此外，税收优惠制度对义务的量化影响更大。因为不同主体所享有的税收优惠更不统一，主体实际纳税义务的差异性也都更为突出。从制度表现来看，国家对重点扶持和鼓励发展的产业和项目，如大农业、高新技术领域、公共基础设施建设项目、环保节能项目等，会直接规定减征、免征、优惠税率、加计扣除、减计收入等诸多优惠措施，来降低甚至免除企业的所得税税负，这与国家结合国情而确立的长期的经济政策和社会政策是直接相关的。而对于不能体现上述政策要求的千差万别的企业，则无论其所有制性质如何，都被排除在上述给予优惠的范围之外。为了更好地发挥税收优惠的功用，法律不可能对各类主体不加区分地统一适用同一优惠制度；统一的普惠，恰恰违背了优惠制度的设置初衷。
综上，主体（以及主体行为）方面的差异，直接影响着客体量化与义务量化，它们都会影响到法律规范的统一适用，使得企业所得税法很难做到完全统合，从而构成了税法统合的内在局限。
三、内在局限的成因与相关原理
各类内在局限的成因，在前面的探讨中其实已有涉及。从总体上说，各类内在局限之所以存在，是因为企业所得税法的调整对象具有特殊性，特别是其纳税主体具有突出的复杂性和差异性，而所得税作为直接税，又是与主体及其利益直接相关的，主体的复杂性和差异性必然会导致调整主体利益的所得税法律规范的复杂性和差异性，从而使得所得税规范在各类主体之间很难完全统合。
对于法制或法律的统一，必须看到其相对性的一面。企业所得税法的统一，只是在总体上、在某些大的方面，实现了原来内外有别的两套所得税制度的相对统一，但在局部、在许多具体的制度或规范方面，却仍然存在着诸多的裂分。外在的统一与内在的裂分，是由企业所得税法内在的矛盾所导致的。只要企业所得税法的纳税主体及其具体行为的差异性存在，则“外合内分”的局势就不可避免。
事实上，在企业所得税法中，存在着许多“原则与例外并存”的情况，体现的就是“合中有分”、“分中有合”。例如，就主体而言，许多人都认为此次企业所得税法实行的是所谓法人税制，因而纳税主体的独立性非常重要。因为法人要自己负责，同样要自己承担纳税的义务。这是独立性的应有之义。在这个意义上，在税法领域可以确立“独立纳税原理”。但是，在某些情况下，还存在着合并纳税或汇总纳税的情况，它是独立纳税原理的例外，但同样有其合理性 [10]。此外，现实的非独立性（或关联性）与法律上所要求的独立性，有时也会存在冲突，因此，针对关联企业存在的客观情况，基于对独立性的强调，企业所得税法都要作出特别的规定，并由此形成了关联企业制度或反避税制度。
