2、本罪与“财产虽差额巨大，但能说明其财产合法来源”的情况的区别。有的国家工作人员除正常工作外，利用自己的一技之长和业余时间从事一些科研、技术咨询等获得的报酬可能大大超过其日常工资收入。有的国家工作人员的家属从事高收入的职业，获得的报酬较多：也有的国家工作人员有很富裕的亲属朋友，因接受遗产或者馈赠而变得很富有。这些当事人对其财产的来源能说明其合法性，经初步核实无误，则不能以本罪论处。另外，正确区分本人财产和家庭财产的界限。巨额财产来源不明罪中，国家工作人员的财产支出超过差额巨大的部分是指其本人财产，不是指与家庭成员共同的财产。如果家庭成员拥有这部分差额巨大的财产，其身份也是国家工作人员，则应责令该家庭成员说明来源；若该家庭成员不是国家工作人员，对此则不能以巨额财产来源不明罪论处。
（二）如何计算非法所得的数额问题。
国家工作人员的合法收入是计算非法所得的基础。国家工作人员的合法收入，应当包括国家工作人员的工资、奖金、国家发放的各种补贴、本人的其他收入、亲友的馈赠和依法继承的财产。非法所得数额应以国家工作人员的财产或者支出与其合法收入的差额部分计算。计算非法所得时，应经合法收入部分扣除，只计算差额部分。如果行为人能够说明财产的来源是合法的，并经查证属实的，应作为本人的合法收入；如果行为人不能说明财产的来源是合法的，则应减去其合法所得，其行为构成巨额财产来源不明罪。
（三）、巨额财产来源不明罪与贪污罪、受贿罪的界限。
巨额财产来源不明罪与贪污罪和受贿罪有密切的联系。很多巨额财产来源不明就是没有被查明证实的贪污罪和受贿罪。但巨额财产来源不明罪作为一个独立的罪名有着自己的犯罪构成。首先，贪污罪和受贿罪的犯罪主体的范围要比巨额财产来源不明罪大，除国家工作人员外还包括国有公司，企业、事业单位其他经手管理公共财产的人员。在犯罪的客观方面，巨额财产来源不明罪只要求行为人拥有超过合法收入的巨额财产，而且行为人不能说明，司法机关又不能查明其来源的即可。也就是说，行为人拥有的来源不明的巨额财产有可能是来自于贪污受贿，也有可能来自于走私、贩毒、盗窃、诈骗等行为，这些都不影响构成巨额财产来源不明罪。
三、关于巨额财产来源不明罪的证明责任和证明范围。
（一） 、刑法规定：“国家工作人员的财产或支出明显超过合法收入，差额巨大，经责令说明来源，本人不能说明来源合法的差额部分以非法所得论。”因此，许多学者就此以本罪的举证责任倒置或证明责任转移，导致了许多地方的司法机关认为只要运用证据证明行为人占有财产或支出明显超过其合法收入，举证任务就完成了，剩下的主要责任由被告人承担。如果被告无法举出足够的证据证明自己的财产来源合法，就构成巨额财产来源不明罪。该罪的设立的确减轻了公诉机关的证明责任，但并没有改变证明规则，即由公诉机关举证而不是举证责任倒置。我们理解：责令说明来源，并不是要被告举出足够的证据来证明来源的合法，而是要求被告人说明财产的真实来源，由司法机关查证核实，并不要求被告人对“说明”的真实性负责。
