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当然，具有问题意识和发现问题的能力，并不意味着研究者一定能够找到真正的问题。研究者需要运用现有的理论对该问题进行解释，在无法作出妥当解释的情况下，提出真正的问题。对于任何一门科学而言，那些没有入门的“门外汉”或初学者可能认为满眼都是问题。但他一旦掌握了这门科学的基本理论，了解了这门科学的总体研究情况之后，就可能认识到他原来视之为问题的“问题”，其实绝大多数都不是问题。因此，面对一个初步发现的问题，研究者应当运用现有的理论和通说对其进行解释，如果能够得到令人信服的解释，则这个“问题”就不是真问题。相反，假如一种现象、一种疑问在所有现存理论中根本得不到令人信服的解释，那么，真正的问题就有可能被发现了。一门学科的“前沿问题”往往就是在这种遍寻解释而不得的情境下出现的。很显然，一个研究者只有站在本学科的最高点，才有可能发现真正的问题。当然，也不排除一个极其聪明的初学者用其锐利的眼光，发现了为众多研究者所忽略的真问题，推翻了一个学术定论。但这种对“皇帝的新衣”的发现，其成功几率可能是不高的。事实上，许多科学上的真问题都是研究者经过长期观察、思考和分析的结果。有时候，对真正问题的发现本身，可能就属于学术上的重大突破。
那么，研究者究竟应从何处发现问题呢？就法学研究而言，问题可能存在于司法实践之中，可能产生于立法对策和司法改革过程之中，也可能出现在有关理论和学说的争论之中。事实上，只要是客观存在过、发生着的事实，就都有问题发生的可能性。对于某一现象和事实，法学者在按照既有的理论、学说尝试进行解释，无法找到满意结果的时候，真正的问题就有可能被发现了。在这一方面，法学者需要站在本学科理论的最前沿，掌握可操作的解释方法，并且还要对相关领域的司法实践情况有较为清楚的了解。除此以外，研究者还需要具备独到的学术眼光和丰富的想像力。以下拟通过对三个研究实例的分析，来说明发现问题的可能途径。
研究实例4 审级制度改革问题。按照传统的研究模式，法学者对审级制度一般会作以下的研究：审级制度的概念、性质和功能；审级制度基本模式之比较；中国两审终审制的现状和问题；改革两审终审制的基本构想。近年来，有关建立有条件的三审终审制的议论一度十分盛行。研究者可能还会论证建立三审终审制的基本设想。但是，这种研究真的能够作出开创性的贡献吗？事实上，这种貌似“成体系”的研究并不是以问题作为起点和基础的。假如研究者对审级制度中的问题有较为真切的了解的话，那么，他完全可以另辟蹊径，重新组织自己的研究。比如说，法学者可以对以下问题进行解释：中国的两审终审制中真的存在法律审吗？二审法院真的能够通过审理上诉案件来发挥维护法律统一实施的使命吗？为什么在绝大多数情况下上诉审都流于形式？中国上下级法院之间带有行政化的隶属关系对于两审终审制带来了哪些影响？再比如说，法学者还可以对两审终审制的改革问题进行深入的反思：在目前第一审程序名存实亡、流于形式的情况下，第一审程序对于案件事实认定问题几乎无法发挥最基本的纠错功能；而大多数案件的第二审程序采取的是不开庭的书面审方式，对于发现和纠正下级法院事实认定上的错误收效甚微。既然如此，建立三审终审制、增加一个专门法律审的改革设想真的能取得预期的效果吗？更进一步地说，假如中国第一审程序不能有效地解决事实认定问题，假如第二审程序对于纠正事实误判问题无法产生更好的作用，那么，包括三审终审制、死刑复核程序甚至再审程序的改革，都将受到相当程度的影响。（注：对中国现行两审终审制的反思，参见陈瑞华：《刑事诉讼的前沿问题》（第9章），中国人民大学出版社2000年版；陈瑞华：《程序性制裁理论》，中国法制出版社2005年版，第432页以下。）
可以看出，在审级制度改革问题的背后，存在着事实审与法律审的关系、上下级法院的关系、上诉审的诉讼功能等一系列重要理论问题。只要我们不是简单地从对策法学的立场组织我们的研究，而是将问题作为研究的起点，那么，对这一问题的研究就有可能避免简单的观念总结和资料堆积，而有开拓和创新的空间。
研究实例5 案卷笔录的证据效力问题。在目前的中国刑事审判中，不仅绝大多数证人、鉴定人、被害人不出庭作证，侦查人员在面对辩护方对其侦查行为的合法性提出质疑时拒不出庭作证，而且就连同案被告人都不被传唤出庭。在绝大多数情况下，第一审法庭对证据的调查是通过宣读检控方所提交的案卷笔录来进行的。有时法庭并不宣读案卷笔录的全部内容，而是摘要宣读其中的少部分段落。这种法庭调查方式被认为违反了直接和言词审理原则，造成了司法审判的不公正。那么，在证人、鉴定人、被害人、侦查人员甚至同案被告人普遍不出庭现象的背后，存在一个为法学者所忽略的问题：中国是否存在真正意义上的现代审判？换言之，假如我们将审判定义为通过法庭调查和辩论来形成用以解决诉讼争端的裁判结论的话，那么，中国实行的这种以案卷笔录为中心的法庭审判方式，究竟能否保证法庭通过审判过程来形成裁判结论呢？在案卷笔录的连接下，法庭审判岂不属于一种对检控方结论的确认程序吗？（注：有关案卷笔录的全面分析，参见陈瑞华：《问题与主义之间——刑事诉讼基本问题研究》（第8章：“刑事证据规则之初步考察”），中国人民大学出版社2003年版。）
假如没有发现问题的意识和能力的话，研究者很可能按照以下套路展开这一课题的研究：案卷笔录的性质、意义和分类；两大法系国家对案卷笔录的适用规则；中国目前对案卷笔录的适用情况及其问题；确定案卷笔录证据效力的基本理论基础；解决案卷笔录证据效力的立法设想……相反，有了基本的问题意识，明确了法学研究的解释功能，法学者就会放弃这种带有教科书体例的对策研究，而去分析和挖掘法庭滥用案卷笔录背后的真正问题。于是，一种带有全局性的问题就出现在研究者面前：中国究竟是否存在真正的法庭审判？现有法庭审判除了具有法制宣传教育的传统功能以外，真的具有裁断控辩双方之事实纠纷和法律争议的作用吗？
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