随着国际
刑法公约中有关普遍管辖权规定的不断增加，国家在行使管辖权时又开始出现新的问题。这个问题在“比利时逮捕令案”中表现得尤为突出。2000年4月11日，比利时特别法庭的调查法官签发了“缺席审判逮捕令”。比利时通过国际刑警组织向全世界发出国际通缉令。该逮捕令和国际通缉令所指向的对象是刚果当时的外交部长Yerodia，指控的内容是该人犯有严重违反1949年《日内瓦公约》以及1977年附加议定书规定的战争罪和反人道罪。比利时要求发现Yerodia的相关国家拘留该人并将其引渡给比利时。2002年10月17日，刚果向国际法院提起诉讼，认为比利时的行为违反了国际法，要求国际法院裁定撤销比利时的逮捕令。国际法院在2002年2月14日的判决中，裁定比利时2000年4月11日针对Yerodia签署逮捕令和进行通缉的行为没有尊重刚果外交部长依国际法享有的刑事豁免权和不可侵犯权利，违反了比利时对刚果承担的法律义务，比利时必须撤销2000年4月11日逮捕令，并通知其他收到通缉令的国家。
比利时认为，一旦外交部长犯有战争罪和反人道罪，他（她）就不能享有外交特权和豁免。也就是说，在这种情况下，任何外国的司法当局可采取相应的措施。国际法院认为，尽管一系列有关防止和惩治严重国际罪行的公约中规定了国家承担的或起诉或引渡的义务，而且扩大了国家的刑事管辖权，但管辖权的扩大并不意味着豁免的放弃。同时，外交部长的外交特权和豁免也并不意味着，无论他们犯有多么严重的国际罪行，可以免受国际社会的惩罚。外交部长享有的豁免权并不禁止在特殊情况下可以对其执行刑罚。国际法院列举的几种特殊情况包括：（1）在所属国受审；（2）所属国放弃豁免；（3）退出政府公职后不再享有外交特权和豁免；（4）在具有管辖权的国际刑事法庭受审判（注：参见2002年2月14日国际法院关于“刚果诉比利时案”的判决。）。
在国际法院判决后，比利时在行使普遍管辖权的态度上已有所改变：2003年2月12日，比利时最高法院在就巴勒斯坦人诉以色列现任总理沙龙一案所作裁决中，已注意到行使普遍管辖权应避免与外交特权与豁免原则相冲突这一问题（注：23名巴勒斯坦人在2001年7月向比利时地方法院提出起诉，要求以战争罪对以色列总理沙龙和前以军司令阿莫斯•亚龙进行司法调查和审判。根据指控，在1982年担任以色列国防部长的沙龙对当年发生在贝鲁特南部的巴勒斯坦难民营屠杀案负有不可推卸的责任。2003年2月12日，比利时最高法院作出裁决，同意本国政府在以色列现任总理阿里埃勒•沙龙卸任后对其展开战争罪的司法调查和起诉。）。比利时修改国内法，对现职国家元首不进行审判。
