（三）对鉴定结论的质证流于形式
　　鉴定结论只是诸多证据中的一种，法官应当结合案件的全部证据，加以综合审查判断，从而正确认定案件事实，作出正确判断。司法鉴定结论的质证是指在庭审过程中，由质证主体就法庭上所出示的的司法鉴定结论进行的公开的、直接的询问、质疑和辩论，进而对司法鉴定结论的客观性、关联性和合法性予以确认或否认的一种诉讼活动。
　　尽管三大诉讼法及相关的司法解释都对鉴定人出庭以及询问鉴定人作了规定，但在司法实践中，鉴定人极少出庭，据调查，当前鉴定人出庭率不到5％ 。由于司法鉴定结论是一种特殊的证据形式，即使鉴定人出庭，也因为当事人及其代理人或辩护人缺乏有关司法鉴定技术方面的专门知识而对鉴定结论的质询仅停留于感性认识的层面，即仅停留在鉴定结论的合法性层面。对鉴定结论的关联性和客观性几乎少有质疑。因此，目前对司法鉴定结论的质证往往流于形式，当事人的质证活动难以触及鉴定结论的实质，司法鉴定结论很少有真正意义上的质证。法院经常完全采信鉴定人的意见，将鉴定结论很少质证便作为了定案依据，使当事人对司法是否公正产生质疑。
　　（四）鉴定本身原因造成鉴定结论争议
　　鉴定结论属于鉴定人对鉴定客体进行分析后而提出的判断性意见，在鉴定实施的任何环节均有可能出现否定鉴定结论的因素。
　　首先，鉴定问题属于科学的范畴，科学方法则是认识鉴定客体特性的重要依据，尤其对某些特殊对象的鉴定，必须采用先进的科学方法，才能深刻认识客体的特征，比较事物自身的细微差别，从中揭示事物本质。实践证明，鉴定同一客体，由于鉴定人采用的方法不同，通过检测发现客体特征的数量、质量以及对客体特殊本质的深度与范围有极大的差别，进而作出鉴定结论的性质、范围、深度显然也不一样。
　　其次，由于鉴定人的鉴定标准具有较大的任意性，造成同一对象因鉴定标准不同而鉴定结论有异。如在“朱燕翎状告雀巢公司产品含有转基因成分一案”中，法院委托上海市农科院生物技术中心对朱燕翎购买的“巧伴伴”进行检测，农科院依据自行制定的标准，结果认为“巧伴伴”中含有转基因抗草甘膦大豆成分。但在庭审阶段农科院生物技术中心作证时，又认为根据农业部标准，检测结果显示不含转基因成份。可见，因鉴定标准不同可导致鉴定结论存在天壤之别。
　　再次，鉴定结论属于鉴定人的意见，具有较强的主观性，鉴定结果本身就存在错误的可能性。如“浙江省余姚市方一栋死亡原因”的3次解剖5次鉴定，虽然死亡原因可能是多重的，但不同的鉴定人所提供的鉴定结论大相径庭，【5】孰对孰错，致使“专家”都难分难解，更何况外行的事实审理者。

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