕地保有量要保持在1.2亿公顷（18亿亩），而2007年中央的一号文件再次强调要牢守18亿亩的耕地底线以确保国家的粮食安全。但是，据国土资源部统计，2006年10月31日，全国耕地面积仅为18.27亿亩，这意味着“十一五”期间我国年均净减少耕地面积不能超过650万亩。因此必须考虑如何防止耕地大量减少这一问题的发生。实际上，《土地管理法》本身已存在有效的防治规定，只是执行不力。本法第三章“土地利用总体规划”对于土地利用规划做出了详细规定，其中第17条规定：“各级人民政府应当依据国民经济和社会发展规划、国土整治和资源环境保护的要求、土地供给能力以及各项建设对土地的需求，组织编制土地利用总体规划。”第18条规定：“下级土地利用总体规划应当依据上一级土地利用总体规划编制。地方各级人民政府编制的土地利用总体规划中的建设用地总量不得超过上一级土地利用总体规划确定的控制指标，耕地保有量不得低于上一级土地利用总体规划确定的控制指标。省、自治区、直辖市人民政府编制的土地利用总体规划，应当确保本行政区域内耕地总量不减少。”因此，只要各级政府按照法律规定对农村土地的使用用途进行规划并严格监督村集体依照规划使用农村土地，便不会出现耕地大量流失的情况。而且，本法第44条还规定了农用地转建设用地的审批手续（“建设占用土地，涉及农用地转为建设用地的，应当办理农用地转用审批手续。省、自治区、直辖市人民政府批准的道路、管线工程和大型基础设施建设项目、国务院批准的建设项目占用土地，涉及农用地转为建设用地的，由国务院批准。在土地利用总体规划确定的城市和村庄、集镇建设用地规模范围内，为实施该规划而将农用地转为建设用地的，按土地利用年度计划分批次由原批准土地利用总体规划的机关批准。在已批准的农用地转用范围内，具体建设项目用地可以由市、县人民政府批准。本条第二款、第三款规定以外的建设项目占用土地，涉及农用地转为建设用地的，由省、自治区、直辖市人民政府批准。”），这又增加了一道控制程序，可以有效防止耕地流失。但目前的状况是地方政府一方面以保护耕地为由打压“小产权房”，另一方面却自行突破土地利用规划，将大量耕地征收为国有然后再高价出让给开发商，其动力便在于巨额的差价。因此，保护耕地的关键在于严格执行《土地管理法》的相关规定。
