（1）缺乏道德性
一般来说，实证法理论只接受和肯定既定的、现实有效的法律制度，把具体国家（地区）的法律完全作为统治者手中的工具，完全成为统治者的命令。我们认为，这种法律实用主义、法律工具主义的思想理论彻底颠覆了法律现象存有的最高社会价值，完全摧毁了法律存有的本然的真理世界，也是反人性的，缺乏大道德的法律思想。这是实证法学理论的最致命的误区，也是实践中最容易产生不法之弊端和重大社会危害的重要原因之一。
（2）缺乏逻辑性
实证法理论的所谓形式化、科学化的方法有些僵硬，它过于重视法律技术本身，不重视甚至忽视法律现象存在的整体现象，是片面的倡导法制主义、权力主义的理论；又因为它过分崇拜权力，常常导致让不合情理的法律推论的合法化而实质上却违背普遍的社会正义的法治精神。这是实证法学理论在逻辑上的、形式上的重大缺陷之一，也是实证法学理论存在的最普遍的问题。
（3）缺乏本体性
实证法学理论立足于法律体系自身，它包括法律制度、执法行为，尤其是司法技术的发展和社会诸相关现象的制约因素，但是这种理论没有统一的可以依据的哲学本体，它只关心法律的效能和实用性，忽视了它的理论的内在支持依据，在哲学上表现为混乱的、不清晰的、矛盾的诸种现象。这是实证法学理论最基本的缺陷。
（4）缺乏审美性
一般来说，实证法理论只相信法律推理的形式逻辑的有效性，不相信事实的真实性和人性的差异性，所以它是关于一种缺乏人文精神和不够社会效益的法律制度的科学理论，也是一种不人道的、生硬的、严重缺乏美感的法律思想理论。这是实证法学理论在较高认识阶段的最根本的局限性。
（二）实证法理论的基本适用范围
因为实证法理论的局限性存在很大的危害，或者说有很大的负面作用，所以我们在执法（广义）实践中必须首先严格界定实证法理论指导下的一切实在法律的适用范围。我们知道，实证法理论只肯定现实有效的实在法律，但是任何实在法律在历史上都是特定的主权者制定的，即使在十分民主化的国家，它也是由少数社会精英制定的，并且通过国家强制力而得以执行的东西。如果这种实在法律不够科学，不够民主，那就很可能就会成为压迫人民的暴力武器，这样法律也就可能成为十分恶劣的东西，甚至成为反自由的不法的东西。因此我们说，实证法理论完全不适用于非民主国家。任何实在法律只能适用于良好的宪政国家，具体而言就是实行民主的分权制的
宪法国家（而且必须是接受世界人权宣言的联合国的主权国家或者地区），只有在这种情况下的实在法律，才能享有相对绝对的权威地位。
（三）实证法理论的现实意义
无论中西方在法律思想史上都存在过共同的认识误区，那就是没有真正明确任何法律思想都是有严格得到适用条件的，而这是任何科学法学思想理论的前提，因为从没有什么绝对的、单一的社会真理，任何社会真理都是多元化的，正如一题可以多解以及所谓条条大路通罗马之说法，任何科学的法学理论也不例外。在西方法律史上，实证法理论在历史发展过程中是与自然法理论的对立、反对中成长起来的——我们知道大多数西方实证法学思想家都是在坚决反对自然法思想的基础上提出自己的实证法理论的。这样就给法律学人一种印象，似乎自然法理论是错误的、无效的、应当抛弃的，而且是只有历史意义的东西。事实上我们已经知道，自然法思想和实证法思想从产生起就难舍难分，交织相融，而且一直在历史上发挥着从不同方面促进人类走向法治的发展进程的作用。同样，我们现在知道的实证法学理论的局限性和其具体的适用范围，并不是对它的思想理论的根本的、全盘的否定，而只是让我们明确它也是需要严格界定自身的活动领域和适用条件罢了。所以，今后我们法律学人还是需要十分清醒地认识到实证法思想的历史价值和它的不朽的法律方法之意义。实证法思想和它的许多具体法律技术在今后还仍然将是我们发展科学法学的基础和必要的知识财富，决不可绝对抛弃它而开辟什么全新的法学理论道路。下面，我们可以通过它的三个方面的理论意义而进一步明确和加强对这个思想的认识。
1、实证法理论和实践有利于促进国家（社会）法制技术的发展，尤其是对律学的发展有巨大的指导意义。
实证法理论十分重视法律制度的实用性和操作性，使主权者的实体法律不断发达；十分重视执法程序，使执法过程连续、透明、高效；十分重视司法过程，使法律的生命力体现于司法实践之中。这些执法（广义）的方法都有力地促进着一个政治实体实在法律制度的发展和司法技术的不断发展。
2、实证法理论可以有效约束统治者的不法行为。
实证法理论密切关注主权者制定的实用的法律制度本身，要求法律至上，这可以有效制约统治者的执法（广义）随意性，使法律成为制约公共权力被滥用的有力武器，同时还可以避免人治的主观意志性，从制度层面不断减少和最大限度地制约统治者不法行为的发生。另外，法律（合法的法律和不合法的法律）至上的原则要求一切国家（社会）公职人员不能违法行为，这在法律范围内可以大大减少、乃至避免公务人员对社会的主观的、个体化的不法侵害，以及大力提高国家机关工作效率，积极维护社会公民的基本权利。
3、实证法学的理论和实践有利于促进法律面前人人平等的实现。
法律面前人人平等是一种自然法理念，然而如果没有发达的和严密的法律制度以及实现这些制度的科学的法律程序的保障，它是不可能变为现实的。虽然看起来实证法律好像只是十分重视法律的形式公平，但是真正科学的法律形式总会不断促进法律实质的转化和进步，从而使法律面前人人平等逐渐在现实中达到最大化。
（四）实证法学理论发展前景的展望
