2000年，依托中国政法大学诉讼法学科这一国家重点学科成立的中国政法大学诉讼法学研究中心（现名中国政法大学诉讼法学研究院）成为第二批入选“教育部普通高等学校人文社会科学重点研究基地”的科研实体之一。在教育部的各项政策支持下，诉讼法学研究院作为我国诉讼法学科唯一的重点研究基地，在刑事诉讼法学科的学术研究、人才培养、提供立法服务以及组织学术交流活动等多方面起了良好的带头、推动作用。在重点研究基地建设的示范作用下，全国多个政法高等院校成立了研究刑事诉讼、证据及司法体制问题的相对独立的科研机构。这些机构的成立，也对推动我国刑事诉讼法学的繁荣发展起了重要作用。
（三）刑事诉讼法学发展取得的经验总结
总结改革开放30年来我国刑事诉讼法学从相对薄弱逐步走向繁荣的经验，可以归结为以下三条：
第一，坚持正确的政治方向和理论方向。所谓坚持正确的政治方向，就是要坚持中国特色社会主义的发展道路，构筑有中国特色社会主义的刑事司法制度和刑诉法学。为此，我们应从本国的实际出发，正确对待西方的刑事诉讼理论与制度，既要吸收、借鉴有益经验，又要避免照抄照搬。所谓坚持正确的理论方向，就是要以马克思主义来指导我们的刑事诉讼法学的发展。
第二，坚持理论联系实际。作为强调应用性的部门法学，刑事诉讼法学一方面要开展基础理论研究，另一方面也要坚持理论研究直接、间接地为实践服务，为不断推动立法、司法提高而服务。只有理论与实践相结合，才能不断完善实践，也才能使理论研究不断深入。
第三，坚持解放思想、自主创新和百家争鸣。我国社会主义法治30年的发展过程，就是解放思想的过程。在刑事诉讼法学今后的发展中，我们仍要坚持解放思想，只有解放思想，才能不断创新。所谓创新，是要有自己的特色，而不是单纯的模仿；要有传承，有吸收；要有来自实践的体验，也有来自交叉学科的不断渗透。只有这样，才能把刑事诉讼法学科不断推向前进。而在解放思想、自主创新的探索过程中，必然形成不同的学术观点，这就要求我们形成“百家争鸣”、“各抒己见”的民主氛围。
二、刑事司法职权的优化配置
（一）宏观层面——刑事司法体制改革与政治体制改革
首先，有代表提出，刑事诉讼中的职权配置应当立足于两点：一是国情。忽视这一点就会导致制度、规则在实践中难以推行；二是规律。忽视这一点就难以在国际上进行对话与交流。
有代表认为，刑事司法职权优化配置的核心内容是司法权和国家其他权力之间的相互关系，这是政治体制改革的内容。而中国的一府两院制度与西方的三权分立制度存在着本质差别，中国的司法是一种诉讼活动，所有的刑事诉讼活动就是刑事司法活动。比如劳动教养，如果由法院决定，就应当是一种司法活动。并主张劳动教养必须由法院介入。并认为，中国的司法体制改革最终会涉及政治体制改革。
其次，中国司法体制改革的总体目标是建立司法本位主义，使民众对司法信赖，但在追求专业化的过程中不能一味地追求司法专业化。中国司法体制改革必须杜绝各部门本位主义，避免权力扩张趋势。司法改革应当朝着保障犯罪嫌疑人、被告人、被害人权利，乃至全体公民的利益的方向发展，因为每个公民都具有涉入刑事诉讼的潜在性。
再次，还有代表认为，中国司法体制改革必须坚持党的领导，但是这不是一个空洞的口号，必须要提高公安司法人员的素质，审理和裁判案件必须严格按照现行立法规定。
代表们普遍认为，中国司法体制改革必须立足中国国情，坚持中国传统，辨证地分析和看待国外的经验，在中国的语境下深化改革。
（二）微观层面——公、检、法三机关的关系及职权配置
1．当前存在的问题
有代表提出，公、检、法三机关的关系在理论、法律规定与实践这三者间存在着冲突，即理论上强调法院至上，宪法规定的是检察至上，而实践中则是公安至上。实践中三机关在诸多问题上发生分歧、产生矛盾很多时候就是一种义气之争（如开庭时检察官该不该起立、如何起立的问题）。应该避免研究及立法上的部门利益倾向，客观地思考三机关的权力配置，改革目前“流水作业式”并以司法裁判为中心的诉讼构造。
2．关于审判权及法院改革
有代表提出法院的审判权过大，在目前法官的素质、品质尚不足以信任的情况下，不应赋予法院过大权力，应将法院的一些权力向检察官和辩护律师分散转移，实现权力的重新配置。但是，另有一些代表对此则提出了质疑，认为目前我国法院的审判权不是过大而是过小，并提出审前程序中应当有中立的司法权介入，以实现对侦查权和检察权的司法控制，给当事人以法律救济，只有这样才能解决目前存在的“会见难”、“阅卷难”和“取证难”等诸多问题。并且，审前程序中应当建立预审法官制度和中国式的辩诉交易制度，在审判程序中贯彻传闻证据规则，以保证关键证人能够出庭作证。同时，还有代表还根据联合国《公民权利和政治权利国际公约》最低限度标准的要求，提出了我国侦查行为应当实现可诉性和逮捕决定权交由法院统一行使的建议。
关于法院改革，有代表提出，法院的执行权属于行政权而非裁判权，应当从法院剥离出来交由行政机关统一行使；而就具体的刑事审判改革而言，应当对法院改判指控罪名的权力进行一定的限制，以保障被告人辩护权的实现。总体而言，法院的改革应该关注如何保证法官忠实地行使权力的问题，强调程序公开及纠错机制的设置，考虑如何加强司法制约，而不应该纠缠不现实的司法独立。
