1．制度根源：二元结构的土地法律制度导致集体土地所有权虚置
上文已经提到，“小产权房”无法拿到国家房管部门正式颁发的房产证，而国务院办公厅也早在1999年发布的第39号文件《国务院办公厅关于加强土地转让管理严禁炒卖土地的通知》中明确规定：“严禁非法占用农民集体土地进行房地产开发……农民的住宅不得向城市居民出售，也不得批准城市居民占用农民集体土地建住宅，有关部门不得为违法建造和购买的住宅发放土地使用证和房产证。”关键问题是，为什么不给建造“小产权房”颁发土地使用证？为什么不给“小产权房”颁发房产证？为什么不允许使用农民集体土地进行房地产开发？答案就在于，我国实行二元结构的土地法律制度，农村集体土地所有权被虚化。
《中华人民共和国宪法》第10条第1-2款规定：“城市的土地属于国家所有。农村和城市郊区的土地，除由法律规定属于国家所有的以外，属于集体所有；宅基地和自留地、自留山，也属于集体所有。”《中华人民共和国土地管理法》第2条规定：“中华人民共和国实行土地的社会主义公有制，即全民所有制和劳动群众集体所有制。”这就从宪法和法律上确定了我国存在两种土地所有制：全民所有制和劳动群众集体所有制，两种所有制也应当处于相对平等的地位。但是在现实中，两种所有制实际上处于严重的不平等地位，在面对强大的国家权力时，土地的农村集体所有权几近虚设，出现这种情况的制度根源就在于我国实行的二元结构的土地法律制度。《土地管理法》第43条规定：“任何单位和个人进行建设，需要使用土地的，必须依法申请使用国有土地……前款所称依法申请使用的国有土地包括国家所有的土地和国家征收的原属于农民集体所有的土地。”这意味着，一切建设用地（当然包括非公共利益需要的建设用地像商品房建设）都只能申请使用国有土地而不能直接申请使用农民集体所有土地，而如果国有土地不足以供应使用，则采取征收的手段将农民集体所有土地转化为国有土地。这一条法律正式确立了我国二元结构的土地法律制度，即：只有国有土地可以进入土地的一级交易市场，农村集体所有土地则不允许进入以进行使用权的转让。正是这一法律规定使得使用农民集体土地进行房地产开发成为非法，也正是这一法律赋予了房管部门不给“小产权房”颁发房产证的权力，因为“小产权房”显然违背了《土地管理法》第43条。
