1、不得转任法官。根据
《办法》第
1条、第
5条和第
7条的规定，书记员实行单独序列管理，在国家核定的编制内依据书记员员额比例确定书记员专用编制。该办法的实施，关闭了在我国通行多年的由书记员在一定条件下转任法官的通道。该办法明确，书记员就是书记员，无论多么优秀，都只能作为法官指挥下的辅助人员。即使按照重庆市2006年招录简章的规定，也只能在5年内报组织部门审批后转任基层法院的审判员，但至今已近2年仍无动静。而且，2008年4月24日重庆高院发布了关于在基层法院推行法官助理制度的文件，明确指出聘任制书记员不得被任命为法官助理。可见，对于2006年进入重庆法院的书记员而言，其法官之路充满了艰辛。
2、职级晋升受限。根据
《办法》第
15条的规定，各级人民法院书记员的最高职级配备为：最高人民法院书记员的职级最高配备为正处级，高级人民法院书记员的职级最高配备为副处级，中级人民法院书记员的职级最高配备为正科级，基层人民法院书记员的职级最高配备为副科级。直辖市、副省级城市的中级人民法院和基层人民法院部分书记员的职级配备可以略高于本条第三、四款的规定。据此，作为书记员，其职级晋升存在上限限制，有一条不得逾越的高压线。
3、工资待遇不明确。根据
《办法》第
6条、
《公务员法》第
98条的规定，书记员按照国家规定实行协议工资制，具体办法由中央公务员主管部门规定。在国家有关规定出台之前，书记员的基本工资可按国家公务员的规定执行，其他工资和福利等待遇，可暂由各地根据本地区实际情况进行处理。《招录简章》规定，在国家有关规定出台之前，聘任期间享受公务员的工资待遇和有关福利待遇。由此可见，在国家有关规定出台之前，各地根据实际情况安排书记员的待遇。因此，书记员在现阶段只是像公务员一样享受待遇，至于以后享有什么待遇则不明确。
