这里需要说明的是，什么是“新”植物品种，还缺乏一个清晰的统一认识。许多土著社区对某些植物品种进行着世世代代的耕作，但显然这些植物品种已经很难达到美国专利局所规定的“新发明”的要求。事实上，一些 “新植物品种”只是对土著人民世代耕作的作物作了很小的一点改进，却从技术上符合了规定中的“发明”要求。或者，虽然达不到美国专利局的“新发明”要求，“新发现”这一要求却不难达到。这方面的例子有广受关注的墨西哥黄豆事件 。
作为亚马孙流域一种有多种医药和宗教用途的神圣植物——死藤水（Ayahuasca），被当地部族誉为“精神的葡萄酒”。1986年，美国科学家洛伦•米勒（Loren Miller，国际植物药品协会主席），宣称他发现了一种新的Banisteriopsis caapi的植物，因为花的色彩不同，他称之为“Da Vine”。基于此，他于1986年获得了一个专利（专利号为No5751）。而此种植物是亚马逊流域土著民至少72族所使用来制作祭祀或药用的ayahuasca的原料，意义相当神圣，且已经被该地区人民使用了数百年时间。鉴于对B. caapi的描述在该专利公布前是亚马孙流域原住民公知的事实，1994年亚马孙流域原住民组织机构（Coordinating Body of Indigenous Organizations of the Amazon Basin ，简称COICA）、亚马孙流域人民及环境联合会、国际环境法中心等请求对该专利进行重审，1999年，美国美国专利和商标部门（US Patent and Trademark Office，简称PTO）宣布该专利无效，但该专利被撤消之时已经距离其自动失效时间不足两年。 。
5．植物品种证书
新植物、所有植物的各类培育品种和变种都可以获得植物育种者权（Plant Breeder’s Right,）的保护。目前有50个国家参加了新植物品种保护国际公约（UPOV），这个体系是用来保护通过有性繁殖方式（通过种子繁殖）培育植物品种育种者的权利。育种者的商业利益受到了保护，可以使他们产生培育更多新植物品种的动力。与专利不同的是，如果仅仅出于研究目的而使用植物品种，植物品种证书制度并不要求这种行为必须经育种者同意。
植物品种证书的授予条件与植物专利的区别不大，得到保护的条件是被申请的品种应当不同于已知的品种，并且既使在经历了几代繁殖周期后其本质特征仍明显、均匀、稳定。传统知识拥有者培育的品种也可以按照这种方式依法得到保护。对植物多样性原生状态物种的改进也是适于保护的新品种。具体条件为与现存普遍知晓的品种相比有明显的特殊性、品种性状具有足够的一致性，具有稳定性、满足新颖性要求。根据UPOV的规定，只要以本时代的普通认识水平可以判断其与其他植物品种所表现的特征有明显不同，则认为可以满足特殊性条件。要满足一致性条件，则需要该植物品种在培植过程中以一惯方式呈现其特征。稳定性则要求植物品种在反复培植过程中始终稳定地保持其特征。最后是新颖性条件，要求该植物品种在UPOV所规定的植物品种证书申请日之前不可售让。需要注意的是，这个新颖性条件是十分特别的，与
专利法的规定有很大不同。
UPOV并不是唯一保护新植物品种的法律体系。不属于UPOV成员国的许多发展中国家其实也正在提议建立其他一些保护机制，不过这些机制也都还限于TRIPS协议下的植物品种法律保护方法。在尼加拉瓜的一项立法提案中，就提出了十个特征条件，以分辨植物的“特殊性（distinct）”，排除植物专利体系中的“新发现”的植物，以及将育种者权的保护对象扩展到粮食作物或农民直接播种的作物。赞比亚引用了《生物多样性公约》来发展自己的植物品种保护体制，并声明，所有本国立法都应将土著人的创新活动纳入考虑并予以奖励。印度的2001年《植物品种保护法案》声明农民权将高于育种者权。而孟加拉国1998年表示，获得保护的植物品种必须是“对孟加拉国人民具有立即，直接，以及实在利益”的品种，国家既保护农民权，也对社区权实行保护 。
6．商标
传统知识社区的工匠、艺匠、技师、商贩，或者他们所属的团体（如合作社、同业协会等），所制造的产品和提供的服务，可因商品商标和服务商标不同而被区别开来。同样以玛卡为例，假设有一个公司，它所售卖的产品成分中包含了玛卡。而安第斯地区有个土著民族，作为玛卡使用方法的原始掌握者，也计划出售玛卡成分的商品，或者说希望通过他们所掌握的自然资源和知识来获取经济利益。那么，目前他们至少可以通过两种方式来保护自己的传统知识：一是如果在此之前没有关于任何限制他们销售玛卡制品的专利存在，那么土著民族可以将上面的图文进行商标注册，然后在此商标下销售玛卡制品，以表明产品的来源；二是如果已经有相关专利存在，那么在现代知识产权制度下，该土著民族销售玛卡制品将受到已有专利权的限制，然而他们还是可以注册商标，通过与一些希望使自己的玛卡产品获得“正宗来源”标记的公司签定商标使用许可合同，来达到获利的目的。显而易见，当玛卡产品上有了这些表明是原产地是安第斯地区的标记以后，产品可以得到更多消费者的信任，商标在这儿成了为产品价值的一个增长点。
土著民族要保护传统知识，除了注册表明原产地商标这样的方式，可以将一些传统的制作工艺制作流程等注册成商标，商品的价值可以因为使用这些商标而获得价值的增加，土著民族也就可以从商标使用许可的授予中获取利益。
7．地理标识
地理标识标志着某一货物的原产地，或一定范围的原产地域，而原产于这些地方的货物的质量、信誉及其他特点，使得它们在市场上较之其他类似货物有着更大的吸引顾客之处。地理标识中有一种形式叫做“原产地名称（appellation of origin）”，它标志着该产品的特殊品质与其生长其中的地理环境密切，这一形式受到1958年里斯本协议的保护。而在1998年，在受到保护的766种原产地名称中，95%来自欧洲国家。
凡是TRIPs协议的成员国都有着建立保护地理标识的相关立法的国际法律义务。TRIPs协议在第22条中要求其成员国，必须提供法律途径以防止“其货物并非来自真正的原产地，但其对该货物的来源地的表述却暗示其来自原产地，从而造成公众误解的情形”。另外，TRIPs协议还要求成员国对巴黎公约中认定的不正当竞争作出规定：“任何在商品自身，生产厂家，工业性或商业性活动的基础上作出一些举动，使得其产品产生与另外的竞争者的产品相混淆的实质的行为”将被禁止。
这些规定对于传统知识持有人也有作用。还是以玛卡为例。假使有一家西方公司做了一些研究工作改变了玛卡的生长特性，使得它能够在低海拔地区生长了，然后便在美国大量培植玛卡，并将它冠以“安弟斯玛卡”的名称投放到市场上。这种行为就是对于前面所述禁止不正当使用地理标识条款的显而易见的违反。“安弟斯玛卡”作为一种地理标识，乃是与一种独一无二的品质相联系的，在产品并非来自该产地而却使用这个标识对产品进行了标注之后，就使得消费者产生了误信该产品确实是在安弟斯山区生长的，该产品的品质与安弟斯山区出品的完全相同。只有在安弟斯地区生长的玛卡才具有标注“安弟斯玛卡”的资格，这就要求安弟斯出产的玛卡具有其他地区出产的玛卡不具有的优越品质的事实广为人知，并且这项事实曾被载入公共领域的文献中，或“安弟斯玛卡”这个标记已经由政府部门认定并作了官方注册。
