法院制度的权力分配功能还涉及对不同层次司法权的分配问题，即司法权在一个国家的中央组织和地方组织之间进行的分配。在这一方面，联邦制国家和单一制国家存在着很大的差别并遵循着不同的理念。单一制国家遵循司法权统一的理念，限制地方权力对司法权的干预。在这一理念下，单一制国家通常设立统一的法院体系，在不同层次的法院之间，仅以案件的大小、严重程度、与地域的关联为依据进行管辖权的划分。同时，这些国家往往还采取跨越行政区划设立法院的司法管辖区划的方式，统一配置国家的司法权。法国在18世纪末的拿破仑时期建立起与其中央集权的政治统治相适应的统一的法院体系，包括初审法庭、初审法院、上诉法院和最高法院。其初审法院按县级行政区划设置，而上诉法院则跨行政区划设置，（注：在法国本土89个省中设置27个上诉法院，每一上诉法院的司法管辖包括若干个省行政区划。参见谢冠生：《各国法庭制度》：青年协会书局1926年版，第33页。另有资料称法国本土现有上诉法院28个。参见肖扬主编：《当代司法体制》，中国政法大学出版社1998年版，第109页。）同时，作为初审法庭的商事法庭和工事法庭的设置也不受行政区划的限制。值得注意的是，在联邦制国家中，同一法院体系内也可以看到这种跨越行政区划设立司法管辖区划的做法，例如，在美国的联邦法院系统中，将全国50个州统一划分为90个联邦法院区和13个联邦上诉法院区，每个联邦法院区设1个联邦地区法院，加上在哥伦比亚特区、波多黎各、美国维尔京群岛和关岛分别设立的4个联邦地区法院，全美共有94个联邦地区法院；每个联邦上诉法院区设1个联邦上诉法院，全美共有13个联邦法院。（注：参见宋冰编：《读本：美国与德国的司法制度及司法程序》，中国政法大学出版社1999年版，第105-107页；乔钢良：《“现在开庭！”》，三联书店1999年版，第13页。）这种情况可能与这些国家在设立法院体制时对效率的考虑有关，需要设置的上诉法院被限制在一定的数量范围内，而又没有相应数量的行政区划与之相对应。但无论如何，它反映了统一的联邦司法权对地方权力的忽视。在一个司法权统一的法院体系内部，跨越行政区划设立司法区划无疑是防止地方权力对统一司法权进行干预的一种有效办法。
联邦制国家遵循在联邦中央和各邦之间分享司法权的理念，通常采取分设地方法院和联邦法院的方式来保障中央和地方司法权的实现和协调。但即使是在美国和德国这样同为联邦制的国家，其分权形式也存在着重大的差异。在美国，基于联邦
宪法和法律而产生的联邦法院系统和基于州
宪法和法律产生的州法院系统并行存在，相互之间的管辖权以案件事实是否涉及不同的州以及是否受联邦法律的调整为依据进行划分；在德国，则在州法院之上建立属于联邦性质的最高法院，两者之间并不构成不同的法院系统。从审级上看，德国的联邦法院是各州法院的上诉法院，但是二者关注的法律问题显然有所区别。（注：在德国，5个“法院体系的最高一级都有一个联邦法院，他们的主要职责是作为州法院的终审法院，确保德国法律的一致解释和协调发展。”参见宋冰编：《读本：美国与德国的司法制度及司法程序》，中国政法大学出版社1999年版，第123页。）
