自治法说强调章程是公司的自治规范。公司的自治来自于公司的社团性质。大陆法系民法理论将法人分为公法人和私法人；私法人又分为社团法人和财团法人，社团法人是以社员为成立基础的法人(人的组织体) ，财团法人是以捐助财产为基础的法人(财产组织体) ， 公司属于社团法人 (P16) 。公司的设立需要“人合”兼“资合”，“人合”是为了实现其团体性，“资合”是公司运作和承担责任的根基。公司尤其是股份有限公司一经成立，股东就成了与公司分离的社团成员，资本便成了公司的灵魂和核心，因此公司团体意志的作出不是以人数的优势通过，而是由投入资本决定的表决权的多数来决定(即资本多数决原则) 。因此公司的团体性质使得自治法规说能够很好地解决多数表决权通过公司章程或公司章程的修改问题。
自治法说同样也存在着缺陷。首先，自治法说对“公司自治”的作用有限，公司章程不能完全实现自治，必须有适当的法律规制，亦即公司自治应当是法律允许范围内的自治，是不违反法律强制性规定和社会公序良俗前提下的公司自治，并且存在与
公司法界分的难题。其次，根据自治法说，公司章程是公司这种社团法人的自律性规范，其生效时间应该是公司法人成立之时即公司注册登记之时，公司章程在公司成立之前没有法律效力，这样就会造成公司成立之前的法律关系特别是发起设立公司的投资者之间的权利义务关系得不到调整的结果。再次，自治法说使得公司股东在寻求权利救济机制时主要通过公司章程对内的效力规定，通过内部机制的平衡来对遭受损害或者有损害之虞的权利加以救济和补偿，诉讼的主体是公司而非股东个人，特别是在控股股东滥用优势地位的情况下，中小股东权益往往得不到救济。最后，自治法说对公司章程的法律性质的定性与现行
公司法的规定和有限责任公司的内在特性相矛盾。我国《
公司法》第
28条规定“股东应当按期足额缴纳公司章程中规定的各自所认缴的出资额。股东以货币出资的，应当将货币出资足额存入有限责任公司在银行开设的账户；以非货币财产出资的，应当依法办理其财产权的转移手续。股东不按照前款规定缴纳出资的，除应当向公司足额缴纳外，还应当向已按期足额缴纳出资的股东承担违约责任。”并且1999年
公司法第
26条也作了同样的规定。从立法者的思路来看，将股东不足额缴纳出资定为违约责任，有将有限责任公司章程看作股东之间的契约的倾向，这主要是与有限责任公司的“闭锁性”有关。
