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在确立文件查阅请求权的同时，《行政程序法》第18条第1款的后句还规定了行政厅可以拒绝查阅的理由，“如果不存在侵害第三人利益的可能性以及其他正当的理由，行政厅不得拒绝当事人等查阅文件”。该项内容表示，即使可以请求查阅文件的情况中，如果该文件被查阅会因此发生侵害第三人的隐私等事态时，该文件就不应该被允许查阅。在《行政程序法》成立之前的各个方案也对此都做了规定，这些规定涉及到明显侵害第三人利益、外交方面不适合查阅的场合等等方面。
6.原则不公开
《行政程序法》第20条第6款规定，除行政厅认为公开是合适的之外，不公开进行听证审理，即该法律建立了听证审理原则不公开，例外公开的制度。
在日本的各项法律中，既有采用原则公开的立法例，同样也存在原则不公开的立法例。对于听证审理是否应该公开的问题，各种方案中的意见也不尽相同。第一次临调案和第一次研究会案提出了原则公开的意见，而第二次研究会案之后的各个方案则采用了非公开为原则。推断其变化的理由，至少立法者考虑了隐私保护方面的问题。(61)在现实中，为了保护自身的隐私，许多案件中的当事人希望听证非公开进行。尽管非公开的希望并非出于这些当事人的本意，但是，这种基于对公开形式的害怕而回避听证的选择往往会导致了当事人不得不服从行政指导的结局。因此，《行政程序法》采用非公开听证为原则具有一定的合理性。(62)
在不公开为原则之外，《行政程序法》要求行政厅认为合适的时候公开进行听证审理。对于何谓“合适”，行政方面的解释认为主要是指这些情况，即当事人或参加人要求公开时行政厅认为应对其实施程序保障、以及案件受到高度社会关注或者有必要接受公众监督等等情况。(63)
7.听证续行期日的指定
根据听证期日之中审理的结果，主持人认为有续行听证的必要时，可以进一步决定新的听证期日。根据行政方面的解释，所谓有续行听证的必要是指(1)当事人或参加人所希望的意见陈述等权利超过预定的时间仍然无法全部行使的场合；(2)在审理过程中产生新的调查检讨的必要性而有必要重新指定期日的场合。(64)
8.听证案卷和报告书
听证主持人在各个听证期日内应制作听证案卷，并且在听证终结之后制作报告书，将此提交给行政厅。就当事人针对构成不利益处分原因的事实提出的主张，主持人应在报告书中就此是否有理由提出意见。当事人或参加人有权查阅这些案卷和报告书。
9.案卷和报告书的参酌义务（资料排他性原则）
《行政程序法》第26条要求，行政厅在作出不利益处分的决定时，必须充分参酌听证案件的内容和报告书中记载的主持人的意见。
听证案卷和报告书是重要的法律文件，其记载有听证中当事人或参加人的主张，同时也记载有主持人针对当事人等就构成不利益处分事实提出的主张所表述的意见，因此，如果行政厅作出的不利益处分的最终决定没有确切地反映听证案卷和报告书的内容，显而易见，听证的意义就会因此被抹杀。正因为如此，在《行政程序法》的立法过程中，立法者在各种方案中力图建立资料排他性原则。
所谓资料排他性原则是指作出不利益处分只能依据听证程序之中出现的事实和证据作出决定。第一次研究会案的解说(65)以及第二次研究会案(66)中对此作了明确的规定，第一次部会案以及第三次行革审案都规定行政厅不得根据听证对象事实以外的事实作出处分。但是，在《行政程序法》第26条使用“参酌”一词，使得该条文是否体现了资料排他性原则含义不清。
从对此条文中“参酌”一词的解释来看，行政方面有意见认为“参酌”是指“充分考虑（案卷的内容和报告书中记载的意见等）情况的基础上认真作出取舍，去恶存善”。(67)当然，这样的解释本身无法达到明确条文内容的目的。(68)有学者指出，从“参酌”这个概念中无法得出行政厅在作出不利益处分之时应严格接受案卷和报告书内容的拘束的结论。(69)
但是，也有学者认为，《行政程序法》其实从侧面实质性地规定了资料排他性原则。这些学者指出，应该从听证制度的整体上去理解“参酌”概念以及听证案卷和报告书在行政决定中应具备的作用。(70)
在从实质意义的角度，学者将区分了听证认定的事实和报告书中记载的主持人的意见之间的不同，由此，（应该客观记载当事人以及参加人对构成不利益处分原因的事实的主张的）听证案卷和（记载有主持人在考虑了上述主张的基础上对事实以及预定的不利益处分是否正确提出意见的）报告书各自在行政厅作出决定时应承担的作用也不相同。(71)
首先，在事实方面，行政厅是在掌握了一定事实的基础上才在主持人的主持之下参与听证的，由于在听证过程中，主持人需要将这些事实向当事人等开示，分析这些事实的真伪，因此，行政厅只能基于已经在主持人的主持之下真实性已经得到确认的事实作出处分。而与此相对的是，尽管行政厅必须尊重报告书中的意见，但并不受其严格拘束。行政厅可以作出与报告书意见不同内容的不利益处分，但是，行政厅必须明示具体理由。(72)
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