控股股东的占款行为，轻者造成上市公司大规模计提坏账准备后、业绩大幅下滑；重则使上市公司经营陷于困境不能维系正常运作。据统计，连续两年亏损的上市公司中，70%存在控股股东侵占资金行为；在已退市的上市公司，其经营失败的重要原因之一就是控股股东的侵占行为。说“占款猛于虎”，一点都不为过。
通过2006年轰轰烈烈的“清欠解保”工作，违规资金占用现象得到了有效遏制。但是，截至2006年12月31日，仍有高达92亿上市公司资金被这17家公司占用，而且这17家公司均是在2006年底还款渺茫的上市公司。
2、控股股东或者实际控制人在上市公司超越法定的股东权利，直接干预公司经营管理活动
（1）控股股东或者实际控制人任意干涉股东大会的召开
陕西金叶案为典型案例，该案为我国证券市场有史以来第一个因控股股东干涉和阻饶未能如期召开股东大会的案例。
陕西金叶定于2007年1月5日召开的临时股东大会，由于陕西省国有资产监督管理委员会与香港万裕（集团）发展有限公司就陕西金叶控股股东—万裕文化产业有限公司的合作补充协议暂未能达成一致，导致该次股东大会不能正常召开。[⑨]陕西金叶董事会作为该次股东大会的召集人，未在原定召开日前至少2个工作日公告延期事项，违反了《
上市公司股东大会规则》第
19条及《
深圳证券交易所股票上市规则》第2.1条、第8.2.3条的规定。为此，深交所对陕西金叶及相关当事人给予公开谴责的处分。
（2）控股股东或者实际控制人直接干涉公司的经营管理
*ST秦丰案为典型案例。2007年，陕西省国资委向陕西省种业集团和*ST秦丰下发《关于陕西省种业集团有限责任公司(含秦丰农业股份公司)实行重大事项报告的通知》(省国资发[2007]128号)。《通知》规定，*ST秦丰“从2007年5月8日起，一切重大决策应及时请示报告，经国资委同意后方可进行。”
*ST秦丰于2007年5月29日在公司会议室召开了2007 年第一次临时董事会，应到董事9 人，出席会议的董事7 人。到会的董事审议了关于贯彻执行陕西省国资委发[2007]128号文件的议案，其中 0 票同意，6 票反对，1 票弃权，否决了该议案。
与会董事认为，根据《
公司法》、《
证券法》、《
上市公司治理准则》等法律法规和《公司章程》的规定，省国资委下发的《关于陕西省种业集团有限责任公司（含秦丰农业股份公司）实行重大事项报告的通知》（省国资发[2007]128号）中要求我公司“从2007年5月8日起，一切重大决策应及时请示报告，经国资委同意后方可进行”对*ST秦丰没有法律约束力，亦无法执行。会议决定由*ST秦丰将董事会决议函告陕西省国资委。
（二）董事会独立性问题
我国上市公司的治理结构，从表面看，形成了“三会四权”的制衡机制，即股东大会、董事会、监事会和经理层分别行使最终控制权、经营决策权、监督权和经营指挥权。但从实际情况看，由于股权的过度集中，没有形成健全的董事会、监事会来保证健全的经营机制，以及相应建立一套健全的经理层聘选、考核和监督机制，从而导致了部分公司董事会的独立性不强的问题。
1、内部人控制较为严重
所有权与管理权相分离是现代公司经营的基本特征之一。专业的管理职能和强大的资本基础使现代公司制企业获得了飞速的发展，但在信息不对称条件下，如果缺乏有效率的公司治理基础，便容易产生代理人（经营者）违背、侵犯委托人（所有者）利益的问题，即“内部人控制”问题。[⑩]具体而言，主要表现在以下两个方面：
（1）董事长与总经理“一肩挑”
目前，部分上市公司还存在董事长兼任总经理的现象，严重影响了公司治理结构的完善。因为公司治理作为一项制度安排，在本质上要处理由所有权与控制权相分离而产生的代理问题。由于作为委托人的股东和作为代理人的董事会和经理人员间的利益目标不同，代理人存在“道德风险”，可能产生“败德行为”。本来，股东授权董事会经营管理公司，而董事会聘用总经理行使日常经营管理权，董事会对总经理的监督是情理之中的事，但董事长兼任总经理的做法意味着自己监督自己，这样就使董事会对经理的监督制衡成为空谈。结果造成董事会不能真正履行职责，或者履行职责时忽视公司利益，损害股东利益。另一方面则是经营管理层占据董事会的大多数席位，形成内部董事占优势的格局。
