在贪污贿赂犯罪的案件中，往往侦查人员对案件侦查的切入点不是巨额财产来源不明罪本身，而是其它同类犯罪，如贪污罪、受贿罪等。非法持有枪支罪和非法毒品罪也是一样。最初立案的案由常常是有重大嫌疑的犯罪，而不是这些“兜底性罪名”。在审查起诉时可能会因为在法定期限内难以达到对所涉嫌罪名的“事实清楚，证据确实、充分”的证明标准而变更罪名起诉。但是对涉嫌罪名的侦查并没有因此而结束，证明活动可能仍在继续。比如某国家工作人员被指控受贿罪证据不足，而符合巨额财产来源不明的构成要件，被法院作出判决以巨额财产来源不明罪定罪。在判决生效后，又发现了充分的证据可以证明其财产是受贿所得，则应当以审判监督程序改判为受贿罪。因此，证明被告人有罪的证明责任永远不会有倒置的可能。不能仅仅凭法条的表述得出结论。我理解此处所谓的证明责任倒置或者举证责任倒置，只是部分地倒置了证明责任中的行为责任，而后果责任（有罪的后果）并未发生倒置，不能因被告人说明财产合法来源的证据没能达到“排除合理怀疑”或者完全的“事实清楚”，而判决其有罪，对推翻推定事实的相反证据不宜采用如此高的标准。换言之，法律虽然要求犯罪嫌疑人或被告人对部分事实举证，但是是否就意味着针对这部分事实免除了侦查机关的证明责任了呢？答案显然是否定的。被告人有说明自己财产来源合法的义务，同时侦查机关也仍然负担有查明这些财产是否合法以及真实来源的义务（包括审查犯罪嫌疑人、被告人供述和辩解的真伪），这是侦查机关的职责所在，也是追查有嫌疑但证据不足的相关“疑罪”的需要。实际上，
刑法设置这样推定的初衷是考虑贪贿犯罪的证据获取困难，侦查往往没有头绪，无法进展迅速。由被告人提供的证据，就为侦查人员提供了查证的重要线索。比如犯罪嫌疑人交代了某一部分财产是炒股赚的或者朋友送的，侦查人员就负有继续审查所交代内容是否属实的责任。
即使按照“证据确实、充分”的标准，也可以推出“孤证不能够定案”的证明法则，仅仅有被告人的供述，而没有其他证据，不能判决被告人有罪和处以刑罚。犯罪嫌疑人、被告人对财产来源的说明属于犯罪嫌疑人、被告人的供述或者辩解，而通过供述和辩解获得其他证据要由侦查机关调取，特别是在犯罪嫌疑人被限制人身自由的场合更是如此。据此我们也不能得出要求被告人自证其罪。就财产来源性质这一事实问题上实际是控诉方和辩护方都在承担一定的证明责任。在自向证明的过程中，侦查人员要运用所取得的其它证据审查、验证被告人所提供证据的真实性，在他向证明的场合下，也要求侦查人员向公诉机关、公诉人向法裁判官说明其在侦查或审查起诉过程中对证据审查的结果和依据（证据）。控诉方和被告人一直处于指控和抗辩的对立过程中，既然双方都对同一事实负有证明责任，那么只要被告人有真实、可靠的证据能够证明其财产来源合法的可能性明显高于违法的可能性，就足以推翻《
刑法》第
359条的推定，这种就相反事实所作出的证明一旦达到了“证据优势”的程度同时也就是对
刑法推定事实的“有理由的质疑”，毕竟推定的事实不如证明的事实更接近于真实。在不能定贪贿罪，又不能证明财产来源不合法的情形下，法院只能宣告其无罪。也就是说，被告人不能提出证据说明某一部分财产来源为合法(与控方所取得的证据相比在证明力上不占优势)，并不能直接得出被告人有罪的结论，他所承担的不利后果只是对不能说明这部分被推定为非法所得，而只有不能说明的部分被侦查机关证明差额仍属巨大(按照最高检追诉标准差额为30万元时)，才能认定为巨额财产来源不明罪。
