最大的问题是该制度创造了一种新的非规范性法律文件：行政复议调解书。按照新条例规定，行政复议调解书一经双方当事人签字即发生法律效力。按照民事调解是民事案件的结案方式的理解，复议调解也应是复议案件的结案方式。但问题是：这种新的法律文件的性质到底是什么？效力如何？与复议决定书之间是什么关系？是否和民事调解书没有实质差别？是否具有可诉性？生效后如何执行？这一系列问题在新条例中都没有解决。
先从执行问题切入。《
行政复议法》尚未修改，执行部分不可能包含“行政复议调解书”。《
行政诉讼法》也未修改，因此不仅仍然否定行政诉讼调解，而且在其执行部分更不可能包含新创立的“行政复议调解书”。这便造成了一个极其尴尬的现象：苦心孤诣引入行政过程的ADR程序导出的“行政复议调解书”这个概念在整个法律体系中只是一个“孤岛”，面临无法申请法院强制执行的危险。这也是地位阶法律进行制度创新的固有局限。当然，还可能有另一种执行途径：行政机关自行强制执行，但行政强制执行权又依赖于法律授权。[15]出路只能是尽快修改有关法律。
作为修改法律的前提性准备，我们必须回答上诉一系列提问中除了执行问题之外的所有问题。由于新条例对复议调解制度的规定太过概括和粗糙，这里只能进行一种理论上的解释，以求首先在学理上满足新制度的体系性要求，并可能对法律的修改和条例的完善提供参考。
行政复议调解书与民事调解书虽然存在相似点，但也有着本质性的差异。民事调解书是民事诉讼中正式的法律文书，经双方当事人签收生效后具有强制执行力，当事人可以申请法院强制执行。由于民事调解涉及的只是普通的民事争议，一般不涉及重大的公共利益问题，所以对于民事调解书不得上诉，其效力自生效时起便与生效判决等同。行政复议则不同，根据现代法治的“司法终局”原则，行政复议只是行政争议解决的前置性程序，属于行政决定程序的一种，本身不能限制乃至排除相对人的行政诉权。即使是正常生效的复议决定书，相对人仍然可以在法定期限内提起行政诉讼。复议调解从属于行政复议程序，在基本逻辑上不能超越行政复议制度的整体功能边界，即不能根本地限制或排除司法审查。因此，行政复议调解书虽然也是经签字就生效，但相对人仍然可以提起行政诉讼，即具有可诉性，这一点和民事调解书截然不同。值得说明的是，无论调解书生效后相对人是否有诉权，行政机关都没有行政诉权。
那么，行政复议调解书与行政复议决定书之间的关系如何呢？类比民事诉讼领域的民事判决书和民事调解书，它们分别是各自所属程序中的两种结案方式的输出结果。在可诉性和执行力方面，行政复议调解书与行政复议决定书具有相似的性质，二者都具有可诉性，生效后都对行政机关产生法律拘束力，经过法定起诉期限后双方当事人都可以申请强制执行。但二者也有不同，由于调解程序中已经较好地保障了相对人的程序选择权和实体利益诉求，调解书是双方自愿协议的结果，因此相对人经过复议调解程序后获得的司法审查权利应该比行政复议决定书情形下的要弱，具体的通过缩短起诉期限、适用简化程序、强化复议调解书的证据效力、一审终审等各种具体的诉讼程序特别安排来体现。这种针对行政复议调解书的司法审查有限化的制度安排，一方面有利于司法审查对复议调解过程的监督，防止行政机关滥用权力，造成“强制性的自愿”；另一方面以诉讼权利减损的方式对相对人随意违反复议调解书的行为进行制约，并在一定程度上配合行政复议调解制度对行政效率的追求。当然，即使是简化的行政诉讼程序，由于新条例缺失“排除条款”，法院仍然应该进行实质审查，对违反法律和公共利益的调解进行否定，并通过司法判例的积累对适宜ADR的行政事项进行归类指导和建议。
