2、内容指向不同。规章制度、劳动合同、集体合同都会涉及到劳动报酬、工作时间、休息休假等内容。但是，三者的内容指向与侧重点是不同的。劳动合同中的内容是企业与单个劳动者约定的事项。集体合同与规章制度的事项一般来说都是适用企业和全体劳动者之间的事项。就同一问题而言，集体合同与规章制度的侧重点是不同的。比如，对于工作时间事项的规定，集体合同侧重于工时标准以及延长时间的工作要求，主要目的是对劳动者在工作时间上进行保护，而规章制度侧重于规定实行哪一种工时制度、上下班时间以及违反规定的处理等，主要目的是要求员工遵守工作时间。再如休假制度，集体合同和规章制度也都会涉及，集体合同主要侧重于为劳动者享有各类假期提供保障，而规章制度主要侧重于员工请假的手续、要求以及违反的后果等。
3、实施方式不同。规章制度的实施主要靠企业通过奖励和惩罚两种手段来落实，在实践中，一般是通过教育为主、惩罚为辅的原则来督促员工遵守规章制度的自觉性，维护正常的生产工作秩序。劳动合同、集体合同作为双方的协议，主要靠协议的约束力来确保落实。
4、效力范围不同。规章制度的内容是集体性的，它的效力范围也是整个企业，对象是全体员工。集体合同的效力范围一般也是适用整个企业，针对特定群体的集体合同仅适用特定的群体，如企业内部的女员工权益保护专项集体合同仅适用企业内部的女员工。劳动合同的效力仅适用于企业的单个劳动者，对其他劳动者无法发生法律效力。
5、效力等级不同。规章制度、集体合同、劳动合同的效力等级如何？是一个非常重要的法律问题，理清三者之间的关系对于处理劳动争议具有重要的指导作用。首先，如果规章制度与劳动合同、集体合同规定的事项不一样，那么三者具有同等的法律效力，因为从法律规定来看，规章制度和劳动合同、集体合同都具有法律效力，三者对不同的事项作出不同规定的，各自在各自的范围内适用。其次，如果规章制度与劳动合同、集体合同对同一事项作出规定且规定的内容不一致定的，三者的效力哪个高呢？对此，《
最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律若干问题的解释（二）》第
16条给出了明确的答案，即：“用人单位制定的内部规章制度与集体合同或者劳动合同约定的内容不一致，劳动者请求优先适用合同约定的，人民法院应予支持。” 最高人民法院对于这个规定给出的原因是，确定劳动合同和集体合同的优先适用效力，主要目的是为了防止用人单位、特别是企业的经营管理者不正当行使劳动用工管理权，借少数人的民主侵害多数职工依法享有的民主权利，从而倡导运用协商对话、集体谈判的机制建立和谐劳动关系，维护和推行集体劳动合同制，促进劳动力市场管理秩序的规范。
