另有一部分代表则从刑事诉讼法学研究方法的角度来解读“科学”的含义。不少代表倡导在刑事诉讼法学研究中采用实证研究的方法。有代表提出，目前的理论研究已很难找到新的增长点，应该注重实证研究，推动研究方法的转型。有的代表对研究方法转型的必要性提出了质疑，但同时强调理论研究者要关注实践，熟悉实践的运作状况。在实证研究方法的具体运用方面，代表们普遍认为实证研究要注重收集、运用数据，并展开对比分析。对此，有来自实务部门的代表指出，由于实践中统计方法的局限性，比如有的数据与地方官员政绩挂钩，所以，研究者在利用数据时要保持应有的理性，进行必要的过滤。还有的代表认为，到实务部门听取意见，通过兼职、挂职等方式观察和参与实践，从中发现问题并提出有针对性的意见，也是一种较好的实证研究方法。此外，还有的代表指出，实证研究不应该抛弃注释法学，避免出现只描述不分析和只分析不提升的研究范式，而应当注重描述中的分析和提升。跨学科的研究方法也受到了不少代表的推崇，被认为有助于开阔学术研究的思路。有些代表提出，刑事诉讼法学研究应当与刑法学、犯罪学、监狱学等学科的研究相结合，进而倡导刑事法学的一体化研究。还有的代表提出，应该注重刑事诉讼法学与法学以外学科的交叉，比如，从管理学的角度看待法官的管理问题，从考古学的角度研究证据问题等。在研究范围方面，有的代表提出，执行制度也是刑诉制度的重要组成部分，而目前我国对执行程序关注不够。在研究的视角方面，有代表提出，理论研究者在进行实证研究时往往带着理论的眼光或理论框框，看待问题有时是扭曲的，应该戴着本色眼镜来看待实践对象。还有的代表提出，理论研究者应当勇于修正自己的理论或观点，实务工作者也应当敢于正视自身存在的问题。在政治导向与学术研究的关系方面，有代表指出，学术研究需要正确的政治方向，这与自由平等的学术氛围并不矛盾。还有的代表认为，学术研究应该百家争鸣，但不应该脱离现有的宪法框架、司法实务的大方向和中国今后的发展趋势。不过，也有代表认为，宪法框架内也有技术性规定，良性违宪也是允许的。还有的代表提出，学术研究不应该讲求四平八稳，理论研究者从个人的学术兴趣出发研究某一问题，即使成为别人批判的靶子也是对学术研究的一份贡献。
2．刑事诉讼原则的科学化
有代表提出，审判公开原则是审判制度的重心。对于维护司法的公正、高效和权威具有重要意义。实践中存在一些应当公开而不公开的审理活动，主要包括：院长庭长审批案件；审判委员会讨论案件；案件请示汇报；二审书面审以及死刑复核书面审。针对其中的案件请示汇报制度，有的代表指出，科学在很多时候是与民主相结合的，而院长、庭长审批案件的做法不够民主。还有的代表指出，案件请示汇报制度容易导致上级法院干扰下级法院的独立审判，违反层级独立原则。为此，学者提出以下建议：（1）取消院长庭长审批制度，还权于合议庭；（2）即使不取消审委会，也应将其转变为一个咨询机构，以便发扬民主，集思广益，或者考虑对于重大、疑难或复杂案件组建大合议庭；（3）案件请示汇报制度应当取消，对于下级无法审判的，可以请求移送上级法院审判；（4）二审案件应当开庭审理，死刑复核应当听取双方意见。
我国现行的劳动教养制度备受学者诟病之处在于其可能违反程序法定原则。在本届年会上，不少与会代表也对此给予了关注。有的代表认为，劳动教养制度在中国具有存在的必要性，由公安机关作出决定满足了效率的要求。并且，现行法律已经赋予当事人救济的权利，对公安机关的决定不服，可以向法院提起行政诉讼。还有的代表指出，劳动教养目前在实践中的适用比例已呈逐渐下降的趋势，并且公安部已经推出劳动教养听证程序，允许律师参与听证。但与会的大多数代表认为，劳动教养的决定应当由法院作出，因为它涉及人身自由的剥夺。按照联合国公约规定，公民的自由必须由司法机关经过法定程序，才能被剥夺。行政机关不应享有这项权力。
新律师法在保障被追诉人获得有效辩护方面取得了一定的进步。代表们普遍认为律师法的修改扩大了律师权利，给侦查工作带来了挑战，但从长远来看有利于促进侦查水平的提升和办案质量的提高。有些代表认为，新律师法与刑事诉讼法存在着不协调。尽管新律师法在立法上解决了律师会见难，但实践中这一问题仍然存在。公安局和看守所对律师会见犯罪嫌疑人的申请互相踢皮球，致使律师仍然很难会见犯罪嫌疑人。有的代表建议，应当在立法上对这两部法律的冲突尽快予以解决，从而保障律师的有效辩护。也有代表提出，应当建立律师和警察之间的相互信任关系，消除彼此的误会甚至是敌意。还有的代表提出，应当借鉴西方国家的有效辩护制度。如果在诉讼中律师未能尽责或者由于各种阻碍导致律师未能切实有效地维护当事人的权益，应当作为启动再审程序的法定理由。
