3．侦查程序的科学化
在职务犯罪侦查管辖方面，有代表指出，我国刑事诉讼法上有立案管辖，职能管辖和审判管辖的规定，但并未专门规定侦查管辖。然而，现行的将审判管辖作为侦查管辖依据的做法不符合我国国情。鉴于高官腐败案件的异地侦查与异地审判已经在实践中发挥了积极作用，建议上升到立法层面，通过静态的制度构建和动态的程序设计来完善我国的职务犯罪侦查管辖制度。
在侦查手段方面，有代表认为，我国刑法将“谋取利益”作为受贿罪的构成要件，这种苛刻的做法与其他国家有所不同。实践中对于是否“谋求利益”很难把握，并且，此类犯罪往往是“一对一”，侦破比较困难，建议赋予侦查机关更多的侦查手段。还有的代表认为，对于流窜作案等案件应当规定特别侦查程序。
逮捕是最严厉的刑事强制措施，对于被追诉人的人身权利有着重大影响。与会代表围绕逮捕措施适用程序的科学化问题发表了各自的意见。有的代表认为，检察机关在见不到犯罪嫌疑人的情况下批准逮捕存在很大的风险，所以，批捕阶段应当讯问犯罪嫌疑人。有的代表进一步指出，尽管讯问犯罪嫌疑人是侦查手段，但在检察机关审查批捕阶段，讯问犯罪嫌疑人不是为了侦查，而是为了增加强制措施的司法性。所以，检察机关在批捕阶段讯问犯罪嫌疑人是对强制措施的适用进行诉讼化改造的一种体现。另有代表指出，我国应当羁押权加以必要的改造。根据联合国公约，警察在抓捕后应当迅速地将犯罪嫌疑人带到司法人员面前，由司法人员审查继续关押的正当性。所以，检察机关的审查批捕活动应当进行程序化改造，听取犯罪嫌疑人的陈述。具体到犯罪嫌疑人在批捕阶段应当享有哪些权利，还值得进一步研究。还有的代表认为，我国目前公安机关在办案过程中对治安案件很少适用羁押，因此从整体上看，我国的羁押率并不高。机械地从数目比例上将我国的羁押率与西方国家的羁押率相对比，是不够科学性的，因为在我国适用治安处罚的案件，在西方国家大多是刑事案件。目前我国羁押方面的问题主要是羁押程序的不透明，因此亟需在程序的透明性上加以改善。
4．起诉程序的科学化
有代表指出，我国1996年修改刑诉法之际为解决告状难的问题确立了公诉转自诉制度，但在实践中却没有发现过此类的成功案例。其原因在于公诉转自诉不仅涉及公、检、法三机关的关系，还受制于被害人及其律师的取证能力，并且，司法解释的规定为法院任意滥用驳回自诉的权力埋下了伏笔，由此导致立法目的难以实现。为此，建议在法律上明确规定，法院经审查认为应当立案的，通知检查机关启动公诉程序，或者构建公诉律师制度，为被害人提供充分的法律援助。
针对相对不起诉制度，来自实务部门的代表提出，相对不起诉本应当有助于节约司法资源，但在实践中实施程序非常复杂，既要得到来自部门领导和主管领导的审批，还要经过检委会讨论，因此，承办人在适用相对不起诉方面比较消极。另有代表提出，为切实保障犯罪嫌疑人的权利，相对不起诉的适用应当征得犯罪嫌疑人的同意。同时，应当增设附条件不起诉制度，附条件不起诉并不会侵犯人民法院的审判权。
5．审判程序的科学化
刑事二审程序的改革是与会代表普遍关注的问题之一。有的代表针对上级检察机关撤回抗诉的问题提出，可以考虑由下级检察机关在提起抗诉之前征求上级检察机关的意见。但有的代表指出，检察机关正在试图通过内部规定来解决这一问题。实践中有的检察机关向上级汇报，上级也会给予指导性意见，但这种意见一般由上级公诉部门作出，而不是经检察长或检委会作出，所以难以保证其不会发生改变。有的代表针对学界在二审审判范围问题上的分歧，主张从概念上区分“审理”与“审查”，采取有限审理与全面审查并行的双轨制模式。还有的代表指出，实践中有些二审法院针对棘手案件反复发回重审，导致案件周转而问题得不到解决。鉴于我国一、二审之间不存在事实审与法律审的职能区分，建议法律规定二审法院对事实不清、证据不足的案件担负起查明事实的责任。
6．死刑复核程序的科学化
有的代表指出，死刑核准权收归最高人民法院体现了以人为本、尊重和保障人权的宪法理念，有利于从程序上防止冤假错案的发生，有利于贯彻“慎用死刑，少杀慎杀”的方针。从实施情况看，总体上运转平稳正常，全国的治安秩序没有出现大的波折，死刑案件的质量得以提高，但目前产生一些新的问题，主要表现为：一是公安机关羁押的压力增大；二是在一些地方有重大影响的死刑案件审理期限拖长。这些问题值得理论界关注。有的代表认为，加强死刑的程序控制要从强化辩护职能入手，目前实践中存在的问题是很多被告人无法获得有效辩护，甚至不知道案件何时进入死刑复核程序。针对死刑复核方式，有代表认为目前书面审的方式有必要改造，法官亲自审讯和听证。还有的代表认为，死刑复核应该有期限设计，无期限的复核不仅不符合效率原则，还会导致被告人精神上的煎熬。
7．刑事诉讼证明的科学化
与会代表普遍认为，证据问题是困扰刑事司法的头号难题。这方面的讨论主要集中在死刑案件的证明标准问题上。有的代表指出，尽管我国法律对于死刑案件与其他案件在证明标准上没有作出区分，但在具体掌握上，死刑案件的证明标准要更为严格，必须坚持最高的证明标准。对于确有证据证明被告人实施了犯罪，但量刑情节存疑或者证据存在瑕疵的，根据有利于被告人的原则，应当依法不适用死刑。还有的代表指出，在我国，起诉和判决采取相同的证明标准，所以，证明标准要区分的是杀与不杀，所以，死刑证明标准是关键。为此，有代表建议通过定罪标准与量刑标准的区分来解决这一问题。有的代表进一步从刑法理论的视角对定罪标准和量刑标准的区分给予了论证。依据大陆法系关于“选择的故意”的理论，行为人的主观状态依证明程度而定，这可以为我国提供一种思路。
