需要指出的是，欧洲专利并没有取代成员国国家专利，而是与之并存，申请人仍然可以选择通过国家专利局的程序申请成员国国家专利。同时公约还规定了欧洲专利申请可以转为国家申请，但为了避免欧洲专利和成员国专利之间的冲突，公约规定只有在欧洲专利申请被拒绝、被撤回、被视为撤回或者欧洲专利被撤销等情况下才能提出转换要求。且转换请求应在欧洲专利申请被撤回，或在接到专利申请被视为撤回的通知后，或在接到驳回专利申请或撤销欧洲专利通知后的三个月内提出。
（三）比较与评论
1883年的《保护工业产权巴黎公约》正是在欧洲国家的推动下签订的，而《欧洲专利公约》可以说是将巴黎公约所作的协调工作在欧洲和专利领域进一步细化和深化，公约序言中明确指出，公约的目标就是要成为巴黎公约第十九条所称的特别议定和《专利合作条约》第四十五条第一款所称的区域性专利条约，同时，公约的成员国必须是巴黎公约的成员国。公约与相关国际条约关系密切，以下就主要分析其与《专利合作条约》之间的关系以及与另一个有代表性的区域性跨国知识产权协定——《班吉协定》之间的异同。
1、与《专利合作条约》（Patent Cooperation Treaty，PCT）的关系。
《专利合作条约》是在《巴黎公约》的原则的指导下产生的一个专利申请公约，它完全是程序性的规定，即对专利申请案的受理和审查程序作出某种国际性的统一规定。它不涉及到专利的批准问题，因而不会影响各成员国的专利实体法。《欧洲专利公约》与之不同，其最主要的成果便是成立欧洲专利局授予欧洲专利，这种专利是在指定国与成员国专利具有同样的效力，受到同等的保护，因而即包括程序上的规定，同时也包括实体法的规定。
《欧洲专利公约》是一个区域性公约，因而其与国际性的《专利合作公约》的协调和衔接非常重要。公约第十编详细规定了依照《专利合作条约》的规定进行国际申请的程序，同时欧洲专利局还是指定的国际初审局之一。
2、与《班吉协定》比较
法语非洲国家的《班吉协定》是世界上第一个产生全面跨国工业产权与版权的地区性公约。[4]都是作为区域性公约，《班吉协定》与《欧洲专利公约》都在国际条约的基础上，努力协调本区域的专利制度，但是二者之间又具有诸多不同之处。
首先，与《欧洲专利公约》不同，《班吉协定》是一个综合性的知识产权协定，内容涉及专利（即指发明专利）、实用新型、商标、工业品外观设计、商号、产地名称等，而有关发明专利的规定在其附件1中。同时。非洲知识产权组织的成员国都以《班吉协定》附件一作为统一的
专利法，各国并没有独立的
专利法。而《欧洲专利公约》并不排斥各成员国专利法。
