在一些人看来，企业所得税法的统合，就是要实现企业所得税法对主体的统一适用。但事实上，由于主体、客体、义务量化标准等多方面内在制约因素的影响，企业所得税法的统合程度还很有限，远未达到人们所想象或希冀的全面的统一和整合。为此，下面拟从主体差异、客体与义务的量化方面，探讨各类内在局限的具体制度表现。
1、 主体差异的内在局限
主体方面的内在局限，是由于纳税主体的现实差异而导致的。所得税的分类之所以会以纳税主体为重要标准，就是因为它直接关涉相关主体的税收利益，是典型的直接税。我国历史上的企业所得税制度，曾按照所有制的不同，或是否具有涉外因素来进行划分，这些都是考虑了主体的差别。虽然国家在立法追求上力求使各类不同的企业，尤其是内资企业和外资企业适用统一的税法，但只要主体的差异客观存在，在某些领域就必须“具体问题具体分析”，就只能根据主体的不同而适用不同的规则，而不可能统一地适用同一规则。
从现行制度表现上看，目前企业所得税法在主体适用上的统一性在很多方面是名实不符的。首先，企业所得税法有“限缩适用”的一面，它不能适用于各类企业，因而绝不能望文生义地认为它统一适用于各类企业。例如，它不能适用于合伙企业和个人独资企业，这种限制使其统一适用之实小于其立法之名。其次，企业所得税法也有“扩张适用”的一面，它并非仅是适用于“企业”的法，它同样适用于“取得收入的其他组织”，如国家机关、事业单位和社会团体等，这又使其适用范围之实大于其立法之名。再次，即使是适用企业所得税法的企业，实际上也存在着很大的差异性，有时无法统一适用同一税法规范。例如，尽管目前在宏观层面实现了企业所得税法的制度统合，但居民企业和非居民企业的差异仍然客观存在，两者在法律的适用上，并不总是统一的。又如，税收优惠制度的存在，主要是以主体的差异性为前提的，在纳税主体存在诸多现实差异的情况下，国家基于经济、社会、政治等多重目标的考虑，不可避免地会区别对待，由此形成了纷繁复杂的税收优惠制度。而只要有税收优惠制度，就不可能对所有的主体都统一地给予优惠。
