该法条的规定有其原因和用意，面对耕地数量的锐减，立法部门试图通过该条规定防止耕地被大量占用从而导致严重威胁国家粮食安全的情况出现。但是，该法条与《宪法》相冲突，实际上是违宪因而应该无效的。《宪法》第10条第3款明确规定：“国家为了公共利益的需要，可以依照法律规定对土地实行征收或者征用并给予补偿。”这就为国家征收和征用土地限定了前提条件，即“为了公共利益的需要”。《土地管理法》第2条第4款也做出了相似规定（“国家为了公共利益的需要，可以依法对土地实行征收或者征用并给予补偿。”）。但第43条的规定却使得土地的征收并不限于公共利益，既然一切建设用地都只能申请使用国有土地，而国有土地数量又不足以供应需求，其结果必然是征收农村集体土地以满足建设用地的需求而不管该建设用地是否是“为了公共利益”。可见，该法条是违背宪法规定的，也与《土地管理法》第2条的规定相冲突。
这一违宪的第43条不仅阻碍了农村集体所有土地进入土地的一级交易市场从而成为 “小产权房”问题的制度根源，而且引发了严重的土地征收冲突和矛盾。如果村集体对集体土地拥有真实而非虚置的所有权并且农村土地的使用权可以直接进入一级市场进行交易而不需要经过地方政府征收这道程序的话，村集体和被征地农民本来是具有相当的谈判能力的，他们可以与房地产开发商处于较为平等的地位进行讨价还价，就像现在建设“小产权房”的集体经济组织一样，因为这使得土地使用权充分市场化而在开发商之间形成竞争。此时地方政府只需制定完善的土地利用总体规划对农村土地的利用情况进行监管，并严格按照法律规定进行农用地转建设用地审批。在这种情况下，地方政府不介入合法的土地开发过程，大大减少了土地利用过程中所需要的征收行为，因而可以在很大程度上减少目前严重的征地纠纷，增加农民收入并有利于整个社会的稳定。但目前的状况恰恰相反，由于农村土地必须被征收为国有后才能再进行土地出让，地方政府不恰当地介入了本不该介入的领域并形成了其特有的利益——土地出让金，因此地方政府总是尽量压低征地补偿费用而提高土地出让金，以此来增加地方政府的财政收入，这便引发了大量因征地而造成的群体性事件。
