从现在的《
水污染防治法（修订草案）》中，我们可以看到一些协调两部法律的考虑，如管理体制的设置（第
6条）、水污染防治的监督管理制度（第
11、
12、
15、
22、
23、
26条）等等，但总体上看，制度上的衔接与协调是不够的。2002年全国人大常委会修订《
水法》时，已经根据水事立法的规律，进行了一些重要的修改。如在水资源管理方面，确立了流域管理与区域管理相结合，两者并重；统一管理与分部门管理相结合，监督管理与具体管理相分离的新型管理体制。在水资源规划与配置方面，增加了国家水资源战略规划，明确了流域规划与区域规划的法律地位；增加了中期规划，建立了中长期规划与流域水量分配制度。在水资源开发利用制度方面，特别强调了生态用水的考虑，规定了水资源开发利用的原则。在水保护方面，增加了维护水体的自然净化能力的考虑，规定了地下水开采禁限制度、水功能区划制度，并在
《水污染防治法》饮用水源保护制度的基础上建立了更为严格的保护制度[10]。应该说，这些制度都为
《水污染防治法》的衔接留下了空间，
《水污染防治法》的修改理应认真研究与相应制度的协调与配合问题。如《
水污染防治法（修订草案）》第
12条第1款规定：“防治水污染应当按流域或者按区域进行统一规划。国家确定的重要江河的流域水污染防治规划，由国务院环境保护主管部门会同国务院发展改革、水行政等部门和有关省、自治区、直辖市人民政府编制，报国务院批准。[11]”这一规定存在两个方面的问题：一是究竟是按照流域进行规划还是按照区域进行规划并明确，埋下了规划职权的矛盾隐患；二是可能引发和水资源利用规划的冲突。《
水法》的第二章专门规定了水资源规划的制定和实施，主要由各级水行政主管部门组织进行。水资源规划的各个层次与水污染防治规划的关系，理应在
《水污染防治法》中得到明确。
在管理体制方面，存在着水质水量分别管理以及水的流域属性与区域管理的冲突如何协调的问题。在我国水质水量分别由环境保护和水利部门负责管理的现行体制下，必须通过权力的合理配置和建立机制来解决协调问题。为此，国家已经在各流域机构内设立了由国家环境保护总局和水利部共同领导的流域水资源保护机构，《
水污染防治法（修订草案）》中赋予了流域水资源保护机构一定的职责，但与《
水法》的协调不够。如《修订草案》第6条规定：“县级以上人民政府环境保护主管部门是对水污染防治实施统一监督管理的机关；县级以上人民政府交通主管部门的海事管理机构是对船舶污染实施监督管理的机关；县级以上人民政府水行政、国土资源、卫生、建设、渔业等部门以及重要江河的水资源保护机构，按照各自的职责，协同环境保护主管部门对水污染防治实施监督管理。[12]”显然是沿袭了“部门分割”的管理模式。《
水法》已经赋予流域机构八个方面的水资源管理与保护权力，其中哪些是应该在
《水污染防治法》中赋予流域水资源保护机构，国家环境保护总局与水利部应通过何种机制完成对水质水量的统一管理，等等，这些问题值得认真研究解决。
