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1994年实行的财税配套改革初步构建了中央与地方（主要以省级为代表）之间的分税分级财政体制框架，调动了各级政府理财积极性，财政收入连年大幅度增长，但是这次改革还带有明显的过渡性，主要表现在：
其一，尽管财权关系初步明确，但是事权的划分却仍然不甚明晰。一些本来应由中央提供或参与提供的公共产品，如基础教育、社会保障等大部分仍在由地方负担，或名义上由中央负担，事实上却是“中央请客、地方买单”，在地方本级收入不足以应付的情况下，地方政府无奈只能自寻财源，默许一些政府职能机构以收费等形式来解决实际问题，客观上造成非税收入的无序扩张。
其二，财权划分不尽合理。尽管税制上设置了地方税，但中央仍对包括地方税在内的所有税目、税基和税率拥有最终决定权，更不用说开征新的地方税种的权利。一旦中央调整税基或税率，甚至取消地方税种（如2003年中央决定取消农业特产税），则势必影响地方的利益，在地方没有相应的可替代财力弥补的情况下，也将使地方政府打非税收入的算盘。
其三，规范的转移支付还没有到位，现行的转移支付方法不仅构成复杂，几个主要组成部分的目标不一致，而且体制设计上以保证既得利益为前提，在调节地区差异方面的功能还很弱，并且缺乏足够的透明度和稳定性。地方政府尤其是落后地区的政府难以把希望寄托在预算内资金的转移支付上，从而容易走上扩张预算外资金的道路。
以上这些问题客观上为非税收入的扩张留下了制度诱因，因此在这种情况下，深化非税收入改革及规范其管理，也必须伴随着深化财政体制改革寻求实质性的进展。
深化和完善税制的一个重要前提内容就是创造条件使地方逐步扩大地方税收选择权和调整权，建立比较科学、合理的地方税收体系，在长期看还要考虑赋予地方政府必要的因地制宜的设税权。目前中央集中主要税种的立法权是完全必要的，但是，对一个拥有13亿人口的大国，经济发展水平、产业结构、资源条件、税源状况各地差异悬殊，甚至相差很远，由中央统一地方税种立法，不可能照顾好千差万别的各地实情，不利于各地因地制宜解决实际问题，规范政府的非税行为也就难以彻底。因此，按照事权与财权相统一的原则，可考虑逐步适当下放税收管理权限。从国外的经验看， 实行财政联邦主义是规范制度外财政的制度保障(哈维.S. 罗森， 2000)。在中国当前的情况下，尽快完善分税制，逐步赋予地方政府(首先是省级政府) 一定的税收权，是很有必要的。
2．推进政府职能转变和行政管理体制改革
在我国“三乱”之所以屡禁不止，一个重要原因就是政府应当承办的事没有足够的财力作保证。因此，从政府的角度讲，应按照公共财政框架的要求，积极改变职能“越位”与“缺位”并存的状况，把政府应做、必须做的事坚决做好，把政府不应做的事予以排除。各级财政部门要千方百计地保证政府职责范围内应办事项的资金供应。这样，才能从根本摆正客观需求和财力不足这一永恒矛盾中政府的态度，也是根治非税收入方面弊病的根本要领之一。
规范非税收入还要与加快机构改革的步伐、合理分流安置现有收费人员结合起来。近些年来，有些机构成立伊始就明确用收费来解决经费开支，每增加一个机构，总伴随着新的收费项目出台，导致机构、人员膨胀和收费变本加厉的恶性循环。因此，规范非税收入必须同机构改革同步进行，对现有收费人员应结合机构改革妥善安置。对进入公务员序列的，经费由各级财政负担；一些收费项目转为经营性收费的，由经营单位自行负担；对符合离退休条件的，由离退休人员所在单位负担或通过社会保障途径加以解决。
3．加强法制建设和制度规范
当前，有关非税收入管理的规章制度大多是一些政府部门分散或联合发文的决定、办法和通知，法律级次较低，不易协调，实际贯彻执行难以得到充分保障。而且在这些政府文件中，基本上都是以“预算外资金”为管理对象，对非税收入的范畴还没有一个明晰的界定。此外，对违反非税收入规则的事件缺乏明确的责任追究和相应处罚或惩治的制度规范，也使得非税收入在征收征缴过程中存在执行不力和违规行为的多发。
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