我国非税收入在管理方式上是采取部分纳入政府预算管理，部分进入财政专户，作为预算外资金进行管理。1996年国务院颁布《关于
加强预算外资金管理的决定》，将13项政府性基金纳入财政预算管理，纳入预算管理的非税收入资金所占比重不断提高，据有关部门估计，目前这部分大概占到非税收入总额的36～40％。但是，当前“专户存储”制度强制力度还不够，预算外资金进入“专户”的比例也不够高，即使是进入了“专户”，在使用时也往往只是报经财政部门进行象征性的认可，资金使用随意性仍然较大。
财政对非税收入实行专户管理，首先要对单位的银行账户进行清理，取消多头开户，确立收支专户。一个单位原则上只能开立一个收入专户，一个支出专户。收入专户除财政划解外只能收、不能支，支出专户除财政核拨支出外，只能支、不能收。通过专户管理，可以保证各项收入全额缴入财政专户，监督全部支出使用情况，提高资金使用效益。取消原对一些单位实行的预算外收入按一定比例留用、不上缴财政专户的管理办法。预算外资金财政汇缴专户的收缴清算业务，由财政部门按规定程序委托代理银行办理。每日由代理银行通过资金汇划清算系统将缴入预算外资金财政汇缴专户的资金，全部划转到预算外资金财政专户，实行零余额管理。同时，代理银行根据财政部门的规定，按照与财政部门签订的委托代理协议的要求，对收缴的收入按部门进行分账核算，并及时向执收单位及其主管部门、财政部门反馈有关信息。
7．合理整合分散的管理职能，形成牵头的专门管理机构，并加强有关方面的协调
目前，我国不少地方财政部门都陆续成立了非税收入管理处或非税收入管理局。专职机构的成立，对加强和完善非税收入的规范化管理提供了组织保障。但是在中央层次上，非税收入管理职能在机构配置上却属于一种相对分散的管理模式。具体管理方式是，行政事业性收费、政府性基金项目的设立和标准核定以及预算外资金管理政策的制定，由财政综合部门负责；收费票据的发放和监管由财政票据监管中心负责；非税收入的核算和决算由国库部门负责；非税收入收支计划由财政各归口管理司局负责编制，预算部门负责审定。这种从收入、票据管理、标准制定、预算编制和预决算到支出管理相对分离的管理模式，虽然有利于各部门相互监督和制衡，但其弊端也是比较明显的，突出的问题是管理效率大为降低，表现在：一是各个管理环节相互脱节。在财政内部，制定政策的部门对政策执行情况难以完全了解，也不清楚单位所有非税收入是否已及时足额上缴财政专户；负责非税收入核算和决算的部门对非税收入的来源不清楚，无法对其增减变化情况做出准确的分析；负责部门预算编制的部门，在核定非税收入计划时，难以衡量各执收部门上报的收入是否符合实际，容易出现执收部门虚报收入的问题。二是导致非税收入征收监缴管理职能缺位。在财政内部没有一个职能部门具有非税收入征收监缴的职能，执收部门应收不收、应缴不缴的问题得不到及时发现和解决，容易造成收入的流失。此外，没有一个部门具体负责非税收入的统计和分析，以至于最近几年的非税收入准确数据都无从取得，政府财力范围究竟有多大，缺乏一个完整、确切的反映，不利于科学决策。
因此，有必要将分散的管理职能进行合理整合，形成牵头的专职部门，并加强有关方面的协调，在管政策和立项的部门、账户管理部门、收入管理、统计部门之间形成协调机制。
（三） 规范非税收入管理的治本措施与配套措施
1．进一步完善分级财政体制
我国地方各级政府非税收入行为的不规范与财政体制的不完善和缺乏稳定性有很大关系。因此，必须把规范非税收入同深化财政体制改革结合起来。
