第二，社会主义法治国家建设要求法制的统一性和体系性、政府的有限性与有为性、以及行政的法治性与责任性。部门化立法或立法的部门化，往往导致部门立法的效力反而高于国家法律法规，或者通过部门规章将国家法律法规架空，使得国家法律法规成为一纸空文，从根本上无视法治国家、法治政府建设的规范化一元化法律体系要求，破坏了法制的统一。由部门利益驱动的权力扩张和部门权力争执同时并存，将使原本膨胀的行政立法趋向混乱不堪的局面，造成法律与行政法规、法规与法规（不同部门参与制定的）、部门规章与规章之间的冲突，破坏法律体系的等级有序、协调一致，损害法治的权威和尊严，悖离法治精神。
行政部门超出公共行政的范围，自己过多地为本部门争取和设置权力，使得行政部门自由裁量的空间过大，从而将国民权利和利益置于危险的境地。国家政策部门化也严重的降低了行政效率，多个部门争着为有利可图的同一事项立法就导致部门之间职责权限不清，造成重复管理、交叉执法、重复处罚；而在一些关系国计民生但又无利可图的事务上相互扯皮，相互推诿，政府缺位的现象时有发生。从而造成行政执法体制弊端重重，最终将会演变为部门立法权限的异化：从维护国家利益与人民利益的公共权力，变为维护部门利益、集团利益、个人利益的手段；法律也从体现社会公平与正义的价值天平变为部门立法者横征暴敛的工具。
第三，部门利益膨胀阻碍了国务院机构改革的进程。部门利益不断膨胀导致行政职能重叠、机构臃肿、人浮于事。有的部门通过立法将部门利益通过合法正当的途径装进法律法规中，更有甚者直接利用规章制定权限，制定保护部门利益的规范性文件来规避更高位阶的法律法规。设置政府部门不是严格按照科学的行政管理要素和权力制约的法治要求，而是“因袭旧制”、“因人不撤”，往往通过人为的“手工操作”、“幕后协商”来进行。历次政府机构改革一次次落入精简－膨胀－再精简－再膨胀的恶性怪圈，根本上在于部门保护主义作祟，使得行政机构设置的科学化、部门行政职权的法定化、人员编制的定额化一再落空。
有的部委通过部门立法来设定许可、扩大审批权限、增加收费项目等方式，并以此为借口堂而皇之地向国家要求增扩人员编制、增加办公经费、提高工作待遇等等条件，造成国家权力异化和公共权力的流失，最终将出现行政权力的部门化、部门权力个人化、个人权力利益化、利益主体集团化的恶性怪圈，形成一个攻守同盟的既得利益集团：台上有人唱戏，台下有人鼓掌，台后有人指挥操纵的场面，机构改革和精简人员就变得阻力重重，步履维艰。
