产业结构调整是一项系统工程，涉及中央政府与地方政府之间、不同地区之间以及企业之间的利益，由于利益取向上的差异，导致不同主体对政府产业结构调整政策认识上的不同，并进而导致产业政策实施中的利益冲突。这种冲突表现在：
　　一是中央政府与地方政府之间、不同地区之间的利益冲突。从逻辑上讲，有了地区，就有了地区利益。在传统计划经济体制下，地方政府在权力和利益方面处于明显的从属地位，地方政府不能超越其管理对象范围和层次而制定有悖全局的政策，其最基本的选择是按照中央政府赋予的权力去实现国家的整体利益。在向市场经济体制转轨过程中，最显著的变化就是赋予了地方以相对独立的利益和地方政府管理经济的一定自主权，地方政府不但是国民经济宏观总量在不同地区平衡的被控主体，而且已成为区域内经济活动的独立的控制主体，能直接对本地区内各个层次的经济活动进行调节。但由于产业结构调整存在某种程度的外部性，在我国产业结构调整过程中，地方政府都知道自己在产业结构调整中的扩张行为必然导致地区产业结构的不合理，导致宏观失控，但谁都在扩张，如果谁先停下来，谁就失去眼下发展的机会，并且宏观失控的后果谁都有份。这时，理性的地方政府就会不顾一切地追逐眼前利益，而把宏观调控的责任推给中央政府去管。其带来的直接后果就是地区产业结构的趋同和低度化。[7]解决问题的方案主要在于加快深化经济体制改革的步伐，建立全国统一的市场体系，打破由于地区利益障碍形成的地区割据局面；同时对中央与地方财政关系的重新划分，加快立法工作，把中央与地方的经济利益关系尽快纳入法制化的轨道。但是在此过程中，行业协会的作用亦不可忽视。行业协会能够利用其自身独有的属性，打破地区封锁与分割，实现产业结构的有效调整与重组，实现资源的优化配置。对此问题，已在前文进行论述。
　　二是不同企业之间的利益冲突。产业结构调整是政府对社会经济生活的一种外力干预，是一个重大的利益调整过程，其中必然会涉及到部分企业的进入或退出问题。在市场经济条件下，每个企业都是独立的市场主体，利益彼此独立。因此，面对政府产业结构调整政策的要求，都希望其他地区的企业或本地区的其他企业退出市场，而不愿意或不能自行退出。这是因为：主动调整的地方和企业进行调整以后，会使产品价格上升，市场份额合理，从而使留在该行业的企业和地方利润增长，即是说，主动调整的地方和企业承担了退出成本，却给别人带来了好处，这就是结构调整的外部性。[8]比如，在某个产业中，由于进入的企业过多，造成大量过剩的生产能力，导致许多企业的利润低于社会平均利润率，甚至负利润率经营。但这些企业又不都不愿意自己从该产业中退出，使该行业持续维持低利润率的状况。企业以营利为目的，倘若没有利润，企业则无法发展，整个行业的发展也会受到限制。在这种情况下，作为企业集合体的行业协会应该站在企业利益的角度，协调企业之间的利益关系。第一，通过筹集产业结构调整基金等形式，促进退出机制的尽快建立，解除企业退出市场的障碍与阻力；第二，发挥行业协会的组织作用，促使企业通过分工、合并、重组的方式，推动品种的差异化、工艺的差异化、经营方式的差异化以及销售对象的差异化，推动工序的互补、产品的互补和信息的互补，促使企业间由非理性竞争转变为理性竞争，由完全竞争关系转向竞合关系。使区域经济的产业优势得到充分发挥，并有效带动其他产业的发展。[9]

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